Skip to content

Latest commit

 

History

History
275 lines (187 loc) · 21 KB

xa-apr-2020.md

File metadata and controls

275 lines (187 loc) · 21 KB

LXXXI ЕЖЕГОДНАЯ ИТОГОВАЯ НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ СТУДЕНТОВ И МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ С МЕЖДУНАРОДНЫМ УЧАСТИЕМ «Актуальные вопросы экспериментальной и клинической медицины – 2020»

Название

Представительность различных выборок удобства (по снимкам и по опросникам) против «золотого стандарта» (спинальный запрос, превалидизированный по независимой двойной перекрестной консенсусной выборке) при неосложненных переломах грудных и поясничных позвонков: половозрастная, нозологическая структура (локализация повреждений, структура по классификации AO 2018 г., анамнез травмы, сопутствующие патология и повреждения) и содержания лечения / Протокол

Сведения об авторах

Э. Р. Дурсунов, Н. Т. Меньшова, С. А. Семенова, Р. А. Бабанских, П. В. Желнов

(Научный руководитель — проф. Д. И. Кутянов)

Кафедра травматологии и ортопедии

Введение

Очень распространено использование выборок удобства в работах по неосложненным переломам грудных и поясничных позвонков. Однако представительность их относительно систематической выборки не уточнена. Практическая значимость: оценить возможность имеющихся выборок удобства для дальнейших анализов (а именно структуры по опросникам, средних сроков наблюдения, структуры по медицинским изображениям).

Цель

Сравнить представительность различных выборок удобства (по снимкам и по опросникам) против «золотого стандарта» (спинальный запрос, превалидизированный по независимой двойной перекрестной консенсусной выборке) при неосложненных переломах грудных и поясничных позвонков: половозрастная структура, локализация повреждений и содержания лечения.

Материалы и методы

Общий дизайн

  1. Превалидизация спинального запроса по независимой двойной перекрестной консенсусной выборке: Число вертебрологических историй болезни, которое необходимо просмотреть, чтобы пропустить одну: Спинальный запрос против ручного.
  2. Отобрать неосложненные переломы грудных и поясничных позвонков из спинального запроса, посчитать следующее: половозрастная структура, локализация повреждений и содержания лечения.
  3. Отобрать неосложненные переломы грудных и поясничных позвонков из снимков, посчитать следующее: половозрастная структура, локализация повреждений и содержания лечения.
  4. Сравнить снимки против спинального запроса. Сделать вывод: представительно или нет.
  5. Отобрать неосложненные переломы грудных и поясничных позвонков из опросников, посчитать следующее: половозрастная структура, локализация повреждений и содержания лечения.
  6. Сравнить опросники против спинального запроса. Сделать вывод: представительно или нет.

Операционализация критериев неосложненных переломов грудных и поясничных позвонков и параметров выборки

select /* T1 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t1[^0-9]|т1[^0-9]|th1[^0-9]|тн1[^0-9])') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t1[^0-9]|т1[^0-9]|th1[^0-9]|тн1[^0-9])')
union all
select /* T2 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t2|т2|th2|тн2)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t2|т2|th2|тн2)')
union all
select /* T3 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t3|т3|th3|тн3)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t3|т3|th3|тн3)')
union all
select /* T4 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t4|т4|th4|тн4)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t4|т4|th4|тн4)')
union all
select /* T5 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t5|т5|th5|тн5)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t5|т5|th5|тн5)')
union all
select /* T6 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t6|т6|th6|тн6)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t6|т6|th6|тн6)')
union all
select /* T7 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t7|т7|th7|тн7)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t7|т7|th7|тн7)')
union all
select /* T8 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t8|т8|th8|тн8)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t8|т8|th8|тн8)')
union all
select /* T9 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t9|т9|th9|тн9)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t9|т9|th9|тн9)')
union all
select /* T10 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t10|т10|th10|тн10)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t10|т10|th10|тн10)')
union all
select /* T11 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t11|т11|th11|тн11)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t11|т11|th11|тн11)')
union all
select /* T12 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (t12|т12|th12|тн12)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (t12|т12|th12|тн12)')
union all
select /* L1 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (l1|л1)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (l1|л1)')
union all
select /* L2 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (l2|л2)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (l2|л2)')
union all
select /* L3 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (l3|л3)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (l3|л3)')
union all
select /* L4 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (l4|л4)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (l4|л4)')
union all
select /* L5 */ count(*)
from `ft_form_12`
where (col_34 = 'Спинальный диагноз' and lower(col_33) regexp '(перелом|перелом тела) (l5|л5)') or (col_34 != 'Спинальный диагноз' and lower(concat(col_28, col_30, col_31, col_32)) regexp '(перелом|перелом тела) (l5|л5)')
  • Будет примесь осложненных. А также другого разного. Ничего страшного, так как основную массу все равно составят неосложненные. Для осложненных для полноты нужны были бы еще термины про неврологические нарушения, а их не используем.
  • Также здесь игнорируем написание позвонков римскими буквами. Не страшно, так как преимущественно должны быть арабские, а римские, хочется верить, будут отсутствовать случайно.
  • Также не все термины на травму, а только основные, но тоже считаем, что основную часть заберем, а отсутствующие будут отсутствовать случайно.
  • А также не берем прочие другие мелкие вариации вроде L6, прописывания позвонка прописью и т. д.
  • Также учитываем, что здесь будут пересечения между группами, но и это не страшно, так как нас интересует сравнение распределений.
  • Также здесь считаем не пациентов, а записи, что тоже не важно в контексте сравнения.

Далее блоки where везде, как выше, привожу только сами селекты.

95% ДИ считать здесь (https://www.graphpad.com/quickcalcs/CImean1/) или где-то еще.

Параметры взял согласно аннотации дисс.: https://p1m.org/phd/raw/qp.Rmd.

Половозрастная структура. Средний возраст (95% ДИ).

select avg(datediff(now(), str_to_date(col_7, "%Y-%m-%d"))/365)
from `ft_form_12`

Половозрастная структура. Доля женского пола (95% ДИ).

select sum(if(col_6 = 'Женский',1,0))/count(*)
from `ft_form_12`

Нозологическая структура. Локализация повреждений. (См. запросы выше: по каждому позвонку).

Нозологическая структура. Структура по классификации AO 2018 г. Не брать (требует ручного просмотра снимков, нет времени).

Нозологическая структура. Анамнез травмы. Не брать (требует продумывания теории, нет времени).

Нозологическая структура. Сопутствующие патология и повреждения. Не брать (требует продумывания теории, нет времени).

Содержание лечения. Только консервативное.

select count(*)
from `ft_form_12`
where col_34 != 'Спинальная операция'

Содержание лечения. Только пункционные методики. Доля вертебропластики (как прокси пункционных методик).

Регвыр взял из старого тезиса по вертебропластике на апрель 2019.

select count(*)
from `ft_form_12`
where lower(col_29) regex 'пластик|цемент'

Содержание лечения. Большая хирургия.

select count(*)
from `ft_form_12`
where lower(col_29) regex 'шов|швы'

Рассудил, что именно наличие указаний на ушивание раны является наиболее стабильным в протоколах операций и притом отсутствует в пункционных вмешательствах.

Результаты

Превалидизация спинального запроса по независимой двойной перекрестной консенсусной выборке

Доказательство консенсусности независимой двойной перекрестной ручной выборки

Ручное. Свободнопредельная каппа Коэна: … (95% ДИ: … ). Нижняя граница 95% ДИ соответствует … согласию (Landis, JR & Koch, GG (1977). The measurement of observer agreement for categorical data. Biometrics, 33, 159-174).

0.01 – 0.20 slight agreement

0.21 – 0.40 fair agreement

0.41 – 0.60 moderate agreement

0.61 – 0.80 substantial agreement

0.81 – 1.00 almost perfect or perfect agreement

Вывод: нижняя граница 95% ДИ согласие больше 0,6 (консенсус) или меньше (не консенсус, и все плохо, дальше не можем продолжать).

Доказательство сопоставимости спинального запроса против ручной выборки

Ручное. Чувствительность … (95% ДИ: …), специфичность. Доля ложноотрицательных результатов способа среди общего числа вертебрологических случаев: … (95% ДИ: …). Число вертебрологических историй болезни, которое необходимо просмотреть, чтобы пропустить одну: … (95% ДИ: …).

Спинальный запрос. Чувствительность … (95% ДИ: …), специфичность. Доля ложноотрицательных результатов способа среди общего числа вертебрологических случаев: … (95% ДИ: …). Число вертебрологических историй болезни, которое необходимо просмотреть, чтобы пропустить одну: … (95% ДИ: …).

Спинальный запрос против ручного: Число вертебрологических историй болезни, которое необходимо просмотреть, чтобы пропустить одну. Критерий МакНемара … , p = … .

Вывод: значимо не отличается по числу вертебрологических историй болезни, которое необходимо просмотреть, чтобы пропустить одну (сопоставима), или отличается (не сопоставима, и все плохо, дальше не можем продолжать).

Общая база данных

"Спинальный запрос, UPI (n ≈ 30k+)","Снимки, UPI (n ≈ 620)","Опросники, UPI (n ≈ 100+)"

Неосложненные переломы грудных и поясничных позвонков из спинального запроса: структура

Половозрастная.

Нозологическая структура: локализация повреждений.

Содержание лечения.

Снимки против спинального запроса

Неосложненные переломы грудных и поясничных позвонков из снимков: структура

Половозрастная.

Нозологическая структура: локализация повреждений.

Содержание лечения.

Снимки против спинального запроса

Сравнить по всем показателям.

Возрастная. t-критерий для зависимых выборок … , p = … .

https://www.graphpad.com/quickcalcs/ttest1/

Половая. Критерий МакНемара … , p = … .

https://www.graphpad.com/quickcalcs/McNemar1.cfm

Нозологическая структура: локализация повреждений. Тест Фридмена … , p = … .

Содержание лечения. Тест Фридмена … , p = … .

Вывод: представительно или нет.

Опросники против спинального запроса

Неосложненные переломы грудных и поясничных позвонков из опросников: структура

Половозрастная.

Нозологическая структура: локализация повреждений.

Содержание лечения.

Опросники против спинального запроса

Сравнить по всем показателям.

Возрастная. t-критерий для зависимых выборок … , p = … .

https://www.graphpad.com/quickcalcs/ttest1/

Половая. Критерий МакНемара … , p = … .

https://www.graphpad.com/quickcalcs/McNemar1.cfm

Нозологическая структура: локализация повреждений. Тест Фридмена … , p = … .

Содержание лечения. Тест Фридмена … , p = … .

Вывод: представительно или нет.

Выводы

Снимки против спинального запроса: представительно или нет.

Опросники против спинального запроса: представительно или нет.

Общий вывод: представительны эти выборки удобства или нет и могут быть ли использованы для дальнейших анализов.