italicize.R

Italicize <- function (string) {
  string <- gsub(paste0("\\b(",
                        paste0(gsub("_", "|", fixed = TRUE,
                                    c(taxa_names,
                                      'Bactrotheca', 'Bethia', 'Bowerbankia',
                                      'Calloria',
                                      'Disoma', 'Discinisca',
                                      'Eichwaldia', 'Electra', 'Enchytraeus',
                                      'Equisetum', 'Eoorthis', 'Fredericella',
                                      'Galeolaria', 'Glottidia', 'Gompholites',
                                      'Gryphus',
                                      'Hadrotreta', 'Harmothoe', 'Hydroides',
                                      'Hyolithes',
                                      'Ischnochiton', 'Kraussina', 'Lingulella',
                                      'Lochkothele', 'Loxosoma', 'Loxosomatoides',
                                      'Magelona', 'Membranipora', 'Mopalia',
                                      'Nereis', 'Neocrania', 'Notosaria',
                                      'Neoancistrocrania', 'Oikozetetes',
                                      'Paracraniops', 'Paramicrocornus',
                                      'Phascolion', 'Phoronopsis', 'Recilites',
                                      'Scolelepis',
                                      'Terebratalia', 'Themiste', 'Tubulipora',

                                      'atkinsae', 'comleyensis', 'cyrene', 'decaius',
                                      'deleta', 'minuta', 'murmanica',
                                      'schucherti', 'tenuis', 'worsleyi',

                                      'vascula', 'genitalia','lateralia',
                                      'media', 'myaria', 'terminalia',
                                      'levator ani',
                                      'et al\\.', 'et al', 'sensu')),
                               collapse='|'),
                        ")\\b"), "_\\1_", string, perl=TRUE, ignore.case=FALSE)
  gsub("\\b([A-Z]\\.) _([a-z])", "_\\1 \\2", string, perl=TRUE)
}