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Add tests #11

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Aug 1, 2023
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Add tests #11

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17aca66
add tests for RNA file importing
sunm19810-pki Jul 31, 2023
25557d6
improving tests
tnrich Aug 1, 2023
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Diff view
Diff view
4 changes: 4 additions & 0 deletions packages/bio-parsers/src/genbankToJson.js
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -347,6 +347,9 @@ function genbankToJson(string, options = {}) {
if (item.match(/ss-dna/i)) {
options.isSingleStrandedDNA = true;
}
if (item.match(/rna/i)) {
options.isRna = true;
}
if (item.match(/rna/i) && !item.match(/ss-rna/i)) {
options.isDoubleStrandedRNA = true;
}
Expand All @@ -371,6 +374,7 @@ function genbankToJson(string, options = {}) {
result.parsedSequence.gbDivision = gbDivision;
result.parsedSequence.sequenceTypeFromLocus = options.sequenceTypeFromLocus;
result.parsedSequence.isSingleStrandedDNA = options.isSingleStrandedDNA;
result.parsedSequence.isRna = options.isRna;
result.parsedSequence.isDoubleStrandedRNA = options.isDoubleStrandedRNA;
result.parsedSequence.date = date;
result.parsedSequence.circular = circular;
Expand Down
1 change: 1 addition & 0 deletions packages/bio-parsers/src/utils/validateSequence.js
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -104,6 +104,7 @@ export default function validateSequence(sequence, options = {}) {
}
if (temp !== sequence.sequence) {
sequence.type = "RNA";
sequence.sequence = temp;
} else {
sequence.type = "DNA";
}
Expand Down
59 changes: 50 additions & 9 deletions packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -3,36 +3,77 @@ describe("import", function () {
cy.visit("");
});
it("import tool should be able to import a genbank file", function () {
cy.get(".veCircularView").should("exist");
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veLinearView").should("not.exist");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "pj5_00002.gb");
cy.contains("Sequence Imported").should("exist");
cy.contains("Sequence Imported");
// eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting
cy.wait(100);
cy.contains("onSave Callback").should("not.exist");
//circular view should still be focused
cy.get(".veCircularView").should("exist");
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veLinearView").should("not.exist");
});

it("import tool should be able to import a genbank file containing ds-RNA file", function () {
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veLinearView").should("not.exist");
cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg").should("not.exist");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "RNA_double_stranded.gb");
cy.contains("Sequence Imported");
cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg");
cy.contains("cugcagaauacuguugaacucccccccccc");
});

it("import tool should be able to import a genbank file containing ss-RNA file", function () {
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veLinearView").should("not.exist");
cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg").should("not.exist");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "RNA_single_stranded.gb");
cy.contains("Sequence Imported");
cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg");
cy.contains("cugcagaauacuguugaacucccccccccc").should("not.exist");
});

it("import tool should be able to import a genbank file containing ds-DNA file", function () {
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veLinearView").should("not.exist");
cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg").should("not.exist");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "DNA_double_stranded.gb");
cy.contains("Sequence Imported");
cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg");
cy.contains("ctgcagaatactgttgaactcccccccccc");
});

it("import tool should be able to import a genbank file containing ss-DNA file", function () {
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veLinearView").should("not.exist");
cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg").should("not.exist");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "DNA_single_stranded.gb");
cy.contains("Sequence Imported");
cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg");
cy.contains("ctgcagaatactgttgaactcccccccccc").should("not.exist");
});

it("import tool should be able to import a genpep file", function () {
cy.get(".veCircularView").should("exist");
cy.get(".veCircularView");
cy.get(".veRowItemSequenceContainer");
cy.get(`.veRowViewPrimaryProteinSequenceContainer`).should("not.exist");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "3DHZ_B.gp");
cy.contains("Sequence Imported").should("exist");
cy.contains("Sequence Imported");
// eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting
cy.wait(100);
cy.contains("onSave Callback").should("not.exist");
//linear view should be focused by default
cy.get(".veLinearView").should("exist");
cy.get(".veLinearView");
cy.get(".veCircularView").should("not.exist");
//AA's should show up be default
cy.get(`.veRowViewPrimaryProteinSequenceContainer`);
});
it("import tool should be able to import a genbank file, it should trigger the save function if shouldAutosave=true", function () {
cy.tgToggle("shouldAutosave");
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "pj5_00002.gb");
cy.contains("Sequence Imported").should("exist");
cy.contains("Sequence Imported");
cy.contains("onSave callback triggered");
});
it("importing multiple files should pop up a dialog to allow users to choose which sequence they'd like to focus on", function () {
Expand All @@ -52,8 +93,8 @@ describe("import", function () {
});
it("import tool should be able to import a snapgene .dna file", function () {
cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "addgene-plasmid.dna");
cy.contains("Sequence Imported").should("exist");
cy.contains("Sequence Imported");
cy.contains("pAdTrack-CMV");
cy.contains("CMV promoter").should("exist");
cy.contains("CMV promoter");
});
});
7 changes: 7 additions & 0 deletions packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,7 @@
LOCUS pj5_00002 20 bp DNA linear UNK 26-OCT-2009
DEFINITION promoter seq from pBAD33.
ACCESSION unknown
KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; .
ORIGIN
1 gacgtcttat gacaacttga gggggggggg
//
7 changes: 7 additions & 0 deletions packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,7 @@
LOCUS pj5_00002 20 bp ss-DNA linear UNK 26-OCT-2009
DEFINITION promoter seq from pBAD33.
ACCESSION unknown
KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; .
ORIGIN
1 gacgtcttat gacaacttga gggggggggg
//
7 changes: 7 additions & 0 deletions packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,7 @@
LOCUS pj5_00002 20 bp RNA linear UNK 26-OCT-2009
DEFINITION promoter seq from pBAD33.
ACCESSION unknown
KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; .
ORIGIN
1 gacgucuuau gacaacuuga gggggggggg
//
7 changes: 7 additions & 0 deletions packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb
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Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,7 @@
LOCUS pj5_00002 20 bp ss-RNA linear UNK 26-OCT-2009
DEFINITION promoter seq from pBAD33.
ACCESSION unknown
KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; .
ORIGIN
1 gacgucuuau gacaacuuga gggggggggg
//
2 changes: 1 addition & 1 deletion packages/ove/src/updateEditor.js
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -118,7 +118,7 @@ export default function updateEditor(
caret: true,
sequence: true,
cutsites: false,
reverseSequence: sequenceData?.isDoubleStrandedRNA,
reverseSequence: Boolean(sequenceData?.isDoubleStrandedRNA),
translations: false,
aminoAcidNumbers: false,
primaryProteinSequence: false,
Expand Down