3D-U-Net-TFLMS-Keras

このコードはhttps://github.com/ellisdg/3DUnetCNN (MIT License, Copyright (c) 2017 David G Ellis) の3D U-NetをTFLMS(TensorFlow Large Model Support)で出来るように改変したものです。

Code is adapted from https://github.com/ellisdg/3DUnetCNN (MIT License, Copyright (c) 2017 David G Ellis) for TFLMS.

＊元々のKerasのコードをtf.kerasでの実装に変更しました。

＊The original Keras code is changed to a tf.keras implementation.

IBMのTensorFlow Large Model Support version 1を使用しています。

詳細はhttps://github.com/IBM/tensorflow-large-model-support/tree/tflmsv1

参考記事：https://qiita.com/takeajioka/items/22b3a6d1a2b72b649ce7

Usage

Main_LMS.pyで画像のパスやwindow sizeなどのパラメータを調整して実行

export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true
python Main_LMS.py

Main.pyはTFLMSを使わないスクリプト(比較のために用いる)

python Main.py

＊Main_UMy.pyはUnified Memoryを使用するスクリプト(おまけ)

python Main_UM.py

Benefit of TFLMS

環境：RTX2080(8GB)のGPU + メインメモリ32GBの場合

TFLMSなし「Main.py」　→　TFLMSあり「Main_LMS.py」　(batch size = 8)の比較において

window size：(48, 48, 48) →　(56, 56, 56)まで解像度が向上

Environment

Anaconda

Python 3.6

tensorflow-gpu==1.14.0(for CUDA 10.0) or 1.10.0(for CUDA 9.0)

tensorfow-lms== 0.1.0 (for TFLMS)

keras==2.3.1

tifffile==2020.2.16

Author

Takehiro Ajioka

E-mail:1790651m@stu.kobe-u.ac.jp