From 70df326d5b1141a2dec4456824a151f349bbde02 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 11:25:20 +0200 Subject: [PATCH 01/13] aanpassingen abstract --- .../150_geintegreerd_rapport/000_abstract.Rmd | 16 ++++++++-------- .../150_geintegreerd_rapport/020_Overzicht.Rmd | 2 +- 2 files changed, 9 insertions(+), 9 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/000_abstract.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/000_abstract.Rmd index e080447..d60e235 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/000_abstract.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/000_abstract.Rmd @@ -36,10 +36,10 @@ De klassificatie resulteert verder vooral in een verschuiving van middelhoog naa Op basis van een statistische verkenning tonen de sedimentdata verzameld bij de macrozoöbenthosstalen significant slibrijker wordende bodems. Dit is opvallend voor de intertidale habitats van de zijrivieren en de Zeeschelde. Opvallend is dat ook de geul van de zone met sterke saliniteitsgradiënt (Beneden-Zeeschelde) significant slibrijker wordt. Nochtans is de variatie in sedimentsamenstelling hier net groot. De geul in zone met korte verblijftijd lijkt anderzijds minder slibrijk te worden (nog niet significant). -De soortenrijkdom van het macrozoöbenthos (exclusief Oligochaeta) lijkt de laatste jaren licht te stijgen in de meeste zones van de Zeeschelde.De shannondiversiteit in het intertidaal neemt toe in vrijwel alle zones sinds 2015. +De soortenrijkdom van het macrozoöbenthos (exclusief Oligochaeta) lijkt de laatste jaren licht te stijgen in de meeste zones van de Zeeschelde. De shannondiversiteit in het intertidaal neemt toe in vrijwel alle zones sinds 2015. In het subtidaal zijn er veel diversiteitsschommelingen. In de zone met sterke saliniteitsgradiënt is er een sterke toename te noteren van schelpdieren. Vooral van de brakwaterkorfschelp (*Potamocorbula amurensis*) in het laag intertidaal en subtidaal en de platte slijkgapper (*Scrobicularia plana*) in het intertidaal. -Door de bemonstering op kleine oppervlakte is de kans op een toevalstreffer bij grotere organismen te groot (en de fout op de biomassaberekening te groot). Dit verklaart wellicht de lagere biomassaberekening voor de zone met sterke saliniteitsgradiënt in 2022. Om dit te verbeteren hebben we onze monitoringsmethodiek aangepast hebben naar een aanvullende staalname, gericht op bivalven, met grotere core en levend zeven. In de Boven-Zeeschelde werd een belangrijk deel van de systeembiomassa gerealiseerd in de zone zoet korte verblijftijd, meer bepaald in de Scheldemeander tussen Melle en Gentbrugge. We zien dat de bodemdierbiomassa hier de laatste jaren daalt. Deze daling stuurt ook mee de algemene patronen van de bodemdierbiomassa in de Zeeschelde. +Door de bemonstering op kleine oppervlakte is de kans op een toevalstreffer bij grotere organismen te groot (en de fout op de biomassaberekening te groot). Dit verklaart wellicht de lagere biomassaberekening voor de zone met sterke saliniteitsgradiënt in 2022. Om dit te verbeteren hebben we onze monitoringsmethodiek aangepast met een aanvullende staalname, gericht op bivalven, met grotere core en levend zeven. In de Boven-Zeeschelde werd een belangrijk deel van de systeembiomassa gerealiseerd in de zone zoet korte verblijftijd, meer bepaald in de Scheldemeander tussen Melle en Gentbrugge. We zien dat de bodemdierbiomassa hier de laatste jaren daalt. Deze daling stuurt ook mee de algemene patronen van de bodemdierbiomassa in de Zeeschelde. De soortenrijkdom van het hyperbenthos schommelt van jaar tot jaar. @@ -48,7 +48,7 @@ toename na juni tot het einde van het jaar. Dit bevestigt de aanname dat dit voo soorten en vooral voor garnalen, aasgarnalen en vissen, een opgroeigebied is. De evolutie van densiteiten en biomassa overheen de monitoringsjaren is onderhevig aan grote schommelingen die samen hangen met goede en slechte jaren van specifieke soorten. Sinds 2022 zien we bijzonder lage hyperbenthosdensiteiten en dalende totale hyperbenthosbiomassa in het systeem. Vooral de grijze garnaal en de langneussteurgarnaal zijn, na elk -een eigen bloeiperiode, nu al enkele jaren in lagere aantallen aanwezig. Dit resulteert in een lagere predatiedruk door deze groep in het trofische voedselweb. +een eigen bloeiperiode, nu al enkele jaren in lagere aantallen aanwezig. Dit resulteert in een lagere predatiedruk door deze groep in het voedselweb. In deze rapportage wordt de vismonitoring in 2023 op de Zeeschelde met behulp van de ankerkuil en fuiken besproken. 2023 was net als 2022 een bodemjaar voor het aantal spieringen in de Zeeschelde. Dit geldt zowel voor de ankerkuil als voor de fuikvangsten, waardoor het beeld van de absolute dominantie van deze soort zelfs in het pelagiaal vervaagt. Grondels (brakwatergrondel en ook dikkop) zijn dominant in de aantallen in de oligohaliene en zoete zones. Sinds 2022 duikt de visindex voor de zoete zone, met een ontoereikende kwaliteitsbeoordeling, voor het eerst sinds 2009 onder die van de brakke en oligohaliene zones. Deze situatie moet nauw opgevolgd worden. Naar estuarien habitatgebruik overheersen de trekvissen de visgemeenschappen van de Zeeschelde in aantal en biomassa. @@ -88,14 +88,14 @@ De instandhoudingsdoelstellingen zijn echter zeker nog niet vervuld. Het aantal waargenomen gewone zeehonden was lager dan voorgaande jaren. Er waren slechts twee waarnemingen van bruinvis en grijze zeehond. -De detail-hoogtemetingen op raaien langsheen de Zeeschelde illustreren en onderbouwen de waargenomen ontwikkelingen in de ecotopenkaarten en zijn een indicatief als early warning voor morfologische veranderingen in het systeem. Algemeen kunnen we stellen dat er in de Beneden-Zeeschelde relatief weinig gewijzigd is ten opzichte van de langjarige trend. De trends zijn eerder doorgaand. Ter hoogte van Lillo Haven (LH) is nu voor het eerste jaar sterke erosie met vorming van erosieklif op het slik vastgesteld. +De detail-hoogtemetingen op raaien langsheen de Zeeschelde illustreren en onderbouwen de waargenomen ontwikkelingen in de ecotopenkaarten en zijn indicatief als early warning voor morfologische veranderingen in het systeem. Algemeen kunnen we stellen dat er in de Beneden-Zeeschelde relatief weinig gewijzigd is ten opzichte van de langjarige trend. De trends zijn eerder doorgaand. Ter hoogte van Lillo Haven (LH) is nu voor het eerste jaar sterke erosie met vorming van erosieklif op het slik vastgesteld. De zone rond Antwerpen en Hoboken (GW en HO) wordt gekenmerkt door sterke morfodynamiek (zandmobiliteit) toe tussen de jaren erosie of sedimentatie van zand ter hoogte van de Galgenweel‐raai (GW). Hier verliest het slik wel het grootste deel van het slib waarbij meer harde substraat komt bloot te liggen. Dit illustreert de hoge dynamiek in deze zone. -Daarnaast zijn er opvallend veel aanwijzingen voor trendbreuken in 2022 en2023 in hoog en middelhoog slik in de +Daarnaast zijn er opvallend veel aanwijzingen voor trendbreuken in 2022 en 2023 in hoog en middelhoog slik in de Boven‐Zeeschelde met plotse erosie of stagnatie van de sedimentatie. In de zone tussen Rupel- en de Durmemonding wordt de stagnatie van sedimentatie en omslag naar erosie bevestigd. Hier is een trend tot verruiming van de vaargeul met gevolgen voor de slikken (minder sedimentatie tot trendbreuk naar erosie). -Een verband met de bathymetrische veranderingen en de bagger- en zandwinningshoeveelheden in het kader van de duurzame bathymetrie van de Boven-Zeeschelde en Durme kan niet worden uitgesloten. -Het lijkt daarom raadzaam om deze evoluties en de mogelijke link met de duurzame bathymetrie nauw op te volgen om sterke irreversibele morfologische veranderingen zo ver stroomopwaarts te voorkomen. -Verder onderzoek naar de recente veranderingen in deze zone en mogelijke impact van huidige rivierbeheermaatregelen is dus zeer wenselijk. +Een verband met de bathymetrische veranderingen als gevolg van de verdieping afwaarts en/of de bagger- en zandwinningshoeveelheden in de Boven-Zeeschelde en Durme kan niet worden uitgesloten. +Het lijkt daarom raadzaam om deze evoluties nauw op te volgen om sterke irreversibele morfologische veranderingen zo ver stroomopwaarts te voorkomen. +Verder onderzoek naar de recente veranderingen in deze zone en mogelijke impact van huidige rivierbeheermaatregelen is zeer wenselijk. Ook de oevererosie werd gemonitord op basis van de bathymetrische verschilkaart (2023 versus 2022, 2021 en 2020). Deze kaarten dienen voornamelijk ter ondersteuning van de interpretatie van erosie van het hoger slik en schorrand als monitoring in functie van het oeverbeheer. Er wordt als signaalfunctie een erosie (en sedimentatie) van meer dan 50 cm gehanteerd. Zowel in de Boven‐ als Beneden‐Zeeschelde zijn grote dynamieken waargenomen in enkele zones. diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/020_Overzicht.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/020_Overzicht.Rmd index ab1323c..293cec4 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/020_Overzicht.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/020_Overzicht.Rmd @@ -44,7 +44,7 @@ pad_tabellen <- maak_pad(hoofdstuk, "tabellen") ## Overzicht -In dit hoofdstuk wordt een overzicht gegeven van de natuurontwikkelingsprojecten die reeds uitgevoerd zijn in de Zeeschelde (Tabel \@ref(tab:020-tabel-natuurontwikkelingsprojecten)). +In dit hoofdstuk wordt een overzicht gegeven van de natuurontwikkelingsprojecten die reeds uitgevoerd zijn in de Zeeschelde (Tabel \@ref(tab:020-tabel-natuurontwikkelingsprojecten) en zie situering gebieden in Figuur \@ref(fig:010-figuur-waterlichamen)). Voor details over de uitvoering en de initiele evoluties in de ontpolderingen wordt verwezen naar Van de Neucker et al., (2007) en Speybroeck et al. (2011). De evoluties in de GGG's[^overzicht-1] worden opgevolgd door Universiteit Antwerpen (Maris et al., 2023). From b26251702153370267174890eb9a107745d83ff2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 11:31:14 +0200 Subject: [PATCH 02/13] aanpassingen auteurs --- .../150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd index 01d1661..2117560 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd @@ -63,7 +63,7 @@ for(i in 1:nrow(meta_data)){ Fichenummer: S-MD-V004a – Sedimentkenmerken (in functie van benthos) -**Gunther Van Ryckegem** +**Gunther Van Ryckegem**, Frank Van de Meutter, Olja Bezdenjesnji, Charles Lefranc ## Inleiding @@ -159,7 +159,7 @@ tabel_x_waarden <- .name_repair = "minimal") # hoofding tabel -caption_x_waarden <- "Significante (<0.01) lineare regressiemodellen voor slibpercentage voor de waterloop zones per fysiotoop." +caption_x_waarden <- "Significante (<0.01) lineare regressiemodellen voor slibpercentage voor de waterloop zones per fysiotoop. Estimates tonen de regressie coëfficient - positief betekent toenemende trend" # opmaak tabel tabel_x_waarden %>% From 6c7b9c02504eae2ac1d621b121cf87c3d724b9b4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 16:24:24 +0200 Subject: [PATCH 03/13] dataset extra opkuis --- .../10_sediment_data.Rmd | 62 ++++++++++++++++++- 1 file changed, 60 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd index 94a9fdd..85c6603 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd @@ -124,7 +124,7 @@ dubbel <-data2023 %>% # subset(data, !(tidaal == "subtidaal" & jaar ==2013 & waterloop == "Zeeschelde I" & # variabele %in% c("mediaan","slib") )) - data <- data %>% + sediment_data <- data %>% rbind (data2022, data2023) %>% na.omit(TRUE) @@ -139,6 +139,64 @@ data gecreëerd op `r Sys.time()` data weggeschreven naar `r paste0(pad_data, "template_data.csv")` +```{r voorbereiding dataset} + +table(sediment_data$tidaal) +sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="inter"] <- "intertidaal" +sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="inter"] <- "Intertidaal" +sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="sub"] <- "subtidaal" + +table(sediment_data$waterloop) + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb\r\n"] <- "Zeeschelde I_up" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde"] <- "Zeeschelde I_up" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde\r\n"] <- "Zeeschelde I-up" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Beneden_Dijle"] <- "Dijle" + # + # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I" + # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I" + # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb\r\n"] <- "Zeeschelde I" + # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde"] <- "Zeeschelde I" + # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde\r\n"] <- "Zeeschelde I" + # + table(sediment_data$waterloop) + sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, + levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) + + # sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, + # levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) + + + table(sediment_data$fysiotoop) + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="diep subtidaal"] <- "diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoge slikzone"] <- "hoog" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoog slik"] <- "hoog" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="lage slikzone"] <- "laag" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laag intertidaal"] <- "laag" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laag slik"] <- "laag" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="matig diep subtidaal"] <- "matig diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch matig diep subtidaal"] <- "matig diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch matig diep subtidaal"] <- "matig diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="middelhoge slikzone"] <- "midden" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="middelhoog slik"] <- "midden" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="nog te bepalen - sub"] <- "sub indet." + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="subtidaal"] <- "sub indet." + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="ondiep subtidaal"] <- "ondiep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch ondiep subtidaal"] <- "ondiep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch ondiep subtidaal"] <- "ondiep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="slik onbepaald"] <- "inter indet." + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch diep subtidaal"] <- "diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch diep subtidaal"] <- "diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch zeer diep subtidaal"] <- "diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hard antropogeen"] <- "hard substraat" + + unique(sediment_data$fysiotoop) + + + +``` + ```{r wegschrijven-data} @@ -146,7 +204,7 @@ data weggeschreven naar `r paste0(pad_data, "template_data.csv")` openxlsx::write.xlsx(data, file, rowNames = FALSE, overwrite = TRUE) - data %>% + sediment_data %>% write_delim(paste0(pad_data, "sediment_data.csv"), delim = ";") From 22e2d171e0bcabb462bc9a25b1dbc9f65b467ee1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 16:24:45 +0200 Subject: [PATCH 04/13] deel van analyseopkuis naar dataopkuis verhuisd --- .../20_sediment_analyse.Rmd | 48 ++----------------- 1 file changed, 4 insertions(+), 44 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd index 2a74639..d65101e 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd @@ -122,27 +122,9 @@ meta_data %>% ``` -```{r voorbereiding dataset} - -table(sediment_data$tidaal) -sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="inter"] <- "intertidaal" -sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="inter"] <- "Intertidaal" -sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="sub"] <- "subtidaal" - -table(sediment_data$waterloop) - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb\r\n"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde\r\n"] <- "Zeeschelde I-up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Beneden_Dijle"] <- "Dijle" - # - # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I" - # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I" - # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb\r\n"] <- "Zeeschelde I" - # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde"] <- "Zeeschelde I" - # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde\r\n"] <- "Zeeschelde I" - # +```{r voorbereiding} + + table(sediment_data$waterloop) sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) @@ -151,29 +133,7 @@ table(sediment_data$waterloop) # levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) - table(sediment_data$fysiotoop) - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="diep subtidaal"] <- "diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoge slikzone"] <- "hoog" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoog slik"] <- "hoog" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="lage slikzone"] <- "laag" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laag intertidaal"] <- "laag" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laag slik"] <- "laag" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="matig diep subtidaal"] <- "matig diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch matig diep subtidaal"] <- "matig diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch matig diep subtidaal"] <- "matig diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="middelhoge slikzone"] <- "midden" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="middelhoog slik"] <- "midden" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="nog te bepalen - sub"] <- "sub indet." - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="subtidaal"] <- "sub indet." - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="ondiep subtidaal"] <- "ondiep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch ondiep subtidaal"] <- "ondiep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch ondiep subtidaal"] <- "ondiep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="slik onbepaald"] <- "inter indet." - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch diep subtidaal"] <- "diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch diep subtidaal"] <- "diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch zeer diep subtidaal"] <- "diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hard antropogeen"] <- "hard substraat" - + table(sediment_data$fysiotoop) unique(sediment_data$fysiotoop) fyzzers <- c("hoog","midden","laag", From a9d062222fd914d92a6df49f5361ce2134194709 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 16:34:11 +0200 Subject: [PATCH 05/13] foutje naam dataset verbeterd --- moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd | 4 +++- 1 file changed, 3 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd index 85c6603..1187d3a 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd @@ -146,6 +146,8 @@ sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="inter"] <- "intertidaal" sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="inter"] <- "Intertidaal" sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="sub"] <- "subtidaal" + unique(sediment_data$tidaal) + table(sediment_data$waterloop) sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" @@ -202,7 +204,7 @@ table(sediment_data$waterloop) file <- paste0(pad_data, "S_DS_V_004a_sediment_data2008_",(year(Sys.Date())-1),"_rapportage",year(Sys.Date()),".xlsx") - openxlsx::write.xlsx(data, file, rowNames = FALSE, overwrite = TRUE) + openxlsx::write.xlsx(sediment_data, file, rowNames = FALSE, overwrite = TRUE) sediment_data %>% write_delim(paste0(pad_data, "sediment_data.csv"), From 70bc91fd9b58b3e8d2f78481e23ce24108e68e29 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 17:51:31 +0200 Subject: [PATCH 06/13] enkele titeltjes toegevoegd voor duidelijkheid --- moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd | 5 ++++- 1 file changed, 4 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd index d65101e..915b792 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd @@ -168,10 +168,12 @@ ggplot(fit$model, aes_string(x = names(fit$model)[2], y = names(fit$model)[1])) " P =",signif(summary(fit)$coef[2,4], 5))) } +#data_set regressie test <- sediment_data %>% pivot_wider(names_from = variabele, values_from = waarde) +#relaties in dataset verkennen fit1 <- lm(OM ~ mediaan, data = test) ggplotRegression(fit1) @@ -197,10 +199,11 @@ ggplotRegression(fit6) fit6 <- lm(mediaan ~ jaar, data = testslib) ggplotRegression(fit6) -####testjes +####Dataset voor regressie nested_data <- test %>% # dplyr::filter(waterloop == "Zeeschelde II") %>% + # dplyr::filter(jaar < 2023) %>% group_by(waterloop,fysiotoop) %>% nest() From 8ecf3c1d5b5c389f7592aa859e948f003efdc6c4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Fri, 11 Oct 2024 18:09:56 +0200 Subject: [PATCH 07/13] tekstueel aanpassing --- .../060_sedimentkenmerken.Rmd | 21 ++++++++----------- 1 file changed, 9 insertions(+), 12 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd index 2117560..9b4792f 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd @@ -145,7 +145,7 @@ knitr::include_graphics(paste0(pad_figuren, "060_figuur_slib_Zeeschelde_boxplotf We stellen een aantal duidelijke veranderingen in sedimentsamenstelling vast in de Zeeschelde inclusief de zijrivieren. -De selectie van de meest significante modellen is weergegeven in Tabel \@ref(tab:060-tabel-modeloutput). De regressiefiguren worden getoond in +De selectie van de meest significante modellen is weergegeven in Tabel \@ref(tab:060-tabel-modeloutput). De regressiefiguren worden getoond in (Figuur \@ref(fig:060-figuur-regressieZS-mud) en Figuur \@ref(fig:060-figuur-regressie-zijrivier-mud)) De trendanalyses worden verduidelijkt door de data weer te geven met boxplots gegroepeerd in twee tijdsreeksen vóór 2015 en vanaf 2015. Deze opdeling is gebaseerd op de knikpunt analyse uitgevoerd door Meire et al. (2021). Deze auteurs vonden in 2014 een trendbreuk in de SPM concentraties in het opwaartse turbiditeitsmaximum (van Temse tot Dendermonde). @@ -159,11 +159,11 @@ tabel_x_waarden <- .name_repair = "minimal") # hoofding tabel -caption_x_waarden <- "Significante (<0.01) lineare regressiemodellen voor slibpercentage voor de waterloop zones per fysiotoop. Estimates tonen de regressie coëfficient - positief betekent toenemende trend" +caption_x_waarden <- "Significante (<0.005) lineare regressiemodellen voor slibpercentage voor de waterloop zones per fysiotoop. Estimates tonen de regressie coëfficient - positief betekent toenemende trend" # opmaak tabel tabel_x_waarden %>% - dplyr::filter(p.value < 0.01) %>% + dplyr::filter(p.value < 0.005) %>% dplyr::arrange(p.value) %>% # dplyr::mutate_all(~replace_na(., "")) %>% kable(caption = caption_x_waarden, @@ -176,9 +176,9 @@ tabel_x_waarden %>%
-Het slibpercentage langsheen de Beneden-Nete neemt significant toe (Tabel \@ref(tab:060-tabel-modeloutput)). -Deze trend kan mogelijk gelinkt worden aan de sterk verhoogde sedimentimport uit de Grote Nete waar het rivierbed zandiger werd en er dus slibrijk materiaal uitspoelde naar afwaarts (Meire et al., 2021). -De veranderingen in de Grote Nete zijn mogelijk veroorzaakt door de activiteit van de Chinese wolhandkrab (Schoelynck et al., 2020). Een lozing met het afsterven van de waterplanten tot gevolg is ook een hypothese. +Het slibpercentage langsheen de Beneden-Nete neemt significant toe in het intertidaal (Tabel \@ref(tab:060-tabel-modeloutput)). +Deze trend kan mogelijk gelinkt worden aan de sterk verhoogde sedimentimport uit de Grote Nete waar het rivierbed zandiger werd en er dus slibrijk materiaal uitspoelde naar afwaarts of de toegenomen slibpercentages zijn veroorzaakt door de toegenomen SPM concentraties vanuit de Zeeschelde. +De veranderingen in de Grote Nete zijn mogelijk (mede) veroorzaakt door de activiteit van de Chinese wolhandkrab (Schoelynck et al., 2020). Een lozing met het afsterven van de waterplanten tot gevolg en vervolgens uitspoeling is ook een hypothese. Hoewel niet alle modellen sterk significant zijn, is deze tendens tot verhoogde intertidale 'verslibbing' ook zichtbaar langs de andere zijrivieren (Zenne, Rupel, Dijle) en langs de Zeeschelde (Figuur \@ref(fig:060-figuur-slib-zijrivieren-intertidaalboxplotperiodes) en (Figuur \@ref(fig:060-figuur-slib-Zeeschelde-intertidaalboxplotperiodes)). Er zijn andere factoren (naast Chinese wolhandkrab, die een stabiele trend toont in de monitoringperiode 2012-2017 - Van Ryckegem et al., 2018) die elk een ander gewicht kunnen hebben langsheen de estuariene gradiënt (zie Meire et al., 2021). Het aantal jaren met data in Nete, Zenne en Dijle is wel beperkt. @@ -186,12 +186,9 @@ In de periode 2015 en later zijn er enkel gegevens in 2015, 2016, 2017 en 2020. Hierdoor kunnen we voor de zijrivieren geen uitspraak doen over de recente trends. De hydrodynamica van de Zeeschelde zal de verhoogde slibfractie (als SPM) in de waterkolom in principe preferentieel sorteren en sedimenteren naar (de hogere delen van) het intertidaal. -De significante toename van het slibpercentages in de intertidale zones van de Beneden-Zeeschelde liggen daarmee in de lijn der verwachtingen, maar het is opvallend dat er zich ook een grote en significante habitatwijziging voordoet (significant hoger slibpercentage en ook kleinere mediane korrelgrootte) van de diepe onderwaterbodems van de Beneden-Zeeschelde - Zeeschelde IV (Figuur \@ref(fig:060-figuur-slib-Zeeschelde-subtidaalboxplotperiodes). Nadere analyse is wenselijk om te bekijken of deze toename indicatief is voor 'fluid mud' lagen in de diepe delen. - +De significante toename van het slibpercentages in de intertidale zones van de Beneden-Zeeschelde liggen daarmee in de lijn der verwachting. -De regressie analyse en databeschrijving wijst op geleidelijke habitatveranderingen die gaande zijn, waarschijnlijk onder invloed van de verhoogde SPM gehaltes. -Dit verhoogd slibgehalte wordt afgezet op de intertidale habitats én de onderwaterbodem. -Er zijn duidelijke aanwijzingen dat dit gerelateerd is aan de toegenomen baggeractiviteit. +Er zijn duidelijke aanwijzingen dat de verhoogde SPM gerelateerd is aan de toegenomen baggeractiviteit. Dit in combinatie met veranderingen in de debieten en het veranderde systeemvolume zorgt voor een toename van het opwaarts transport in droogteperiodes. Deze sedimentpaketten worden bij hoge (winter) debieten opnieuw afwaarts getransporteerd (Meire et al., 2021). In Zeeschelde I is er een tendens tot het zandiger worden van het matig diep (maar niet significant in datareeks). @@ -271,7 +268,7 @@ In de Zeeschelde en zijrivieren worden de intertidale habitats (vaak significant Dit verandert de leefgebieden van het macrozoöbenthos. Bijkomend onderzoek is nodig om de mogelijke effecten op de benthische gemeenschap te duiden. In de diepere geul is de variatie groot en vaak zonder duidelijk patroon. -Des te opvallender is dan ook de significante trend uit de random staalname dat de diepe geul van de Beneden-Zeeschelde slibrijker wordt. + ## Referenties From 318a156a13162d9059ebb9df318158ba8dda689c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Mon, 14 Oct 2024 08:07:16 +0200 Subject: [PATCH 08/13] data aanlevering met hoog en laagdynamische opdeling --- .../10_sediment_data.Rmd | 24 +++++++++++-------- 1 file changed, 14 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd index 1187d3a..801c8a5 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd @@ -178,19 +178,19 @@ table(sediment_data$waterloop) sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laag intertidaal"] <- "laag" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laag slik"] <- "laag" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="matig diep subtidaal"] <- "matig diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch matig diep subtidaal"] <- "matig diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch matig diep subtidaal"] <- "matig diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch matig diep subtidaal"] <- "laagdynamisch matig diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch matig diep subtidaal"] <- "hoogdynamisch matig diep" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="middelhoge slikzone"] <- "midden" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="middelhoog slik"] <- "midden" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="nog te bepalen - sub"] <- "sub indet." sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="subtidaal"] <- "sub indet." sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="ondiep subtidaal"] <- "ondiep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch ondiep subtidaal"] <- "ondiep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch ondiep subtidaal"] <- "ondiep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch ondiep subtidaal"] <- "laagdynamisch ondiep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch ondiep subtidaal"] <- "hoogdynamisch ondiep" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="slik onbepaald"] <- "inter indet." - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch diep subtidaal"] <- "diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch diep subtidaal"] <- "diep" - sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch zeer diep subtidaal"] <- "diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch diep subtidaal"] <- "laagdynamisch diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch diep subtidaal"] <- "hoogdynamisch diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch zeer diep subtidaal"] <- "hoogdynamisch zeer diep" sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hard antropogeen"] <- "hard substraat" unique(sediment_data$fysiotoop) @@ -206,9 +206,13 @@ table(sediment_data$waterloop) openxlsx::write.xlsx(sediment_data, file, rowNames = FALSE, overwrite = TRUE) - sediment_data %>% - write_delim(paste0(pad_data, "sediment_data.csv"), - delim = ";") + +###voor data analyse 2024 heb ik geen hoog vs laagdynamisch meegenomen +###data wel aangeleverd met opdeling hoog vs laagdynamisch + + # sediment_data %>% + # write_delim(paste0(pad_data, "sediment_data.csv"), + # delim = ";") ``` From 28cdd16b2eae8acdf352cf5495ace6c3c9523240 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Mon, 14 Oct 2024 08:07:37 +0200 Subject: [PATCH 09/13] nog verduidelijking hoog / laagdynamische stalen --- .../150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd | 8 ++++---- 1 file changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd index 9b4792f..55a896b 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd @@ -79,15 +79,15 @@ De data werden geanalyseerd in R (R Core Team, 2019). Het aantal sedimentstalen per campagne is weergegeven in Tabel \@ref(tab:060-tabel-sediment). -In het veld wordt net naast elk macrozoöbenthosstaal een sedimentstaal verzameld met een steekbuis (diameter 2cm) tot op 10 cm diepte. -De jaarlijkse campagnes vallen steeds in september – oktober. +In het veld wordt net naast elk macrozoöbenthosstaal (stratified random - hoofdstuk Macrozoöbenthos) een sedimentstaal verzameld met een steekbuis (diameter 2cm) tot op 10 cm diepte. +De jaarlijkse campagnes vallen steeds in september – oktober. Sinds 2023 is in het subtiaal een staalname in laag- en hoogdynamisch habitat. De data is aangeleverd met deze opdeling maar nog niet gerapporteerd volgens waterdynamiekklassen. Het organische stofgehalte van het sediment wordt bepaald door een hoeveelheid sediment te drogen (bij 105°C tot constante massa), te wegen en vervolgens gedurende 2 uur te verassen bij 550°C. Het bekomen verlies aan massa ten gevolge van het verbranden van de organische component, het asvrij drooggewicht, wordt uitgedrukt als percentage van de oorspronkelijke droge massa van het deelstaal. In Van Ryckegem et al. (2017) wordt uitvoerig de analyseprocedure en de datacorrectie besproken naar aanleiding van veranderingen in protocol en meettoestellen. De geleverde data is de gecorrigeerde data. In 2015 en 2013 bleken de korrelgrootte analyses voor de intertidale batch Zeeschelde IV en in 2013 voor de subtidale batch Zeeschelde I onbetrouwbaar. Deze data werd niet aangeleverd en is buiten de analyse gelaten. -In Van de Meutter et al. (2022) een uitgebreide kwaliteitscontrole gepresenteerd van de INBO analysemethode voor korrelgrootteverdeling (adhv een Coultern counter). +In Van de Meutter et al. (2022) een uitgebreide kwaliteitscontrole gepresenteerd van de INBO analysemethode voor korrelgrootteverdeling. De herhaalbaarheid van de metingen is hoog (mediaan verschil: ca. -1 tot 4µm; gemiddelde verschil: ca. -5 tot 7µm; standaarddeviatie (SD) \~ 15µm). Afwijkende metingen (\> 2 keer SD) kunnen voorkomen in circa 7% van de stalen. @@ -191,7 +191,7 @@ De significante toename van het slibpercentages in de intertidale zones van de B Er zijn duidelijke aanwijzingen dat de verhoogde SPM gerelateerd is aan de toegenomen baggeractiviteit. Dit in combinatie met veranderingen in de debieten en het veranderde systeemvolume zorgt voor een toename van het opwaarts transport in droogteperiodes. Deze sedimentpaketten worden bij hoge (winter) debieten opnieuw afwaarts getransporteerd (Meire et al., 2021). -In Zeeschelde I is er een tendens tot het zandiger worden van het matig diep (maar niet significant in datareeks). +In Zeeschelde I is er een tendens tot het zandiger worden van het matig diep (maar niet significant in datareeks). De subtidale bodems vertonen geen sterk significante trends. De trendgrafiek en boxplot tonen wel het slibrijker worden van de diepe geul van de Beneden-Zeeschelde. Dit heeft waarschijnlijk te maken met de veranderde staalname strategie waarbij gericht meer stalen in laagdynamisch habitat genomen worden. Deze habitats zijn slibrijker volgens de eerste resultaten en veroorzaken de trend. In de gekozen ruimtelijke afbakening (KRW-zones) van deze verkennende analyse komen geen significante veranderingen aan het licht in Zeeschelde III. Deze zone is sedimentologisch/morfologisch heterogeen, mogelijk loont het om ruimtelijk homogenere eenheden af te bakenen voor analyses (bv. stroomopwaarts en stroomafwaarts Rupel). Een diepgaandere analyse van de data is nodig om correlaties te zoeken met mogelijk verklarende factoren. From c4f72abbd2684220ccc00b89a054018c640ca712 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VANOVERBEKE Date: Mon, 14 Oct 2024 12:09:01 +0200 Subject: [PATCH 10/13] aanpassingen auteurs --- moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/index.Rmd | 10 ++++++++++ 1 file changed, 10 insertions(+) diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/index.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/index.Rmd index fd987fe..0cd0c64 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/index.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/index.Rmd @@ -33,6 +33,7 @@ author: - name: given: Wim family: Mertens + orcid: 0000-0003-2703-2371 affiliation: Research Institute for Nature and Forest (INBO) - name: given: Alexander @@ -44,6 +45,11 @@ author: family: Van Thyune orcid: 0000-0001-6362-3588 affiliation: Research Institute for Nature and Forest (INBO) + - name: + given: Rhea + family: Maesele + orcid: 0009-0009-6756-797X + affiliation: Research Institute for Nature and Forest (INBO) - name: given: Vincent family: Smeekens @@ -60,6 +66,10 @@ author: given: Dimitri family: Buerms affiliation: Research Institute for Nature and Forest (INBO) + - name: + given: Ada + family: Coudenys + affiliation: Research Institute for Nature and Forest (INBO) - name: given: Nico family: De Regge From bf590cc35a80fdfda5bdd313c83a8ed08e45917b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Mon, 14 Oct 2024 15:11:12 +0200 Subject: [PATCH 11/13] data voorbereiding Zeeschelde I opdeling --- .../10_sediment_data.Rmd | 27 ++++++++++++------- 1 file changed, 17 insertions(+), 10 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd index 801c8a5..f66b755 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/10_sediment_data.Rmd @@ -149,12 +149,19 @@ sediment_data$tidaal[sediment_data$tidaal=="sub"] <- "subtidaal" unique(sediment_data$tidaal) table(sediment_data$waterloop) - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb\r\n"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde"] <- "Zeeschelde I_up" - sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde\r\n"] <- "Zeeschelde I-up" + +## tijarm Zwijnaarde en Gentbrugge-Melle afzonderlijk aanleveren +sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde Ia" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde Ia" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb\r\n"] <- "Zeeschelde Ia" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde"] <- "Zeeschelde Ib" + sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I tijarm Zwijnaarde\r\n"] <- "Zeeschelde Ib" sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Beneden_Dijle"] <- "Dijle" + +sediment_data <- sediment_data %>% + mutate(waterloop = if_else(startsWith(locatie, "TZ"), "Zeeschelde Ib", waterloop)) +sediment_data <- sediment_data %>% + mutate(waterloop = if_else(startsWith(locatie, "GM"), "Zeeschelde Ia", waterloop)) # # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde_trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I" # sediment_data$waterloop[sediment_data$waterloop=="Zeeschelde I trj_Ml_Gb"] <- "Zeeschelde I" @@ -164,10 +171,10 @@ table(sediment_data$waterloop) # table(sediment_data$waterloop) sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, - levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) + levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde Ia","Zeeschelde Ib", "Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) # sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, - # levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) + # levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde Ia","Zeeschelde Ib", "Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) table(sediment_data$fysiotoop) @@ -210,9 +217,9 @@ table(sediment_data$waterloop) ###voor data analyse 2024 heb ik geen hoog vs laagdynamisch meegenomen ###data wel aangeleverd met opdeling hoog vs laagdynamisch - # sediment_data %>% - # write_delim(paste0(pad_data, "sediment_data.csv"), - # delim = ";") + sediment_data %>% + write_delim(paste0(pad_data, "sediment_data.csv"), + delim = ";") ``` From 882e40e9ca3b58d698014b20af8ab8a323e57ec2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Mon, 14 Oct 2024 15:11:38 +0200 Subject: [PATCH 12/13] regressie analyse zonder traject Zwijnaarde voor Zeeschelde I --- .../20_sediment_analyse.Rmd | 37 +++++++++++++------ 1 file changed, 26 insertions(+), 11 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd index 915b792..8aba13b 100644 --- a/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd +++ b/moneos_2024/060_sedimentkenmerken/20_sediment_analyse.Rmd @@ -125,24 +125,39 @@ meta_data %>% ```{r voorbereiding} - table(sediment_data$waterloop) - sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, - levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) - - # sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, - # levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up","Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) + table(sediment_data$waterloop) +##Ruimtelijke indeling +##Zeeschelde Ia = Scheldemeander Melle Gentbrugge +##Zeeschelde Ib = Traject Zwijnaarde - ringvaart + +sediment_data$waterloop <- factor(sediment_data$waterloop, + levels=c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde Ia","Zeeschelde Ib", "Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne")) - table(sediment_data$fysiotoop) - unique(sediment_data$fysiotoop) - + + +##fysiotopen +##data-analyse 2024 - laag en hoogdynamisch niet meegenomen in analyse + +table(sediment_data$fysiotoop) + +sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch matig diep"] <- "matig diep" +sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch matig diep"] <- "matig diep" +sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch ondiep"] <- "ondiep" +sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch ondiep"] <- "ondiep" +sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="laagdynamisch diep"] <- "diep" + sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch diep"] <- "diep" +sediment_data$fysiotoop[sediment_data$fysiotoop=="hoogdynamisch zeer diep"] <- "diep" + +unique(sediment_data$fysiotoop) + fyzzers <- c("hoog","midden","laag", "hard substraat","inter indet.","ondiep", "matig diep","diep", "sub indet.","onbepaald") sediment_data$fysiotoop <- factor(sediment_data$fysiotoop, levels = fyzzers) - hoofd <- c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde I_up" ) - # hoofd <- c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I") + #hoofd <- c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I","Zeeschelde Ia", "Zeeschelde Ib") + hoofd <- c("Zeeschelde IV","Zeeschelde III","Zeeschelde II","Zeeschelde I") zij <- c("Rupel","Durme","Nete","Dijle","Zenne") inter <- c("inter indet.","laag", "hoog", "midden") sub <- c("diep","matig diep","ondiep","sub indet.") From 087105343c4bafbb2289f17fbc825bb7944e5f37 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: VAN RYCKEGEM Date: Mon, 14 Oct 2024 15:11:56 +0200 Subject: [PATCH 13/13] toevoeging rapport --- .../150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd | 6 +++--- 1 file changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd index 55a896b..e8d8eac 100644 --- a/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd +++ b/moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/060_sedimentkenmerken.Rmd @@ -80,7 +80,7 @@ De data werden geanalyseerd in R (R Core Team, 2019). Het aantal sedimentstalen per campagne is weergegeven in Tabel \@ref(tab:060-tabel-sediment). In het veld wordt net naast elk macrozoöbenthosstaal (stratified random - hoofdstuk Macrozoöbenthos) een sedimentstaal verzameld met een steekbuis (diameter 2cm) tot op 10 cm diepte. -De jaarlijkse campagnes vallen steeds in september – oktober. Sinds 2023 is in het subtiaal een staalname in laag- en hoogdynamisch habitat. De data is aangeleverd met deze opdeling maar nog niet gerapporteerd volgens waterdynamiekklassen. +De jaarlijkse campagnes vallen steeds in september – oktober. Sinds 2023 is in het subtiaal een staalname in laag- en hoogdynamisch habitat. De data is aangeleverd met deze opdeling maar nog niet gerapporteerd volgens waterdynamiekklassen in deze rapportage. Zeeschelde I is voor de sedimentrapportage exclusief traject Zwijnaarde - ringvaart en exclusief de Scheldemeander tussen de ringvaart en Gentbrugge. Het organische stofgehalte van het sediment wordt bepaald door een hoeveelheid sediment te drogen (bij 105°C tot constante massa), te wegen en vervolgens gedurende 2 uur te verassen bij 550°C. Het bekomen verlies aan massa ten gevolge van het verbranden van de organische component, het asvrij drooggewicht, wordt uitgedrukt als percentage van de oorspronkelijke droge massa van het deelstaal. In Van Ryckegem et al. (2017) wordt uitvoerig de analyseprocedure en de datacorrectie besproken naar aanleiding van veranderingen in protocol en meettoestellen. @@ -178,7 +178,7 @@ tabel_x_waarden %>% Het slibpercentage langsheen de Beneden-Nete neemt significant toe in het intertidaal (Tabel \@ref(tab:060-tabel-modeloutput)). Deze trend kan mogelijk gelinkt worden aan de sterk verhoogde sedimentimport uit de Grote Nete waar het rivierbed zandiger werd en er dus slibrijk materiaal uitspoelde naar afwaarts of de toegenomen slibpercentages zijn veroorzaakt door de toegenomen SPM concentraties vanuit de Zeeschelde. -De veranderingen in de Grote Nete zijn mogelijk (mede) veroorzaakt door de activiteit van de Chinese wolhandkrab (Schoelynck et al., 2020). Een lozing met het afsterven van de waterplanten tot gevolg en vervolgens uitspoeling is ook een hypothese. +De veranderingen in de Grote Nete zijn mogelijk (mede) veroorzaakt door de activiteit van de Chinese wolhandkrab (Schoelynck et al., 2020). Een toxische lozing met het afsterven van de waterplanten tot gevolg en vervolgens uitspoeling is ook een hypothese. Hoewel niet alle modellen sterk significant zijn, is deze tendens tot verhoogde intertidale 'verslibbing' ook zichtbaar langs de andere zijrivieren (Zenne, Rupel, Dijle) en langs de Zeeschelde (Figuur \@ref(fig:060-figuur-slib-zijrivieren-intertidaalboxplotperiodes) en (Figuur \@ref(fig:060-figuur-slib-Zeeschelde-intertidaalboxplotperiodes)). Er zijn andere factoren (naast Chinese wolhandkrab, die een stabiele trend toont in de monitoringperiode 2012-2017 - Van Ryckegem et al., 2018) die elk een ander gewicht kunnen hebben langsheen de estuariene gradiënt (zie Meire et al., 2021). Het aantal jaren met data in Nete, Zenne en Dijle is wel beperkt. @@ -191,7 +191,7 @@ De significante toename van het slibpercentages in de intertidale zones van de B Er zijn duidelijke aanwijzingen dat de verhoogde SPM gerelateerd is aan de toegenomen baggeractiviteit. Dit in combinatie met veranderingen in de debieten en het veranderde systeemvolume zorgt voor een toename van het opwaarts transport in droogteperiodes. Deze sedimentpaketten worden bij hoge (winter) debieten opnieuw afwaarts getransporteerd (Meire et al., 2021). -In Zeeschelde I is er een tendens tot het zandiger worden van het matig diep (maar niet significant in datareeks). De subtidale bodems vertonen geen sterk significante trends. De trendgrafiek en boxplot tonen wel het slibrijker worden van de diepe geul van de Beneden-Zeeschelde. Dit heeft waarschijnlijk te maken met de veranderde staalname strategie waarbij gericht meer stalen in laagdynamisch habitat genomen worden. Deze habitats zijn slibrijker volgens de eerste resultaten en veroorzaken de trend. +In Zeeschelde I is er een tendens tot het zandiger worden van het matig diep (maar niet significant in datareeks). De subtidale bodems vertonen geen sterk significante trends. De trendgrafiek en boxplot tonen wel het slibrijker worden van de diepe geul van de Beneden-Zeeschelde. Dit heeft waarschijnlijk te maken met de veranderde staalname strategie waarbij gericht stalen in het laagdynamisch habitat genomen worden. Deze habitats zijn slibrijker volgens de eerste resultaten en veroorzaken de trend. In de gekozen ruimtelijke afbakening (KRW-zones) van deze verkennende analyse komen geen significante veranderingen aan het licht in Zeeschelde III. Deze zone is sedimentologisch/morfologisch heterogeen, mogelijk loont het om ruimtelijk homogenere eenheden af te bakenen voor analyses (bv. stroomopwaarts en stroomafwaarts Rupel). Een diepgaandere analyse van de data is nodig om correlaties te zoeken met mogelijk verklarende factoren.