7_multi_db_only.tt2

#!/bin/bash
# perl [% stopwatch.cmd_line %]

if [ ! -d [% working_dir %]/Stats ]; then
    mkdir -p [% working_dir %]/Stats;
fi;

cd [% working_dir %]/Stats
sleep 1;

#----------------------------#
# Create anno.yml
#----------------------------#
perl [% aligndb %]/util/gff2anno.pl \
    --type CDS --remove \
    [% working_dir %]/Genomes/[% target %]/*.gff \
    > [% working_dir %]/Stats/cds.yml

perl [% aligndb %]/util/gff2anno.pl \
    --remove \
    [% working_dir %]/Genomes/[% target %]/*.rm.gff \
    > [% working_dir %]/Stats/repeat.yml

runlist merge \
    [% working_dir %]/Stats/repeat.yml \
    [% working_dir %]/Stats/cds.yml \
    -o [% working_dir %]/Stats/anno.yml

rm [% working_dir %]/Stats/repeat.yml [% working_dir %]/Stats/cds.yml

#----------------------------#
# alignDB.pl
#----------------------------#
perl [% aligndb %]/alignDB.pl \
    -d [% multi_name %] \
    --da [% working_dir %]/[% multi_name %]_refined \
    -a [% working_dir %]/Stats/anno.yml \
[% IF outgroup -%]
    --outgroup \
[% END -%]
    --chr [% working_dir %]/chr_length.csv \
    --lt [% length %] --parallel [% parallel %] --batch 5 \
    --run 1,2,5,10,21,30-32,40-42,44