C'est une suite d'outils.
Documentation : https://github.com/MIC-DKFZ/MITK-Diffusion/
Contient, entres autres, les outils suivant.
On l'utilise pour visualiser les fibres (*.fib) générées par la bibliothèque logicielle Simulation Generator.
Le logiciel Mi-Brain peut être utilisé à la place de Fiberfox, puisque ce premier est conceptuellement une couche de visualisation par-dessus MITK-Diffusion. Il est plus léger et plus simple à utiliser que MITK Diffusion.
Le réplicat généré du fantôme FiberCup se trouve au lien suivant : https://www.nitrc.org/projects/diffusion-data/.
Wrapper Python de Fiberfox : https://github.com/PennBBL/fiberfox-wrapper
Wrapper Python de Fiberfox, mis à jour : https://github.com/dPys/fiberfox-wrapper
Wrapper Python de Fiberfox, ma version (inachevée) : https://github.com/benoit-dubreuil/fiberfox-wrapper
Le script MitkRandomFiberPhantom.(bat | sh) qui se situe à la racine de l'installation de MITK Diffusion.
Documentation https://docs.mitk.org/2016.11/org_mitk_views_fiberfoxview.html.
Outil Python de génération de fibre de matière blanche développé par Alex Valcourt Caron. Cet outil est un wrapper Python de VoxSim.
Code source : https://bitbucket.org/voxsim/simulation_generator
Alex Valcourt Caron est un étudiant au doctorat à l'université de Sherbrooke (hiver 2022) sous la supervision du professeur Maxime Descoteaux au laboratoire SCIL.
L'extrant de l'outil est compatible avec Fiberfox (VTK).
L'outil automatise la création manuelle de bundles de fibres de matières blanches de Fiberfox.
L'outil est supporté et utilisable. Il a déjà été utilisé par différentes personnes / étudiants. Il sera encore supporté.
Voir la page du projet Simulation Generator.
Singularity est un exécuteur de conteneurs logiciels employé afin de simplifier l'accès à VoxSim, le rouleur de simulations de fibres de matière blanche qui est basé sur MITK Diffusion. La simulation consiste en la génération de fibres de matière blanche jusqu'à la simulation de l'acquisition de signaux d'IRM.
Il faut l'installer sur une machine Linux. Pour Windows, utiliser l'environnement WSL2.
Voici le guide d'utilisation. Voici le guide d'administration.
Si Windows est utilisé, alors il faut que Python ≥ 3.7 soit installé dans l'environnement WSL2. Simulation Generator appelle la singularité à partir de scripts Python.
Dans le but d'exploiter Simulation Generator aux fins du projet, je dois moi-même développer le ou les fichiers de configuration des paramètres de génération (ex: base_anchors).
Activez l'environnement Python dans lequel Simulation Generator a été installé.
source ./env/bin/activateLancez la simulation en prenant soin de ne fournir que des chemins absolus dépourvus de liens symboliques. Dans le cas suivant, je suis connecté au sous-système Ubuntu (WSL2) de ma machine Windows 10.
python3 ./simulation_generator/scripts/simulation_runner.py --out /mnt/c/Users/Admin/Documents/Moi/Workspace/School/UQAM/inf6200-h2022/user/outAllez dans dans le dossier geometry_outputs.
cd ./out/geometry_outputs/Constatez les fichiers extrants.
ls -lConstatez le fichier *merged_bundles.fib qui contient la fusion de tous bundles générés de fibres de matière blanche.
ls -l *merged_bundles.fibLa simulation (VoxSim) génère, entre autres, des fichiers *.fib dans le dossier geometry_outputs de la sortie, en plus des fichiers *.vspl et *geometry_base.json
à la racine de la sortie.
Le fichier *.vspl est un fichier de configuration et de limites de fibres.
C’est en fait le monde des fibres ou des grappes (clusters) de fibres.
Penser à un monde local d’un modèle / objet en infographie vs *geometry_base.json qui est le monde racine.
Les fichiers *.nii sont des images 3D / 4D.
Les fichiers *.vtk contiennent les points sur les surfaces des sphères
Pour l'instant, seulement les fichiers *.fib nous intéressent.
Afin d'avoir accès à la documentation dans un format ergonomique, il faut la construire à partir du script shell build_documentation.sh lorsque l'environnement Python
est activé.
Répertoires et fichiers intéressants :
scripts/contient des exemplessimulator/contient l'APIscripts/geometry_factory.py
- Centroïde de bundle (Simulation Generator) : ligne directrice au centre du bundle, c'est-à-dire l'axe. Dans l'outil Simulation Generator, un centroïde de bundle est définit par l'entremise d'une spline composée d'ancres. Lors de la simulation, la spline génère des ellipses, tout comme Fiberfox.
- Sphèrere (Simulation Generator) : définit un compartiment qui n'est pas de la matière blanche, par exemple la matière grise ou de l'eau.
Ce n'est pas grave si les ancres dépassent les limites. À cause de petits problèmes de clipping, on souhaite dépasser les ancres.
Documentation : http://www.emmanuelcaruyer.com/phantomas.php
Code source : https://github.com/ecaruyer/phantomas
Editeur de LaTeX pour l'écriture du rapport du cours INF6200.
Lien du document Overleaf du rapport : https://www.overleaf.com/project/6239d6dc52aac4c86b3c705e
Lien d'un exemple PDF d'un rapport écrit avec Overleaf : https://github.com/linum-uqam/stage-2021-gael/blob/main/Rapport.pdf