diff --git a/Dockerfile b/Dockerfile new file mode 100644 index 0000000..cd0ba4b --- /dev/null +++ b/Dockerfile @@ -0,0 +1,55 @@ +# Dockerfile for running igv-jupyter from a pip install + +# Pull the latest known good scipy notebook image from the official Jupyter stacks +FROM jupyter/scipy-notebook:2021-08-16 + +MAINTAINER Thorin Tabor +EXPOSE 8888 + +############################################# +## ROOT ## +## Install npm ## +############################################# + +USER root + +RUN apt-get update && apt-get install -y npm + +############################################# +## $NB_USER ## +## Install python libraries ## +############################################# + +USER $NB_USER + +RUN conda install -c conda-forge jupyterlab=3.1 + +############################################# +## $NB_USER ## +## Install nbtools ## +############################################# + +RUN pip install nbtools==21.9.0b1 + +############################################# +## $NB_USER ## +## Install nbtools igv-jupyter ## +############################################# + +RUN pip install igv-jupyter && jupyter lab build + +############################################# +## $NB_USER ## +## Add all example notebooks ## +############################################# + +RUN mkdir /home/jovyan/examples +COPY ./examples /home/jovyan/examples + +############################################# +## $NB_USER ## +## Launch lab by default ## +############################################# + +ENV JUPYTER_ENABLE_LAB="true" +ENV TERM xterm