From 17aca66c257dd94eccb24c1cf2e29f66b9e1abb8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: sunm19810-pki Date: Mon, 31 Jul 2023 20:02:38 +0800 Subject: [PATCH 1/2] add tests for RNA file importing --- packages/bio-parsers/src/genbankToJson.js | 4 ++ .../bio-parsers/src/utils/validateSequence.js | 1 + packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js | 49 +++++++++++++++++++ .../cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb | 7 +++ .../cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb | 7 +++ .../cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb | 7 +++ .../cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb | 7 +++ packages/ove/src/updateEditor.js | 2 +- 8 files changed, 83 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb create mode 100644 packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb create mode 100644 packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb create mode 100644 packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb diff --git a/packages/bio-parsers/src/genbankToJson.js b/packages/bio-parsers/src/genbankToJson.js index 0cedd5d3..cda47833 100644 --- a/packages/bio-parsers/src/genbankToJson.js +++ b/packages/bio-parsers/src/genbankToJson.js @@ -347,6 +347,9 @@ function genbankToJson(string, options = {}) { if (item.match(/ss-dna/i)) { options.isSingleStrandedDNA = true; } + if (item.match(/rna/i)) { + options.isRna = true; + } if (item.match(/rna/i) && !item.match(/ss-rna/i)) { options.isDoubleStrandedRNA = true; } @@ -371,6 +374,7 @@ function genbankToJson(string, options = {}) { result.parsedSequence.gbDivision = gbDivision; result.parsedSequence.sequenceTypeFromLocus = options.sequenceTypeFromLocus; result.parsedSequence.isSingleStrandedDNA = options.isSingleStrandedDNA; + result.parsedSequence.isRna = options.isRna; result.parsedSequence.isDoubleStrandedRNA = options.isDoubleStrandedRNA; result.parsedSequence.date = date; result.parsedSequence.circular = circular; diff --git a/packages/bio-parsers/src/utils/validateSequence.js b/packages/bio-parsers/src/utils/validateSequence.js index 42b19be8..3d852652 100644 --- a/packages/bio-parsers/src/utils/validateSequence.js +++ b/packages/bio-parsers/src/utils/validateSequence.js @@ -104,6 +104,7 @@ export default function validateSequence(sequence, options = {}) { } if (temp !== sequence.sequence) { sequence.type = "RNA"; + sequence.sequence = temp; } else { sequence.type = "DNA"; } diff --git a/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js b/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js index e55bbb78..e651d0c4 100644 --- a/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js +++ b/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js @@ -14,6 +14,55 @@ describe("import", function () { cy.get(".veCircularView").should("exist"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); }); + + it("import tool should be able to import a genbank file containing ds-RNA file", function () { + cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "RNA_double_stranded.gb"); + cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting + cy.wait(100); + cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); + cy.contains("gacgucuuaugacaacuuga").should("exist"); + cy.contains("cugcagaauacuguugaacu").should("exist"); + }); + + it("import tool should be able to import a genbank file containing ss-RNA file", function () { + cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "RNA_single_stranded.gb"); + cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting + cy.wait(100); + cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); + cy.contains("gacgucuuaugacaacuuga").should("exist"); + cy.contains("cugcagaauacuguugaacu").should("not.exist"); + }); + + it("import tool should be able to import a genbank file containing ds-DNA file", function () { + cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "DNA_double_stranded.gb"); + cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting + cy.wait(100); + cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); + cy.contains("gacgtcttatgacaacttga").should("exist"); + cy.contains("ctgcagaatactgttgaact").should("exist"); + }); + + it("import tool should be able to import a genbank file containing ss-DNA file", function () { + cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "DNA_single_stranded.gb"); + cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting + cy.wait(100); + cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); + cy.contains("gacgtcttatgacaacttga").should("exist"); + cy.contains("ctgcagaatactgttgaact").should("not.exist"); + }); + it("import tool should be able to import a genpep file", function () { cy.get(".veCircularView").should("exist"); cy.get(".veRowItemSequenceContainer"); diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb new file mode 100644 index 00000000..811ddfc5 --- /dev/null +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb @@ -0,0 +1,7 @@ +LOCUS pj5_00002 20 bp DNA linear UNK 26-OCT-2009 +DEFINITION promoter seq from pBAD33. +ACCESSION unknown +KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . +ORIGIN + 1 gacgtcttat gacaacttga +// diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb new file mode 100644 index 00000000..a3b2fc17 --- /dev/null +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb @@ -0,0 +1,7 @@ +LOCUS pj5_00002 20 bp ss-DNA linear UNK 26-OCT-2009 +DEFINITION promoter seq from pBAD33. +ACCESSION unknown +KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . +ORIGIN + 1 gacgtcttat gacaacttga +// diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb new file mode 100644 index 00000000..8a808630 --- /dev/null +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb @@ -0,0 +1,7 @@ +LOCUS pj5_00002 20 bp RNA linear UNK 26-OCT-2009 +DEFINITION promoter seq from pBAD33. +ACCESSION unknown +KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . +ORIGIN + 1 gacgucuuau gacaacuuga +// diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb new file mode 100644 index 00000000..7ae09c3f --- /dev/null +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb @@ -0,0 +1,7 @@ +LOCUS pj5_00002 20 bp ss-RNA linear UNK 26-OCT-2009 +DEFINITION promoter seq from pBAD33. +ACCESSION unknown +KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . +ORIGIN + 1 gacgucuuau gacaacuuga +// diff --git a/packages/ove/src/updateEditor.js b/packages/ove/src/updateEditor.js index dacf731f..bd18d7a8 100644 --- a/packages/ove/src/updateEditor.js +++ b/packages/ove/src/updateEditor.js @@ -118,7 +118,7 @@ export default function updateEditor( caret: true, sequence: true, cutsites: false, - reverseSequence: sequenceData?.isDoubleStrandedRNA, + reverseSequence: Boolean(sequenceData?.isDoubleStrandedRNA), translations: false, aminoAcidNumbers: false, primaryProteinSequence: false, From 25557d696f8e0f8bfa0492abdb6e259b292709e4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Thomas Rich Date: Tue, 1 Aug 2023 11:20:54 -0700 Subject: [PATCH 2/2] improving tests --- packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js | 66 ++++++++----------- .../cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb | 2 +- .../cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb | 2 +- .../cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb | 2 +- .../cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb | 2 +- 5 files changed, 33 insertions(+), 41 deletions(-) diff --git a/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js b/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js index e651d0c4..22a4fd01 100644 --- a/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js +++ b/packages/ove/cypress/e2e/import.spec.js @@ -3,77 +3,69 @@ describe("import", function () { cy.visit(""); }); it("import tool should be able to import a genbank file", function () { - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "pj5_00002.gb"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting cy.wait(100); cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); //circular view should still be focused - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); }); it("import tool should be able to import a genbank file containing ds-RNA file", function () { - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg").should("not.exist"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "RNA_double_stranded.gb"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); - // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting - cy.wait(100); - cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); - cy.contains("gacgucuuaugacaacuuga").should("exist"); - cy.contains("cugcagaauacuguugaacu").should("exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); + cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg"); + cy.contains("cugcagaauacuguugaacucccccccccc"); }); it("import tool should be able to import a genbank file containing ss-RNA file", function () { - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg").should("not.exist"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "RNA_single_stranded.gb"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); - // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting - cy.wait(100); - cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); - cy.contains("gacgucuuaugacaacuuga").should("exist"); - cy.contains("cugcagaauacuguugaacu").should("not.exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); + cy.contains("gacgucuuaugacaacuugagggggggggg"); + cy.contains("cugcagaauacuguugaacucccccccccc").should("not.exist"); }); it("import tool should be able to import a genbank file containing ds-DNA file", function () { - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg").should("not.exist"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "DNA_double_stranded.gb"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); - // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting - cy.wait(100); - cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); - cy.contains("gacgtcttatgacaacttga").should("exist"); - cy.contains("ctgcagaatactgttgaact").should("exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); + cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg"); + cy.contains("ctgcagaatactgttgaactcccccccccc"); }); it("import tool should be able to import a genbank file containing ss-DNA file", function () { - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veLinearView").should("not.exist"); + cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg").should("not.exist"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "DNA_single_stranded.gb"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); - // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting - cy.wait(100); - cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); - cy.contains("gacgtcttatgacaacttga").should("exist"); - cy.contains("ctgcagaatactgttgaact").should("not.exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); + cy.contains("gacgtcttatgacaacttgagggggggggg"); + cy.contains("ctgcagaatactgttgaactcccccccccc").should("not.exist"); }); it("import tool should be able to import a genpep file", function () { - cy.get(".veCircularView").should("exist"); + cy.get(".veCircularView"); cy.get(".veRowItemSequenceContainer"); cy.get(`.veRowViewPrimaryProteinSequenceContainer`).should("not.exist"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "3DHZ_B.gp"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); // eslint-disable-next-line cypress/no-unnecessary-waiting cy.wait(100); cy.contains("onSave Callback").should("not.exist"); //linear view should be focused by default - cy.get(".veLinearView").should("exist"); + cy.get(".veLinearView"); cy.get(".veCircularView").should("not.exist"); //AA's should show up be default cy.get(`.veRowViewPrimaryProteinSequenceContainer`); @@ -81,7 +73,7 @@ describe("import", function () { it("import tool should be able to import a genbank file, it should trigger the save function if shouldAutosave=true", function () { cy.tgToggle("shouldAutosave"); cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "pj5_00002.gb"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); cy.contains("onSave callback triggered"); }); it("importing multiple files should pop up a dialog to allow users to choose which sequence they'd like to focus on", function () { @@ -101,8 +93,8 @@ describe("import", function () { }); it("import tool should be able to import a snapgene .dna file", function () { cy.uploadFile(`[data-test="veImportTool"]`, "addgene-plasmid.dna"); - cy.contains("Sequence Imported").should("exist"); + cy.contains("Sequence Imported"); cy.contains("pAdTrack-CMV"); - cy.contains("CMV promoter").should("exist"); + cy.contains("CMV promoter"); }); }); diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb index 811ddfc5..66b572cc 100644 --- a/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_double_stranded.gb @@ -3,5 +3,5 @@ DEFINITION promoter seq from pBAD33. ACCESSION unknown KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . ORIGIN - 1 gacgtcttat gacaacttga + 1 gacgtcttat gacaacttga gggggggggg // diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb index a3b2fc17..ab86477f 100644 --- a/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/DNA_single_stranded.gb @@ -3,5 +3,5 @@ DEFINITION promoter seq from pBAD33. ACCESSION unknown KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . ORIGIN - 1 gacgtcttat gacaacttga + 1 gacgtcttat gacaacttga gggggggggg // diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb index 8a808630..0bcd5260 100644 --- a/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_double_stranded.gb @@ -3,5 +3,5 @@ DEFINITION promoter seq from pBAD33. ACCESSION unknown KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . ORIGIN - 1 gacgucuuau gacaacuuga + 1 gacgucuuau gacaacuuga gggggggggg // diff --git a/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb index 7ae09c3f..e9eee830 100644 --- a/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb +++ b/packages/ove/cypress/fixtures/RNA_single_stranded.gb @@ -3,5 +3,5 @@ DEFINITION promoter seq from pBAD33. ACCESSION unknown KEYWORDS ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; . ORIGIN - 1 gacgucuuau gacaacuuga + 1 gacgucuuau gacaacuuga gggggggggg //