From dfa48977cfed0b29af1f5839ef4408c8dcc06ee8 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Thorin Tabor <tmtabor@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 16 Sep 2021 14:53:27 -0700
Subject: [PATCH 1/2] Adding Dockerfile

---
 Dockerfile | 47 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 47 insertions(+)
 create mode 100644 Dockerfile

diff --git a/Dockerfile b/Dockerfile
new file mode 100644
index 0000000..f0acb7e
--- /dev/null
+++ b/Dockerfile
@@ -0,0 +1,47 @@
+# Dockerfile for running igv-jupyter from a pip install
+
+# Pull the latest known good scipy notebook image from the official Jupyter stacks
+FROM jupyter/scipy-notebook:2021-08-16
+
+MAINTAINER Thorin Tabor <tmtabor@cloud.ucsd.edu>
+EXPOSE 8888
+
+#############################################
+##  ROOT                                   ##
+##      Install npm                        ##
+#############################################
+
+USER root
+
+RUN apt-get update && apt-get install -y npm
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Install python libraries           ##
+#############################################
+
+USER $NB_USER
+
+RUN conda install -c conda-forge jupyterlab=3.1
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Install nbtools                    ##
+#############################################
+
+RUN pip install nbtools==21.9.0b1
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Install nbtools igv-jupyter        ##
+#############################################
+
+RUN pip install igv-jupyter && jupyter lab build
+
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Launch lab by default              ##
+#############################################
+
+ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true"
+ENV TERM xterm

From 752f1bb0e3a59c7d5d9413ba12fd84dcf071f72e Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Thorin Tabor <tmtabor@users.noreply.github.com>
Date: Thu, 16 Sep 2021 15:03:19 -0700
Subject: [PATCH 2/2] Updating Dockerfile

---
 Dockerfile | 8 ++++++++
 1 file changed, 8 insertions(+)

diff --git a/Dockerfile b/Dockerfile
index f0acb7e..cd0ba4b 100644
--- a/Dockerfile
+++ b/Dockerfile
@@ -38,6 +38,14 @@ RUN pip install nbtools==21.9.0b1
 
 RUN pip install igv-jupyter && jupyter lab build
 
+#############################################
+##  $NB_USER                               ##
+##      Add all example notebooks          ##
+#############################################
+
+RUN mkdir /home/jovyan/examples
+COPY ./examples /home/jovyan/examples
+
 #############################################
 ##  $NB_USER                               ##
 ##      Launch lab by default              ##