Sample method called twice

[yxu927]

When run the gompertz coalescent, after click sample button it appears different values of the tree with the true rootage

The script I use:
N0 ~ LogNormal(meanlog=10, sdlog=0.5);
NInfinity ~ LogNormal(meanlog=28, sdlog=0.5);
b ~ Beta(alpha=1, beta=100);
gompertzPopFunc = gompertz(N0=N0, b=b, NInfinity=NInfinity);
tree ~ CoalescentPopFunc(n=16, popFunc=gompertzPopFunc);
D ~ PhyloCTMC(L=L, Q=jukesCantor(), mu=1.0E-9, tree=tree);
rootAge = tree.rootAge();

[yxu927]

When sample button is pressed and reps=1, the values are sampled twice in LPhyStudio. The sampling should only be called once for reps=1.

[EvaLiyt]

After running the script, it would run SubsampledTree second time. The script below would generate a psi.trees file with two trees. The first one would be the second running Yule tree, and the second one would be the first time running Yule tree. For the new tree file, it would be the second time pruned tree.

model{
    // Yule tree
    ψ ~ Yule(lambda=0.25, n=100);
    t ~ Uniform(lower=5,upper=8);
    node = ψ.getOldestInternalNode(t);

    allTaxa = ψ.getTaxaNames();
    tumourTaxa = node.getAllLeafNodeNames();
    normalTaxa = setDifference(allTaxa, tumourTaxa);

    // change name end with tree
    ψnew ~ SubsampledTree(tree=ψ, taxa=[tumourTaxa, normalTaxa], sampleFraction=[0.5,0.02]);

    // get samples in normal taxa
    newNames = ψnew.getTaxaNames();
    normalNewNames = setDifference(newNames,tumourTaxa); // normal sampled names
    tumourSampledNames = setDifference(newNames, normalNewNames); // tumour sampled names

    bulkNames = setDifference(normalTaxa,normalNewNames);
    //ψbulk ~ SubsampledTree(tree=ψ, taxa=[bulkNames], sampleFraction=[0.2]);
    //bulkSampledNames = ψbulk.getTaxaNames(); // bulk sampled names
}

The output result would be

the Yule tree is(((((71:0.10813206292678151,15:0.10813206292678151):3.4359692246951496,((38:0.39764540482832933,72:0.39764540482832933):2.2615117435627208,4:2.65915714839105):0.884944139230881):0.19564275242758322,24:3.7397440400495143):7.690340881412562,((((43:7.056572084752128,(75:6.742045567286327,((((10:0.8144473092643757,6:0.8144473092643757):1.0372888157777305,(30:0.4889728490096808,96:0.4889728490096808):1.3627632760324253):0.36482180053134683,51:2.216557925573453):4.43041127686706,(76:1.1259276585946132,(81:1.0766727871442618,2:1.0766727871442618):0.049254871450351345):5.521041543845899):0.09507636484581461):0.31452651746580074):0.18544550619355693,14:7.242017590945685):0.20769759095162676,17:7.449715181897312):2.4985887117714336,((((((39:1.8090870339388914,67:1.8090870339388914):0.19539915177358336,56:2.0044861857124747):2.199202352209367,(0:1.0785161841668753,95:1.0785161841668753):3.1251723537549667):2.7291640718116392,((77:1.1916363197597843,13:1.1916363197597843):1.4014889598812,(90:0.7245573917135749,85:0.7245573917135749):1.8685678879274095):4.339727330092497):0.7063579661740791,3:7.63921057590756):1.8389841647064724,23:9.478194740614033):0.4701091530547128):1.48178102779333):5.780228785599146,(((((54:4.806707277454648,48:4.806707277454648):2.8285985830196747,((((58:1.7197941674342823,(49:0.47860372691489644,86:0.47860372691489644):1.2411904405193859):0.37204213268465525,(61:0.4619562062895841,8:0.4619562062895841):1.6298800938293534):2.2067451907863083,(((46:1.0435589213713063,35:1.0435589213713063):0.0632052869644284,73:1.1067642083357347):1.2448834884792495,66:2.351647696814984):1.9469337940902616):0.9957690685817031,(99:0.49793242281123345,25:0.49793242281123345):4.796418136675715):2.340955300987374):2.426959508521425,(((22:0.7584302579349964,7:0.7584302579349964):0.6380956052667348,(70:1.023430600600835,28:1.023430600600835):0.3730952626008963):0.08973612862561309,(82:1.3974463127134114,32:1.3974463127134114):0.08881567911393295):8.576003377168403):1.6815919682631595,(((80:3.811520003058763,(((65:1.124501556384171,36:1.124501556384171):0.6099219691033366,74:1.7344235254875076):0.4090570098359543,(84:0.9204622122535048,53:0.9204622122535048):1.2230183230699572):1.668039467735301):0.9038998151532578,((79:2.8394680779597348,((26:0.6768155420620087,68:0.6768155420620087):2.071325186020311,87:2.7481407280823196):0.0913273498774152):1.210864452593989,69:4.050332530553724):0.6650872876582969):0.6185194704977777,9:5.333939288709798):6.409918048549109):3.485362395958317,(((((41:0.9939828563959593,83:0.9939828563959593):3.4865450283234063,((92:1.6288240234974605,29:1.6288240234974605):0.30381150943018387,44:1.9326355329276443):2.547892351791721):2.007913324246437,(((97:1.1815654609187016,62:1.1815654609187016):2.378052057108511,16:3.559617518027213):1.3845159616071228,78:4.944133479634336):1.544307729331467):2.3204874795086283,(93:3.7720091988061917,(11:1.6500802782602937,57:1.6500802782602937):2.1219289205458978):5.036919489668239):4.504257012062817,(((((59:3.120306707391377,(98:0.8200569734030136,50:0.8200569734030136):2.3002497339883634):3.1918665773163424,(((64:3.7061643484058333,(33:2.093125300301412,40:2.093125300301412):1.6130390481044214):0.5512098085410999,((52:2.1917625432044416,(63:1.4435356168835634,((89:0.2968222257034598,21:0.2968222257034598):1.049947169397848,1:1.3467693951013078):0.09676622178225558):0.7482269263208783):1.658652578791596,34:3.8504151219960376):0.4069590349508956):0.6228483488522931,(19:0.31963088033466375,(5:0.00589294547278546,88:0.00589294547278546):0.3137379348618783):4.560591625464562):1.4319507789084929):0.5391587716663464,(91:3.0048080528030994,(18:1.5707839253179432,(31:0.3067900880420359,12:0.3067900880420359):1.2639938372759074):1.4340241274851562):3.8465240035709662):1.1358604527375311,(((60:0.9033929478229752,37:0.9033929478229752):2.359192100881385,42:3.26258504870436):0.6475200047885799,47:3.91010505349294):4.077087455618656):0.7860926895813902,((45:2.518302257596172,94:2.518302257596172):0.6480647663843841,(27:2.5270274319513018,(55:1.0694459098169913,20:1.0694459098169913):1.4575815221343105):0.6393395920292546):5.606918174712431):4.5399005018442615):1.9160340326799759):1.981093973843997):0.0;
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@3b2cf7ab
done constructing
start sample()
get parameters
initialise the sampled names
before deep copy, tree(((((71:0.10813206292678151,15:0.10813206292678151):3.4359692246951496,((38:0.39764540482832933,72:0.39764540482832933):2.2615117435627208,4:2.65915714839105):0.884944139230881):0.19564275242758322,24:3.7397440400495143):7.690340881412562,((((43:7.056572084752128,(75:6.742045567286327,((((10:0.8144473092643757,6:0.8144473092643757):1.0372888157777305,(30:0.4889728490096808,96:0.4889728490096808):1.3627632760324253):0.36482180053134683,51:2.216557925573453):4.43041127686706,(76:1.1259276585946132,(81:1.0766727871442618,2:1.0766727871442618):0.049254871450351345):5.521041543845899):0.09507636484581461):0.31452651746580074):0.18544550619355693,14:7.242017590945685):0.20769759095162676,17:7.449715181897312):2.4985887117714336,((((((39:1.8090870339388914,67:1.8090870339388914):0.19539915177358336,56:2.0044861857124747):2.199202352209367,(0:1.0785161841668753,95:1.0785161841668753):3.1251723537549667):2.7291640718116392,((77:1.1916363197597843,13:1.1916363197597843):1.4014889598812,(90:0.7245573917135749,85:0.7245573917135749):1.8685678879274095):4.339727330092497):0.7063579661740791,3:7.63921057590756):1.8389841647064724,23:9.478194740614033):0.4701091530547128):1.48178102779333):5.780228785599146,(((((54:4.806707277454648,48:4.806707277454648):2.8285985830196747,((((58:1.7197941674342823,(49:0.47860372691489644,86:0.47860372691489644):1.2411904405193859):0.37204213268465525,(61:0.4619562062895841,8:0.4619562062895841):1.6298800938293534):2.2067451907863083,(((46:1.0435589213713063,35:1.0435589213713063):0.0632052869644284,73:1.1067642083357347):1.2448834884792495,66:2.351647696814984):1.9469337940902616):0.9957690685817031,(99:0.49793242281123345,25:0.49793242281123345):4.796418136675715):2.340955300987374):2.426959508521425,(((22:0.7584302579349964,7:0.7584302579349964):0.6380956052667348,(70:1.023430600600835,28:1.023430600600835):0.3730952626008963):0.08973612862561309,(82:1.3974463127134114,32:1.3974463127134114):0.08881567911393295):8.576003377168403):1.6815919682631595,(((80:3.811520003058763,(((65:1.124501556384171,36:1.124501556384171):0.6099219691033366,74:1.7344235254875076):0.4090570098359543,(84:0.9204622122535048,53:0.9204622122535048):1.2230183230699572):1.668039467735301):0.9038998151532578,((79:2.8394680779597348,((26:0.6768155420620087,68:0.6768155420620087):2.071325186020311,87:2.7481407280823196):0.0913273498774152):1.210864452593989,69:4.050332530553724):0.6650872876582969):0.6185194704977777,9:5.333939288709798):6.409918048549109):3.485362395958317,(((((41:0.9939828563959593,83:0.9939828563959593):3.4865450283234063,((92:1.6288240234974605,29:1.6288240234974605):0.30381150943018387,44:1.9326355329276443):2.547892351791721):2.007913324246437,(((97:1.1815654609187016,62:1.1815654609187016):2.378052057108511,16:3.559617518027213):1.3845159616071228,78:4.944133479634336):1.544307729331467):2.3204874795086283,(93:3.7720091988061917,(11:1.6500802782602937,57:1.6500802782602937):2.1219289205458978):5.036919489668239):4.504257012062817,(((((59:3.120306707391377,(98:0.8200569734030136,50:0.8200569734030136):2.3002497339883634):3.1918665773163424,(((64:3.7061643484058333,(33:2.093125300301412,40:2.093125300301412):1.6130390481044214):0.5512098085410999,((52:2.1917625432044416,(63:1.4435356168835634,((89:0.2968222257034598,21:0.2968222257034598):1.049947169397848,1:1.3467693951013078):0.09676622178225558):0.7482269263208783):1.658652578791596,34:3.8504151219960376):0.4069590349508956):0.6228483488522931,(19:0.31963088033466375,(5:0.00589294547278546,88:0.00589294547278546):0.3137379348618783):4.560591625464562):1.4319507789084929):0.5391587716663464,(91:3.0048080528030994,(18:1.5707839253179432,(31:0.3067900880420359,12:0.3067900880420359):1.2639938372759074):1.4340241274851562):3.8465240035709662):1.1358604527375311,(((60:0.9033929478229752,37:0.9033929478229752):2.359192100881385,42:3.26258504870436):0.6475200047885799,47:3.91010505349294):4.077087455618656):0.7860926895813902,((45:2.518302257596172,94:2.518302257596172):0.6480647663843841,(27:2.5270274319513018,(55:1.0694459098169913,20:1.0694459098169913):1.4575815221343105):0.6393395920292546):5.606918174712431):4.5399005018442615):1.9160340326799759):1.981093973843997):0.0;
after deep copy, new tree(((((71:0.10813206292678151,15:0.10813206292678151):3.4359692246951496,((38:0.39764540482832933,72:0.39764540482832933):2.2615117435627208,4:2.65915714839105):0.884944139230881):0.19564275242758322,24:3.7397440400495143):7.690340881412562,((((43:7.056572084752128,(75:6.742045567286327,((((10:0.8144473092643757,6:0.8144473092643757):1.0372888157777305,(30:0.4889728490096808,96:0.4889728490096808):1.3627632760324253):0.36482180053134683,51:2.216557925573453):4.43041127686706,(76:1.1259276585946132,(81:1.0766727871442618,2:1.0766727871442618):0.049254871450351345):5.521041543845899):0.09507636484581461):0.31452651746580074):0.18544550619355693,14:7.242017590945685):0.20769759095162676,17:7.449715181897312):2.4985887117714336,((((((39:1.8090870339388914,67:1.8090870339388914):0.19539915177358336,56:2.0044861857124747):2.199202352209367,(0:1.0785161841668753,95:1.0785161841668753):3.1251723537549667):2.7291640718116392,((77:1.1916363197597843,13:1.1916363197597843):1.4014889598812,(90:0.7245573917135749,85:0.7245573917135749):1.8685678879274095):4.339727330092497):0.7063579661740791,3:7.63921057590756):1.8389841647064724,23:9.478194740614033):0.4701091530547128):1.48178102779333):5.780228785599146,(((((54:4.806707277454648,48:4.806707277454648):2.8285985830196747,((((58:1.7197941674342823,(49:0.47860372691489644,86:0.47860372691489644):1.2411904405193859):0.37204213268465525,(61:0.4619562062895841,8:0.4619562062895841):1.6298800938293534):2.2067451907863083,(((46:1.0435589213713063,35:1.0435589213713063):0.0632052869644284,73:1.1067642083357347):1.2448834884792495,66:2.351647696814984):1.9469337940902616):0.9957690685817031,(99:0.49793242281123345,25:0.49793242281123345):4.796418136675715):2.340955300987374):2.426959508521425,(((22:0.7584302579349964,7:0.7584302579349964):0.6380956052667348,(70:1.023430600600835,28:1.023430600600835):0.3730952626008963):0.08973612862561309,(82:1.3974463127134114,32:1.3974463127134114):0.08881567911393295):8.576003377168403):1.6815919682631595,(((80:3.811520003058763,(((65:1.124501556384171,36:1.124501556384171):0.6099219691033366,74:1.7344235254875076):0.4090570098359543,(84:0.9204622122535048,53:0.9204622122535048):1.2230183230699572):1.668039467735301):0.9038998151532578,((79:2.8394680779597348,((26:0.6768155420620087,68:0.6768155420620087):2.071325186020311,87:2.7481407280823196):0.0913273498774152):1.210864452593989,69:4.050332530553724):0.6650872876582969):0.6185194704977777,9:5.333939288709798):6.409918048549109):3.485362395958317,(((((41:0.9939828563959593,83:0.9939828563959593):3.4865450283234063,((92:1.6288240234974605,29:1.6288240234974605):0.30381150943018387,44:1.9326355329276443):2.547892351791721):2.007913324246437,(((97:1.1815654609187016,62:1.1815654609187016):2.378052057108511,16:3.559617518027213):1.3845159616071228,78:4.944133479634336):1.544307729331467):2.3204874795086283,(93:3.7720091988061917,(11:1.6500802782602937,57:1.6500802782602937):2.1219289205458978):5.036919489668239):4.504257012062817,(((((59:3.120306707391377,(98:0.8200569734030136,50:0.8200569734030136):2.3002497339883634):3.1918665773163424,(((64:3.7061643484058333,(33:2.093125300301412,40:2.093125300301412):1.6130390481044214):0.5512098085410999,((52:2.1917625432044416,(63:1.4435356168835634,((89:0.2968222257034598,21:0.2968222257034598):1.049947169397848,1:1.3467693951013078):0.09676622178225558):0.7482269263208783):1.658652578791596,34:3.8504151219960376):0.4069590349508956):0.6228483488522931,(19:0.31963088033466375,(5:0.00589294547278546,88:0.00589294547278546):0.3137379348618783):4.560591625464562):1.4319507789084929):0.5391587716663464,(91:3.0048080528030994,(18:1.5707839253179432,(31:0.3067900880420359,12:0.3067900880420359):1.2639938372759074):1.4340241274851562):3.8465240035709662):1.1358604527375311,(((60:0.9033929478229752,37:0.9033929478229752):2.359192100881385,42:3.26258504870436):0.6475200047885799,47:3.91010505349294):4.077087455618656):0.7860926895813902,((45:2.518302257596172,94:2.518302257596172):0.6480647663843841,(27:2.5270274319513018,(55:1.0694459098169913,20:1.0694459098169913):1.4575815221343105):0.6393395920292546):5.606918174712431):4.5399005018442615):1.9160340326799759):1.981093973843997):0.0;
after prune((71:11.430084921462075,(17:7.449715181897312,((51:2.216557925573453,(10:0.8144473092643757,6:0.8144473092643757):1.402110616309077):4.43041127686706,(76:1.1259276585946132,2:1.1259276585946132):5.521041543845899):0.802745979456799):3.9803697395647637):5.780228785599146,20:17.21031370706122):0.0;
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@6107227e
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@15761df8
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@60611244
the Yule tree is(((((31:0.35189582955332854,57:0.35189582955332854):0.07648672241844634,9:0.4283825519717749):1.8027368978866831,23:2.231119449858458):6.5365387820051595,((44:3.05382225787646,((43:0.4545863207497324,71:0.4545863207497324):0.5567569286449671,(88:0.006416536668975523,64:0.006416536668975523):1.004926712725724):2.0424790084817603):3.254773451158214,((((30:0.9697399976077962,75:0.9697399976077962):1.747271898770793,34:2.717011896378589):1.9980397641212648,((41:1.210038613521752,4:1.210038613521752):2.6534674611690465,24:3.8635060746907985):0.8515455858090553):0.4018992748956487,(76:3.8490119454767835,14:3.8490119454767835):1.267938989918719):1.1916447736391715):2.459062522828943):9.58235084502546,(((((((61:2.6035872043498203,((49:1.4299702571905533,1:1.4299702571905533):0.10309748731697743,(87:0.3864101446951584,8:0.3864101446951584):1.1466575998123723):1.0705194598422896):0.2920471470211714,(39:0.4658050800293992,56:0.4658050800293992):2.4298292713415925):0.319578209372509,58:3.2152125607435007):1.2389972504577296,(91:2.06487052807449,(89:1.233152378589924,7:1.233152378589924):0.8317181494845658):2.3893392831267404):1.611023278495126,(60:1.2245346441819962,12:1.2245346441819962):4.84069844551436):1.9914491758890875,53:8.056682265585444):7.549964192333107,((((54:0.8992201449029632,79:0.8992201449029632):5.687601315238615,(15:5.7013684606838,((85:1.1442449011910396,82:1.1442449011910396):0.4578799766757995,(27:1.3952873232763927,(3:0.6884578252354759,52:0.6884578252354759):0.7068294980409168):0.2068375545904464):4.09924358281696):0.8854529994577778):4.876670043274111,((66:7.272822380893437,(86:0.5334214935185323,67:0.5334214935185323):6.739400887374905):1.4657712945315016,((((((90:0.1106019911946444,80:0.1106019911946444):0.09376066366734945,96:0.20436265486199384):1.1758960825189007,(46:0.011138221071428624,77:0.011138221071428624):1.369120516309466):0.9128616803308174,70:2.293120417711712):6.122426675815225,(((63:1.8325916120809027,(81:0.4207472737807157,73:0.4207472737807157):1.411844338300187):2.8522558626655266,(17:1.947849876700229,(72:1.6787628931089422,35:1.6787628931089422):0.2690869835912868):2.7369975980462002):1.3144633209132293,(((((83:2.821405013515803,37:2.821405013515803):1.4046974434456203,99:4.226102456961423):0.5421160915988663,0:4.76821854856029):0.32095633240703947,13:5.089174880967329):0.4043180173910672,(98:5.1730404799901715,19:5.1730404799901715):0.3204524183682249):0.5058178973012621):2.416236297867279):0.1925545168693521,(((25:1.170142723123962,(10:0.05021037025963283,32:0.05021037025963283):1.1199323528643292):2.392405815900511,(((29:0.9516705922145792,93:0.9516705922145792):2.0505778140252295,97:3.0022484062398087):0.45354906415055973,(92:2.153899876601265,69:2.153899876601265):1.3018975937891035):0.10675106863410422):2.193710784389597,(40:3.673720273083458,47:3.673720273083458):2.082539050330612):2.8518422869822198):0.1304920650286494):2.72489782799075):1.5047440851789773,((22:7.088452777784264,(((((38:1.9950295420604542,18:1.9950295420604542):0.512806611944219,(84:2.0162819364030207,45:2.0162819364030207):0.4915542176016525):0.9396868576506034,(21:1.955019185012729,42:1.955019185012729):1.4925038266425477):0.7306709718003757,(51:2.0147246103192726,5:2.0147246103192726):2.1634693731363797):0.3504058381366377,((((74:0.6753031319700397,62:0.6753031319700397):0.2581576491160472,65:0.9334607810860869):2.21581633680269,(20:2.428236051721012,94:2.428236051721012):0.7210410661677646):0.22849158134496683,(78:2.6069817491631078,(((33:0.2832484104982854,(26:0.12441140891528582,16:0.12441140891528582):0.1588370015829996):1.319447612708902,6:1.6026960232071876):0.4745291262461837,(2:0.4422928719139248,59:0.4422928719139248):1.6349322775394466):0.5297565997097364):0.7707869500706357):1.1508311223585466):2.559852956191974):3.582081035080842,((((36:0.8990333562609649,55:0.8990333562609649):3.3173948504051483,(68:1.959777263346916,11:1.959777263346916):2.2566509433191975):0.029219103153752535,(95:1.4905383551900755,50:1.4905383551900755):2.75510895462979):1.4763131439116455,(28:5.587683823622133,48:5.587683823622133):0.13427663010937785):4.9485733591335945):2.2977017757295606):2.6384108693238844):2.743362618970526):0.0;
start sample()
get parameters
initialise the sampled names
before deep copy, tree(((((71:0.10813206292678151,15:0.10813206292678151):3.4359692246951496,((38:0.39764540482832933,72:0.39764540482832933):2.2615117435627208,4:2.65915714839105):0.884944139230881):0.19564275242758322,24:3.7397440400495143):7.690340881412562,((((43:7.056572084752128,(75:6.742045567286327,((((10:0.8144473092643757,6:0.8144473092643757):1.0372888157777305,(30:0.4889728490096808,96:0.4889728490096808):1.3627632760324253):0.36482180053134683,51:2.216557925573453):4.43041127686706,(76:1.1259276585946132,(81:1.0766727871442618,2:1.0766727871442618):0.049254871450351345):5.521041543845899):0.09507636484581461):0.31452651746580074):0.18544550619355693,14:7.242017590945685):0.20769759095162676,17:7.449715181897312):2.4985887117714336,((((((39:1.8090870339388914,67:1.8090870339388914):0.19539915177358336,56:2.0044861857124747):2.199202352209367,(0:1.0785161841668753,95:1.0785161841668753):3.1251723537549667):2.7291640718116392,((77:1.1916363197597843,13:1.1916363197597843):1.4014889598812,(90:0.7245573917135749,85:0.7245573917135749):1.8685678879274095):4.339727330092497):0.7063579661740791,3:7.63921057590756):1.8389841647064724,23:9.478194740614033):0.4701091530547128):1.48178102779333):5.780228785599146,(((((54:4.806707277454648,48:4.806707277454648):2.8285985830196747,((((58:1.7197941674342823,(49:0.47860372691489644,86:0.47860372691489644):1.2411904405193859):0.37204213268465525,(61:0.4619562062895841,8:0.4619562062895841):1.6298800938293534):2.2067451907863083,(((46:1.0435589213713063,35:1.0435589213713063):0.0632052869644284,73:1.1067642083357347):1.2448834884792495,66:2.351647696814984):1.9469337940902616):0.9957690685817031,(99:0.49793242281123345,25:0.49793242281123345):4.796418136675715):2.340955300987374):2.426959508521425,(((22:0.7584302579349964,7:0.7584302579349964):0.6380956052667348,(70:1.023430600600835,28:1.023430600600835):0.3730952626008963):0.08973612862561309,(82:1.3974463127134114,32:1.3974463127134114):0.08881567911393295):8.576003377168403):1.6815919682631595,(((80:3.811520003058763,(((65:1.124501556384171,36:1.124501556384171):0.6099219691033366,74:1.7344235254875076):0.4090570098359543,(84:0.9204622122535048,53:0.9204622122535048):1.2230183230699572):1.668039467735301):0.9038998151532578,((79:2.8394680779597348,((26:0.6768155420620087,68:0.6768155420620087):2.071325186020311,87:2.7481407280823196):0.0913273498774152):1.210864452593989,69:4.050332530553724):0.6650872876582969):0.6185194704977777,9:5.333939288709798):6.409918048549109):3.485362395958317,(((((41:0.9939828563959593,83:0.9939828563959593):3.4865450283234063,((92:1.6288240234974605,29:1.6288240234974605):0.30381150943018387,44:1.9326355329276443):2.547892351791721):2.007913324246437,(((97:1.1815654609187016,62:1.1815654609187016):2.378052057108511,16:3.559617518027213):1.3845159616071228,78:4.944133479634336):1.544307729331467):2.3204874795086283,(93:3.7720091988061917,(11:1.6500802782602937,57:1.6500802782602937):2.1219289205458978):5.036919489668239):4.504257012062817,(((((59:3.120306707391377,(98:0.8200569734030136,50:0.8200569734030136):2.3002497339883634):3.1918665773163424,(((64:3.7061643484058333,(33:2.093125300301412,40:2.093125300301412):1.6130390481044214):0.5512098085410999,((52:2.1917625432044416,(63:1.4435356168835634,((89:0.2968222257034598,21:0.2968222257034598):1.049947169397848,1:1.3467693951013078):0.09676622178225558):0.7482269263208783):1.658652578791596,34:3.8504151219960376):0.4069590349508956):0.6228483488522931,(19:0.31963088033466375,(5:0.00589294547278546,88:0.00589294547278546):0.3137379348618783):4.560591625464562):1.4319507789084929):0.5391587716663464,(91:3.0048080528030994,(18:1.5707839253179432,(31:0.3067900880420359,12:0.3067900880420359):1.2639938372759074):1.4340241274851562):3.8465240035709662):1.1358604527375311,(((60:0.9033929478229752,37:0.9033929478229752):2.359192100881385,42:3.26258504870436):0.6475200047885799,47:3.91010505349294):4.077087455618656):0.7860926895813902,((45:2.518302257596172,94:2.518302257596172):0.6480647663843841,(27:2.5270274319513018,(55:1.0694459098169913,20:1.0694459098169913):1.4575815221343105):0.6393395920292546):5.606918174712431):4.5399005018442615):1.9160340326799759):1.981093973843997):0.0;
after deep copy, new tree(((((71:0.10813206292678151,15:0.10813206292678151):3.4359692246951496,((38:0.39764540482832933,72:0.39764540482832933):2.2615117435627208,4:2.65915714839105):0.884944139230881):0.19564275242758322,24:3.7397440400495143):7.690340881412562,((((43:7.056572084752128,(75:6.742045567286327,((((10:0.8144473092643757,6:0.8144473092643757):1.0372888157777305,(30:0.4889728490096808,96:0.4889728490096808):1.3627632760324253):0.36482180053134683,51:2.216557925573453):4.43041127686706,(76:1.1259276585946132,(81:1.0766727871442618,2:1.0766727871442618):0.049254871450351345):5.521041543845899):0.09507636484581461):0.31452651746580074):0.18544550619355693,14:7.242017590945685):0.20769759095162676,17:7.449715181897312):2.4985887117714336,((((((39:1.8090870339388914,67:1.8090870339388914):0.19539915177358336,56:2.0044861857124747):2.199202352209367,(0:1.0785161841668753,95:1.0785161841668753):3.1251723537549667):2.7291640718116392,((77:1.1916363197597843,13:1.1916363197597843):1.4014889598812,(90:0.7245573917135749,85:0.7245573917135749):1.8685678879274095):4.339727330092497):0.7063579661740791,3:7.63921057590756):1.8389841647064724,23:9.478194740614033):0.4701091530547128):1.48178102779333):5.780228785599146,(((((54:4.806707277454648,48:4.806707277454648):2.8285985830196747,((((58:1.7197941674342823,(49:0.47860372691489644,86:0.47860372691489644):1.2411904405193859):0.37204213268465525,(61:0.4619562062895841,8:0.4619562062895841):1.6298800938293534):2.2067451907863083,(((46:1.0435589213713063,35:1.0435589213713063):0.0632052869644284,73:1.1067642083357347):1.2448834884792495,66:2.351647696814984):1.9469337940902616):0.9957690685817031,(99:0.49793242281123345,25:0.49793242281123345):4.796418136675715):2.340955300987374):2.426959508521425,(((22:0.7584302579349964,7:0.7584302579349964):0.6380956052667348,(70:1.023430600600835,28:1.023430600600835):0.3730952626008963):0.08973612862561309,(82:1.3974463127134114,32:1.3974463127134114):0.08881567911393295):8.576003377168403):1.6815919682631595,(((80:3.811520003058763,(((65:1.124501556384171,36:1.124501556384171):0.6099219691033366,74:1.7344235254875076):0.4090570098359543,(84:0.9204622122535048,53:0.9204622122535048):1.2230183230699572):1.668039467735301):0.9038998151532578,((79:2.8394680779597348,((26:0.6768155420620087,68:0.6768155420620087):2.071325186020311,87:2.7481407280823196):0.0913273498774152):1.210864452593989,69:4.050332530553724):0.6650872876582969):0.6185194704977777,9:5.333939288709798):6.409918048549109):3.485362395958317,(((((41:0.9939828563959593,83:0.9939828563959593):3.4865450283234063,((92:1.6288240234974605,29:1.6288240234974605):0.30381150943018387,44:1.9326355329276443):2.547892351791721):2.007913324246437,(((97:1.1815654609187016,62:1.1815654609187016):2.378052057108511,16:3.559617518027213):1.3845159616071228,78:4.944133479634336):1.544307729331467):2.3204874795086283,(93:3.7720091988061917,(11:1.6500802782602937,57:1.6500802782602937):2.1219289205458978):5.036919489668239):4.504257012062817,(((((59:3.120306707391377,(98:0.8200569734030136,50:0.8200569734030136):2.3002497339883634):3.1918665773163424,(((64:3.7061643484058333,(33:2.093125300301412,40:2.093125300301412):1.6130390481044214):0.5512098085410999,((52:2.1917625432044416,(63:1.4435356168835634,((89:0.2968222257034598,21:0.2968222257034598):1.049947169397848,1:1.3467693951013078):0.09676622178225558):0.7482269263208783):1.658652578791596,34:3.8504151219960376):0.4069590349508956):0.6228483488522931,(19:0.31963088033466375,(5:0.00589294547278546,88:0.00589294547278546):0.3137379348618783):4.560591625464562):1.4319507789084929):0.5391587716663464,(91:3.0048080528030994,(18:1.5707839253179432,(31:0.3067900880420359,12:0.3067900880420359):1.2639938372759074):1.4340241274851562):3.8465240035709662):1.1358604527375311,(((60:0.9033929478229752,37:0.9033929478229752):2.359192100881385,42:3.26258504870436):0.6475200047885799,47:3.91010505349294):4.077087455618656):0.7860926895813902,((45:2.518302257596172,94:2.518302257596172):0.6480647663843841,(27:2.5270274319513018,(55:1.0694459098169913,20:1.0694459098169913):1.4575815221343105):0.6393395920292546):5.606918174712431):4.5399005018442615):1.9160340326799759):1.981093973843997):0.0;
after prune(((43:7.056572084752128,(75:6.742045567286327,((51:2.216557925573453,30:2.216557925573453):4.43041127686706,81:6.646969202440513):0.09507636484581461):0.31452651746580074):0.18544550619355693,14:7.242017590945685):9.968296116115535,(8:11.743857337258907,79:11.743857337258907):5.466456369802314):0.0;

[EvaLiyt]

When there are two SubsampledTree methods in the script, the second time running would call them from the bottom of the script. The second time running triggers SubsampledTree twice; the first time is bulk tree, and the second time is new tree. The second time results of bulk tree and new tree are written in the output files. The two Yule trees are written in psi.trees file, the top one is second generated tree while the bottom one is first generated tree.

model{
    // yule tree
    ψ ~ Yule(lambda=0.25, n=100);
    t ~ Uniform(lower=5,upper=8);
    node = ψ.getOldestInternalNode(t);

    allTaxa = ψ.getTaxaNames();
    tumourTaxa = node.getAllLeafNodeNames();
    normalTaxa = setDifference(allTaxa, tumourTaxa);

    // change name end with tree
    ψnew ~ SubsampledTree(tree=ψ, taxa=[tumourTaxa, normalTaxa], sampleFraction=[0.5,0.02]);

    // get samples in normal taxa
    newNames = ψnew.getTaxaNames();
    normalNewNames = setDifference(newNames,tumourTaxa); // normal sampled names
    tumourSampledNames = setDifference(newNames, normalNewNames); // tumour sampled names

    bulkNames = setDifference(normalTaxa,normalNewNames);
    ψbulk ~ SubsampledTree(tree=ψ, taxa=[bulkNames], sampleFraction=[0.2]);
    bulkSampledNames = ψbulk.getTaxaNames(); // bulk sampled names
}

The output would be

the Yule tree is((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@3b2cf7ab
done constructing
start sample()
get parameters
initialise the sampled names
before deep copy, tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after deep copy, new tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after prune((19:7.0856311562967065,38:7.0856311562967065):1.6616184861630519,((34:1.1585285436280013,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.9587426889445992):4.694110873872921,72:5.852639417500922):2.8946102249588366):0.0;
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@6107227e
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@15761df8
set difference, the result is [Ljava.lang.String;@60611244
done constructing
start sample()
get parameters
initialise the sampled names
before deep copy, tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after deep copy, new tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after prune(((((86:8.747249642459758,(99:3.3448984966714845,60:3.3448984966714845):5.402351145788273):1.021504163187819,76:9.768753805647577):3.7431103908043095,98:13.511864196451887):0.8852026013211205,((50:1.0209723671101802,89:1.0209723671101802):12.723135399422969,((11:4.6090638448533365,4:4.6090638448533365):3.7027130701242346,53:8.311776914977571):5.432330851555578):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((79:5.996879639478645,45:5.996879639478645):1.4580669970872986,12:7.454946636565944):1.5832113826626495,(((81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):2.376703509965475,84:2.7657596686329575):3.3679101388240267,57:6.133669807456984):2.904488211771609):2.475231636499476,61:11.51338965572807):4.735868382209635):0.0;
the Yule tree is((6:14.307300339061397,(((67:5.5822121834859,(56:2.530329153912573,95:2.530329153912573):3.0518830295733275):2.3504093027842137,(66:2.6151614377391676,62:2.6151614377391676):5.317460048530947):1.2013315091119123,(((10:3.242556035933961,((74:1.4373716337794794E-6,31:1.4373716337794794E-6):1.6360678059925013,35:1.636069243364135):1.606486792569826):4.054455325492536,(98:0.021941889087694073,41:0.021941889087694073):7.275069472338803):0.6302477653239151,((94:1.9375831044848368,90:1.9375831044848368):0.7838404872536184,(53:1.661799809424037,99:1.661799809424037):1.0596237823144183):5.205835535011957):1.2066938686316142):5.173347343679371):2.067179690354548,((((((37:2.280964039576789,16:2.280964039576789):0.21881075026953445,88:2.4997747898463234):4.894723013007065,((5:5.025422613532716,(27:2.8844819921724407,15:2.8844819921724407):2.1409406213602753):0.06533845859715814,42:5.090761072129874):2.3037367307235135):1.1650993011115824,((78:3.045879199654981,(45:1.536887387209527,(79:0.5026430070177543,40:0.5026430070177543):1.0342443801917727):1.5089918124454542):0.28976870377908126,(63:0.5919552359611433,70:0.5919552359611433):2.743692667472919):5.223949200530908):2.8430934579551383,(((((12:0.9648957870733843,84:0.9648957870733843):1.1862734986274088,(50:0.7858231910500266,(11:0.6313468339674531,87:0.6313468339674531):0.15447635708257357):1.3653460946507665):3.763644726509657,(48:0.32349966540703134,13:0.32349966540703134):5.5913143468034185):3.9408488867792384,(((33:4.106152694250949,(21:2.1485185434766247,((18:0.41657723423592763,38:0.41657723423592763):1.5707090204768055,(97:1.484953309665718,85:1.484953309665718):0.5023329450470151):0.16123228876389173):1.9576341507743242):3.229261041370668,(96:6.456116693769709,89:6.456116693769709):0.8792970418519079):1.9686188001398301,(4:4.900918200340522,(23:3.3406558050821813,(58:1.2307414492519864,39:1.2307414492519864):2.109914355830195):1.5602623952583405):4.403114335420925):0.5516303632282415):1.2882775245592875,((14:7.447214592788736,(((55:2.723930588328737,20:2.723930588328737):1.9226343163257003,((76:2.7177379296085036,(36:2.6873570951026458,0:2.6873570951026458):0.030380834505857823):0.7862609752284637,(59:0.19385833154538143,60:0.19385833154538143):3.310140573291586):1.14256599981747):0.7885459130028059,(30:4.807955711611673,(7:4.438518014313065,47:4.438518014313065):0.36943769729860865):0.6271551060455698):2.012103775131493):2.364683591561322,(83:7.718564270390285,69:7.718564270390285):2.093333913959773):1.332042239198918):0.25875013837113237):2.3253501857297234,(((((1:2.1283132835594705,46:2.1283132835594705):4.888744596815647,2:7.017057880375117):0.3325138354890802,(((3:3.84483552714844,(34:2.6391190893560372,17:2.6391190893560372):1.2057164377924026):1.9033782033337459,((73:0.19126941892622634,24:0.19126941892622634):3.3091559634511825,25:3.5004253823774087):2.247788348104777):1.3974885518873519,((19:2.8687961695151105,((68:1.538173796232762,65:1.538173796232762):1.2825512486095874,(29:1.0638809117964185,71:1.0638809117964185):1.7568441330459308):0.0480711246727612):4.061345170732789,((8:2.1356738527043992,(22:1.5809849639088311,64:1.5809849639088311):0.5546888887955681):1.022962116006216,43:3.158635968710615):3.771505371537284):0.21556094212163845):0.2038694334946598):0.36305440282450085,(51:2.0045280880188985,(86:1.9356265640313917,(44:0.9619148920928687,91:0.9619148920928687):0.9737116719385229):0.06890152398750682):5.7080980306698):3.0972405787476607,((((9:4.6745658479864725,(92:1.2999589389282655,72:1.2999589389282655):3.374606909058207):1.7548763304906823,((((93:2.1388319018140645,49:2.1388319018140645):3.181004241958203,(81:4.891398027793242,(26:0.03804455290670142,28:0.03804455290670142):4.853353474886541):0.42843811597902537):0.9886255758861839,(32:0.5049472452857845,(75:0.4793611091128029,80:0.4793611091128029):0.02558613617298161):5.803514474372667):0.020532115222012592,(52:0.1805209223493502,57:0.1805209223493502):6.148472912531114):0.10044834359669075):0.5539443607897061,(61:2.8809332599313526,(82:0.7943093011821551,54:0.7943093011821551):2.0866239587491977):4.102453279335508):3.298028402347195,77:10.281414941614056):0.528451755822303):2.918174050213473):2.6464392817661135):0.0;
start sample()
get parameters
initialise the sampled names
before deep copy, tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after deep copy, new tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after prune(((((((32:5.762140141396873,56:5.762140141396873):1.3234910148998331,99:7.0856311562967065):1.6616184861630519,86:8.747249642459758):1.021504163187819,68:9.768753805647577):3.7431103908043095,(98:9.069043690505755,28:9.069043690505755):4.442820505946132):0.8852026013211205,((97:10.209778861428592,(93:8.311776914977571,24:8.311776914977571):1.8980019464510214):3.534328905104557,1:13.74410776653315):0.6529590312398579):1.8521912401646965,(((10:5.996879639478645,41:5.996879639478645):3.041278379749948,(13:3.7863358003781746,69:3.7863358003781746):5.2518222188504184):2.475231636499476,((42:3.0014687819486037,61:3.0014687819486037):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
start sample()
get parameters
initialise the sampled names
before deep copy, tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after deep copy, new tree((((((43:5.569898312002362,(7:5.052107207248035,((68:0.5033081221520631,14:0.5033081221520631):0.3898851907264259,(80:0.008891199680747868,63:0.008891199680747868):0.8843021131977411):4.158913894369546):0.5177911047543269):2.0815633372892357,(26:0.4508124573224665,76:0.4508124573224665):7.200649191969132):2.1172921563559797,((((54:2.820196688817304,36:2.820196688817304):2.9630625533922252,86:5.783259242209529):2.8648800064650386,((72:2.8692342721444732,(85:0.31365693465976635,16:0.31365693465976635):2.555577337484707):2.9834051453564485,((22:0.7490914985799106,(17:0.19978585468340201,15:0.19978585468340201):0.5493056438965086):0.40943704504809064,34:1.1585285436280013):4.694110873872921):2.795499831173646):0.09911039378519071,((((73:3.8709508568905022,((32:2.248950128927951,(30:1.0532958504189447,64:1.0532958504189447):1.1956542785090065):0.6761404863729519,((21:1.5223187263098363,88:1.5223187263098363):0.2966415328685743,67:1.8189602591784106):1.1061303561224924):0.9458602415895991):0.3061276814862719,((83:0.3462190090263355,44:0.3462190090263355):0.35440145522127064,19:0.7006204642476062):3.4764580741291677):1.5850616030200992,(40:1.1658595631172781,(56:0.7865776658541858,39:0.7865776658541858):0.37928189726309236):4.596280578279595):1.3234910148998331,(((60:2.190639562483058,71:2.190639562483058):1.1542589341884266,99:3.3448984966714845):0.28764231862024703,((75:1.816240155745589,(38:0.8608415824671579,87:0.8608415824671579):0.955398573278431):1.3344728146580835,9:3.1507129704036725):0.4818278448880591):3.453090341004975):1.6616184861630519):1.021504163187819):3.7431103908043095,(37:11.181200631909151,((98:0.5982828567371228,18:0.5982828567371228):8.470760833768631,((28:0.8356252699737832,(66:0.8025997208910562,58:0.8025997208910562):0.033025549082726924):4.476172423941134,2:5.311797693914917):3.7572459965908376):2.1121569414033967):2.3306635645427356):0.8852026013211205,(((50:0.4588500779896013,1:0.4588500779896013):0.5621222891205789,(82:0.18161300760125113,89:0.18161300760125113):0.8393593595089291):12.723135399422969,(((0:0.12391954451345041,97:0.12391954451345041):2.9726947338776446,5:3.096614278391095):7.113164583037498,((52:0.40914626098836193,48:0.40914626098836193):9.571511762352381,((((((46:1.061587197940007,31:1.061587197940007):1.445358708472981,62:2.506945906412988):3.510416441878986,((96:2.511656094004481,95:2.511656094004481):0.48237075756830894,(93:1.596898768433447,91:1.596898768433447):1.397128083139343):3.0233354967191843):0.13861153906815016,((((74:1.72140595856325,20:1.72140595856325):1.2395526408052215,11:2.9609585993684715):1.648105245484865,(51:3.264299241746023,(4:0.19426440993439698,(90:0.06646985127490493,55:0.06646985127490493):0.12779455865949205):3.070034831811626):1.3447646031073135):0.704622166799501,(59:3.6890356586029145,23:3.6890356586029145):1.624650353049923):0.8422878757072869):2.059264860871812,(35:2.5708367930082408,25:2.5708367930082408):5.644401955223696):0.09653816674563487,(53:6.792020834868156,24:6.792020834868156):1.5197560801094152):1.6688811083631716):0.22912083808784978):3.534328905104557):0.6529590312398579):1.8521912401646965,((((47:0.33591552386553614,12:0.33591552386553614):7.119031112700408,((10:2.516451191867226,79:2.516451191867226):3.480428447611419,(((3:0.85339517821623,6:0.85339517821623):1.2479914237699146,((78:1.0520360655458072,92:1.0520360655458072):0.018352927618268566,41:1.0703889931640758):1.030997608822069):2.0765648817908926,45:4.177951483777037):1.8189281557016077):1.4580669970872986):1.5832113826626495,((13:3.7863358003781746,(((29:1.9966430123898153,(81:0.3890561586674822,69:0.3890561586674822):1.6075868537223332):0.6544824718643782,94:2.6511254842541936):0.11463418437876394,(84:1.3274137371361294,70:1.3274137371361294):1.438345931496828):1.020576131745217):2.3473340070788096,((57:0.5571740371292315,8:0.5571740371292315):1.8181756158564188,27:2.3753496529856504):3.758320154471334):2.904488211771609):2.475231636499476,(((42:1.940407913315652,33:1.940407913315652):1.0610608686329517,((65:1.7322255189484372,61:1.7322255189484372):0.3985273405729597,77:2.130752859521397):0.8707159224272067):5.615332135190957,49:8.61680091713956):2.896588738588509):4.735868382209635):0.0;
after prune(((72:2.8692342721444732,85:2.8692342721444732):2.9834051453564485,(34:1.1585285436280013,22:1.1585285436280013):4.694110873872921):7.659224778950965,(18:9.069043690505755,28:9.069043690505755):4.442820505946132):0.0;

[walterxie]

@EvaLiyt this is caused by #478, so the inputs were not updated for each sampling, then the old value (such as tree) will be kept in its generator as a parameter value. Then the other processes involving traversing the graph will be confused.