diff --git a/FileIOFunctions.bas b/FileIOFunctions.bas index d37a549..152424b 100644 --- a/FileIOFunctions.bas +++ b/FileIOFunctions.bas @@ -1613,6 +1613,8 @@ On Error GoTo ParseFragModelSettingErrorHandler Case "FRAGMODELPHOSPHATELOSS": frmFragmentationModelling.chkPhosphateLoss = lngSettingInFile Case "FRAGMODELDOUBLECHARGE": frmFragmentationModelling.chkDoubleCharge = lngSettingInFile Case "FRAGMODELDOUBLECHARGETHRESHOLD": frmFragmentationModelling.cboDoubleCharge.ListIndex = lngSettingInFile + Case "FRAGMODELTRIPLECHARGE": frmFragmentationModelling.chkTripleCharge = lngSettingInFile + Case "FRAGMODELTRIPLECHARGETHRESHOLD": frmFragmentationModelling.cboTripleCharge.ListIndex = lngSettingInFile Case "FRAGMODELPRECURSORIONREMOVE": frmFragmentationModelling.chkRemovePrecursorIon = lngSettingInFile Case "FRAGMODELPRECURSORIONMASS": frmFragmentationModelling.txtPrecursorIonMass = strSettingInFile Case "FRAGMODELPRECURSORIONMASSWINDOW": frmFragmentationModelling.txtPrecursorMassWindow = strSettingInFile @@ -2148,6 +2150,8 @@ On Error GoTo SaveSequenceInfoErrorHandler Print #SeqFileNum, "FragModelPhosphateLoss=" & CheckBoxToIntegerString(.chkPhosphateLoss) Print #SeqFileNum, "FragModelDoubleCharge=" & CheckBoxToIntegerString(.chkDoubleCharge) Print #SeqFileNum, "FragModelDoubleChargeThreshold=" & .cboDoubleCharge.ListIndex + Print #SeqFileNum, "FragModelTripleCharge=" & CheckBoxToIntegerString(.chkTripleCharge) + Print #SeqFileNum, "FragModelTripleChargeThreshold=" & .cboTripleCharge.ListIndex Print #SeqFileNum, "FragModelPrecursorIonRemove=" & CheckBoxToIntegerString(.chkRemovePrecursorIon) Print #SeqFileNum, "FragModelPrecursorIonMass=" & .txtPrecursorIonMass Print #SeqFileNum, "FragModelPrecursorIonMassWindow=" & .txtPrecursorMassWindow diff --git a/Lang_French.ini b/Lang_French.ini new file mode 100644 index 0000000..c829780 --- /dev/null +++ b/Lang_French.ini @@ -0,0 +1,1128 @@ +; Language customization file for the Molecular Weight Calculator program by Matthew Monroe +; Contact at alchemistmatt@yahoo.com and http://come.to/alchemistmatt/ or http://www.alchemistmatt.com/ +; +; When customizing the phrases in this file, the ampersand symbol (&) signifies a +; keyboard shortcut. For example, the default value for key 1000 is &File. When +; running the program, the F in File will be underlined and the user may press Alt-F +; to access the File menu (in addition to clicking on the file menu) +; To improve usability of the program, please try to include the & symbol in menu items +; and buttons. Note, however, that if two controls on the same form have the same & +; shortcut, they will not respond to the alt key in the usual way. +; +; In this file, items surround by brackets [] are section headers -- the program ignores them +; when parsing the file. The key values (1000, 1010, 1020, etc.) should not be changed, with +; the exception that new caution statements may be added at the end of the file. +; Lines beginning with a semicolon (;) are also ignored since they are treated as comments +; However, you should not place a ; at the end of a line with an actual key and caption. +; +; Keys with multiple values separated by a vertical line (|) represent multiple items loaded +; into a ComboBox control. When translating to other languages, you must keep the same number +; of items in the list, or program functionality will be lost. For example, key 7070 contains +; hours|minutes|seconds Thus, hours, minutes, and seconds will be loaded into a control, from +; which the user may select one of them. In Spanish, you would use 7070=horas|segundos|minutos +; +; If you create a new .Ini file for a foreign language and would like it posted on my +; web page, simply e-mail it to me. + +; French translation by Christophe Malabat (christophe.malabat@free.fr) +; and Patrick Arpino (patrick-arpino@enscp.fr) +; For Molecular Weight Calculator v6.x + +[Language] +Language=French + + +[frmMain Menus] +; Menu Items +1000=&Fichier +1010=Editer la &table des éléments +1020=Editer les &abréviations +1030=&Calculer les masses a partir d'un fichier texte +1040=Im&primer les résultats +1050=&Sortie +1500=&Edition +1505=&Annuler +1510=Cou&per +1520=&Copier +1530=&Coller +1540=&Effacer +1545=Tout &sélectionner +1550=Copier la formule active comme &RTF +1560=Copier la masse &moléculaire active +1570=Copier la composition en p&ourcents +1580=Dupliquer la &formule active +1590=Effacer &toutes les formules +1600=Effacer la formule active +1610=Dé&velopper les abréviations +1620=Convertir en une f&ormule empirique +2000=&Affichage +2010=Affichage &multiple +2020=Affichage &simple +2030=&Calculateur de pourcentage +2040=A&rrêt +2050=&Marche +2500=&Outils +2510=&Convertisseur de mole/masse/dilution +2520=&Recherche de formule +2530=&Convertisseur de notation des acides aminés +2533=&Modélisation de la fragmentation d'une séquence peptidique +2536=&Modélisation de la distribution isotopique +2538=Afficher la &distribution isotopique de la formule active +2540=&Calculatrice +2550=Calculateur de débit capillaire +3000=&Options +3010=Choix de la &langue +3020=Modifier les &préférences du programme +3030=Modifier la police de la &formule +3040=Ancrer au &premier plan +3050=&Enregistrer et rétablir les valeurs par défaut +3060=&Rétablir les formules et valeurs par défaut +3070=Enregistrer & les formules et les valeurs +3500=&Aide +3510=&Vue d'ensemble du programme +3530=&Afficher les info bulles +3540=&A propos de MWT + +[frmMain Status Messages and Verification Messages] +3600=La ligne entière est +3605=Agrandir +3610=Etes-vous sur de vouloir convertir la formule active en la formule empirique correspondante ? +3615=Convertir en une formule empirique +3620=Etes vous sur de vouloir effacer la formule active ? +3625=Effacer la formule active +3630=Etes vous sur de vouloir développer les abréviations de la formule active en son équivalent en éléments ? +3635=Développer les abréviations +3640=Rétablir les valeurs et formules par défaut effacera les formules actives. Etes vous sur de vouloir le faire? +3645=Rétablir les valeurs et formules +3650=Définir le pourcentage cible du calculateur de pourcent de cet élément. Sélectionner Rétablir pour annuler le pourcentage cible ou Annuler pour ignorer les changements. +3660=Utiliser les touches de défilement Haut/Bas ou les flèches Haut/Bas pour aller jusqu'aux pourcents (F11 pour sortir du mode Calculateur de Pourcent). +3665=Tapez Entrée ou cliquez pour changer un pourcentage (F11 pour sortir du mode Calculateur de Pourcent). +3670=Prêt +3700=Calcul en cours, appuyez sur une touche ou cliquez sur la souris pour arrêter. +3710=x est +3720=Valeur calculée +3730=Cible +3740=Différence avec la cible +3750=Calculateur de % en marche +3760=Résultat du calculateur de masse moléculaire +3770=Rétablir les Valeurs et Formules par Défaut. +3780=Etes-vous sur de vouloir effacer toutes les formules? +3785=Effacer toutes les formules +3790=Etes-vous sur de vouloir quitter? +3795=Fermeture du programme +3800=Chargement des Abréviations +3810=Chargement des eléments +3820=(utiliser les masses atomiques moyennes) +3830=(utiliser les masses isotopiques des éléments) +3840=(utiliser les masses isotopiques entières) +3850=Nouvelle langue par défaut sauvegardée. + +[Phrases common throughout application] +4000=&Fermer +4010=&Ok +4020=&Annuler +4030=&Sortie +; The following is the abbreviation for Molecular Weight +; It must be exactly two letters long +4040=MW +4050=Attention +4060=Oui +4065=Non + +[frmMain] +; Form Caption +4900=Calculateur de masse moléculaire +; Labels +5000=Formule +5010=Modification rapide du mode Elément +5020=&Moyenne +5021=Utiliser les masses moyennes des éléments +5030=&Isotopique +5031=Utiliser les masses de l'isotope le plus abondant +5040=&Nominale +5041=Utiliser les masses nominales entière de l'isotope le plus abondant +; TextBoxes +5051=Entrer la formule moléculaire ici +; Buttons +5100=&Calculer +5101=Déterminer la masse moléculaire de la formule active +5110=&Nouvelle Formule +5111=Ajouter une nouvelle formule vide dans la liste +5116=Afficher une nouvelle formule vide +; Grid control +5201=Cliquer pour entrer ou réinitialiser une valeur cible +; Status control +5301=Double cliquer sur la fenêtre de status pour le développer +5350=Le Calculateur de masse moléculaire est déjà ouvert. Etes vous sur de vouloir démarrer une autre copie ? +5355=Déjà ouvert + +[frmAboutBox] +5500=A propos de MWT +5510=Ce programme est libre de droit; A distribuer gratuitement + +[frmIntro] +5700=Chargement + +[frmAminoAcidConverter] +; Form Caption +6000=Convertisseur de notation des acides aminés +; Labels +6010=Séquence d'acides aminés avec la codification sur une lettre +6020=Séquence d'acides aminés avec la codification sur trois lettres +; TextBoxes +6031=Entrer la séquence utilisant la codification sur une lettre ici +6041=Entrer la séquence utilisant la codification sur trois lettres ici +; Buttons +6050=&Copier la séquence de 3 lettres dans la formule: +6060=Copier dans le Modélisateur de &Fragmentation +; CheckBoxes +6080=&Ajouter un espace tout les 10 résidus +6090=&Séparer les résidus par un tiret + +[frmCalculator] +; Form caption +6500=Calculatrice +; Textbox +6511=Entrer une expression mathématique à évaluer ici +; Buttons +6520=&Calculer +6521=Evaluer l'expression active +; Status control +6610=Résultat + +[frmCapillaryCalcs] +; Form Caption +7000=Calcul du débit capillaire et du rapport de masse +; Combo Boxes +7010=Ouvrir un capillaire tubulaire|Capillaire garni +7011=Basculer entre un capillaire ouvert et garni. +7020=Trouver la contre-pression|Trouver la longueur de la colonne|Trouver le diamètre interne|trouver le débit volumétrique|Trouver le débit en utilisant le volume mort +7030=psi|Pascals|kiloPascals|Atmosphères|Bar|Torr (mm Hg)|Dynes/cm^2 +7035=m|cm|mm|um|pouces +7040=Poise [g/(cm-sec)]|centiPoise +7050=mL/min|uL/min|nL/min +7060=cm/hr|mm/hr|cm/min|mm/min|cm/sec|mm/sec +7070=heures|minutes|secondes +7080=mL|uL|nL|pL +7090=Molaire|milliMolaire|microMolaire|nanoMolaire|picoMolaire|femtoMolaire|attoMolaire|mg/dL|mg/mL|ug/mL|ng/mL|ug/uL|ng/uL +7100=pmol/min|fmol/min|amol/min|pmol/sec|fmol/sec|amol/sec +7110=Moles|milliMoles|microMoles|nanoMoles|picoMoles|femtoMoles|attoMoles +; Labels and frames +7200=Contre-pression +7210=Longueur de colonne +7220=Diamètre Interne de colonne +7230=Viscosité du solvant +7240=Diamètre de particule +7250=Débit volumétrique +7260=Vitesse linéaire +7270=Temps mort de la colonne +7280=Volume de colonne +7290=Porosité inter-particulaire (epsilon) +7300=Calculs des rapports de masse +7310=Concentration de l'échantillon +7320=Temps d'Injection +7330=Débit massique +7340=Moles injectées +7350=Calculs pour une extension à d'autres colonnes +7360=Coefficient de diffusion +7370=Longueur du tube ouvert +7380=Identification du tube ouvert +7390=Largeur de pic initiale (à la base) +7400=Vitesse linéaire optimale +7410=(Pour des particules de 5 µm) +7420=Variance temporelle +7430=Variance additionnelle +7440=Largeur de pic résultante +7450=pourcentage d'augmentation +7460=La formule active est +7480=Masse personnalisée +7500=cm +7510=µm +7520=cm^2/sec +7530=sec +7540=cm/sec +7550=sec^2 +7560=sec +7570=g/mole +; TextBoxes +7601=Entrer une masse numérique personnalisée pour les calculs +; Buttons +7700=Afficher/Cacher les calculs d'élargissement des &pics +7710=&Voir les explications des équations +7730=Voir les équations +7740=Calculer la viscosité Eau/MeCN +; Option Buttons +7750=&Utiliser la masse d'un composé dans la formule active +7760=&Entrer une masse numérique personnalisée +; CheckBoxes +7800=&Lier au dessus +; ToolTips +7851=La valeur classique de viscosité est 0.0089 poise +7861=La valeur classique de porosité est 0.4 +7871=Le coefficient de diffusion classique pour des petites molécules organiques est 0.00001, i.e. 1E-5; La valeur classique pour les peptides est 0.000005, i.e. 5E-6 +; Menus +7900=&Charger les valeurs +7910=&Enregistrer les valeurs +7950=&Calculs de débit capillaire + +[frmChangeFont] +; Form Caption +8000=Changer la police des formules +; Combo Boxes +; Labels +8060=Changer la police des formules pour: +8070=Taille de la police: +; Buttons + +[frmChangeValue] +; Form Caption +8200=Changer la valeur +; Buttons +8210=&Rétablir les valeurs par défaut + +[frmChangeLanguage] +8400=Choisir la langue +; Labels +8410=Les langues disponibles sont indiquées ci-dessous. Choisissez la langue que vous souhaitez utiliser. +8420=Aucun fichier de langue est disponible. Vous pouvez vous rendre sur la page personnelle de l'auteur pour télécharger d'autres langues. + +[frmDiff] +8600=Différences en pourcent Solver +8610=&Copier +8611=Copier les résultats dans le bloc-notes + +[frmEditAbbrev] +9000=Editer les abréviations +; Buttons +9010=&Rétablir les valeurs par défaut +9011=Rétablir les abréviations à la liste par défaut du programme +9020=&Supprimer +; Messages +9050=Maximum atteint +9060=Désolé, seulement 500 abréviations au total sont autorisées. +9090=L'abréviation ou la formule moléculaire sera changée pour la valeur entrée. Sélectionner Supprimer pour effacer l'abréviation ou Annuler pour ignorer les changements. +9100=Etes vous sur de vouloir perdre tous les changements ? +9105=Fermer la fenêtre d'édition des abréviations +9110=Etes vous sur de vouloir rétablir la liste par défaut des abréviations ? +9115=Rétablir les Valeurs par défaut +9120=Attention le test d'usage des abréviations nouvelles/mises à jour ne donne pas la même masse que la formule pour les abréviations. Ceci indique probablement un problème dans la formule des abréviations +;Table Tool Tip +9140= +9141=Cliquer pour changer une abréviations +9145=Symbole +; Table Column Titles +9150=Charge +9160=Formule +9170=Nom de l'abréviation +9180=Nom de l'acide aminé +9190=1 lettre +9195=Commentaire + +[frmEditElem] +9200=Edition des éléments +; Buttons +9210=&Rétablir les valeurs par défaut +9211=Réinitialise les masses des éléments à leur masses moyennes +9220=&Réinitialiser +9230=Utiliser les masses atomiques &moyennes +9231=Définit toutes les masses des éléments à leurs masses moyennes retrouvées dans la nature +9240=Utiliser la masse de l'&isotope le plus abondant +9241=Définit toutes les masses des éléments à la masse de l'isotope le plus abondant de l'élément (pour la spectrométrie de masse à haute résolution) +9245=Utiliser la masse &nominale entière +9246=Définit toutes les masses des éléments à la masse nominale entière de l'isotope le plus abondant de l'élément (pour spectrométrie de masse de faible résolution) +; Messages +9250=La masse de l'élément ou l'incertitude vont être changées pour la valeur entrée. Sélectionner réinitialiser pour rétablir les valeurs par défaut ou Annuler pour ignorer les changements. +9260=Etes-vous sur de vouloir réinitialiser toutes les valeurs à leur masses atomiques moyennes ? +9265=Changer pour les masses moyennes +9270=Etes-vous sur de vouloir réinitialiser toutes les valeurs aux masses isotopique des éléments ? +9275=Changer pour les masses isotopiques +9280=Etes-vous sur de vouloir réinitialiser toutes les valeurs à leurs masses entières ? +9285=Changer pour les masses entières +9290=Etes-vous sur de vouloir réinitialiser toutes les valeurs aux valeurs par défaut des éléments (masses moyennes) ? +9295=Rétablir les valeurs par défaut +9300=Cette action est irrémédiable. +9310=Etes-vous sur de vouloir perdre tous les changements ? +9315=Fermer la fenêtre d'édition des éléments +;Table Tool Tip +9340= +9341=Cliquer pour modifier la masse ou l'incertitude d'un élément +;Table Column Titles +9350=Eléments +9360=Masse +9370=Incertitude +; Combo boxes +9380=Symbole des éléments|Nombre atomique|Incertitude|Charge +9390=Classer les Eléments par: + +[frmEquationsBroadening] +9500=Equation d'extension à une autre colonne + +[frmEquationsOpenTube] +9550=Equations du débit dans un tube ouvert + +[frmEquationsPackedCapillary] +9600=Equations du débit dans un capillaire garni + +[frmFinderModeWarn] +; Instructions Label +9700=L'utilisation courante du module de recherche de formule est lorsque la masse mono isotopique d'un composé est connue (déterminée typiquement par spectrométrie de masse) et que des composés pouvant correspondre doivent être trouvés. +9701=Par exemple, une masse de 16.0312984 Daltons est mesurée pour un composé contenant du carbone et de l'hydrogène, et que une possible formule empirique est désirée. En effectuant la recherche, avec une tolérance sur les masses de 5000 ppm, on obtient 3 composés, H2N, CH4, et O. avec 500 ppm seul CH4 est possible, ce qui est la bonne formule. +9702=Pour utiliser correctement ce module, le programme doit être en mode masses isotopiques. Ceci peut être fait manuellement en choisissant Edition de la Table des Eléments dans le menu Fichier, ou le programme peut activer automatiquement ce mode pour vous. +9703=Voulez-vous: +9705=L'utilisation courante du module de modélisation de fragmentation est de prédire les masses attendues en spectrométrie de masse quand un peptide est ionisé, entre dans l'instrument et se fragmente le long de la chaîne peptidique. +9706=Un peptide se fragmente généralement à chaque liaison peptidique (amide). Par exemple, le peptide Gly-Leu-Tyr engendrera les fragments Gly-Leu, Leu-Tyr, Gly, Leu, and Tyr. De Plus, la rupture de la liaison peptidique peut se produire à plusieurs endroits, entraînant des masses variables. +; Buttons +9720=&Continuer +; Option Buttons +9750=Basculer vers le mode Masse &Isotopique maintenant. +9760=Toujours basculer automatiquement vers le mode masse isotopique. +9770=Continuer d'utiliser les masses &moyennes. +; CheckBoxes +9780=&Ne plus afficher cet avertissement. + +[frmFinder] +10000=Recherche de Formule +; Labels +10010=Sélectionner les éléments appropriés ou ajouter vos propres éléments, entrer une masse moléculaire ou une composition en pourcent, puis sélectionner calculer pour trouver le composé correspondant aux spécifications. +10020=Masse maximale de la formule: +10030=Masse moléculaire de la cible: +10040=Tolérance sur la masse: +10050=Tolérance sur les pourcentages: +10060=Min +10070=Max +10080=Eléments +10090=Pourcentage +10100=Meilleurs résultats (Max Hits) +10105=M. Atomique +; Percent completed status messages +10110=% effectué +10115=Tri +10120=Recherche +10125=Calcul +10130=Achevé +10135=Composés +10140=Tri interrompu +10145=Calculs interrompus +10150=Mise en forme +10155=Fini +10160=Mise en forme annulée +; Listboxes & Textboxes +10201=Double cliquer sur une ligne pour la développer +10221=Proportion de la masse de ce composé cible pouvant provenir de la masse de la cible +10231=Proportion de la composition en pourcent de cet élément pouvant provenir du pourcentage cible +10241=Nombre maximum de cible à trouver +10251=Nombre minimum d'atomes dans le composé cible +10256=Nombre maximum d'atomes dans le composé cible +10260=Pourcentage +10261=Composition en pourcentage du composé cible qui est +10270=# ou Eléments ou Abrév. +10271=Taper une masse pour l'élément personnalisé, un symbole, ou une abréviations +; Note the following is 'dm' in English, standing for 'delta mass' or the mass difference +; of the given result's mass versus the target mass +10280=dm +; Note the following is 'ppm' in English, standing for 'parts per million' +10285=ppm +; Buttons +10300=Options de recherche de formul&e +10301=Raccourci: Ctrl+O +10310=&Calculer +10311=Trouver les composés correspondant aux paramètres spécifiés +10320=Im&primer... +10330=Copier au format RT&F +10331=Copier les résultats dans le bloc-notes au format RTF +10340=Cop&ier +10341=Copier les résultat dans le bloc-notes +10345=&Afficher l'iso abondance +10346=Afficher la distribution isotopique du composé sélectionné (Ctrl+D) +; Option Buttons +10350=Comparer aux masses &moléculaires +10360=Comparer aux compostions en &Pourcentage +; CheckBoxes +10370=Mode ppm +10380=Afficher les différences de masse +10381=Note: La notation des différences des masses changera si le mode écart-type a été modifié (F12 dans la fenêtre principale) +; Eléments (and Custom element phrase) +10400=Carbone +10405=Hydrogène +10410=Azote +10415=Oxygène +10420=Personnalisé +; Messages +; Note that 10455 is also used with the Abort button +10450=Une touche a été pressée. +10455=Annuler +10460=Le clic de souris a été effectué hors de la fenêtre de résultats. +10465=Arrêt du formatage. +10470=Arrêt du tri. +10480=La somme de la composition en pourcent n'est pas de 100 %. +10485=Continuer le calcul ? +10490=Calcul impossible +10500=Une touche a été pressée. +10505=Le clic de souris a été effectué hors de la fenêtre de résultats. +10510=Arrêt des calculs. +10515=Le nombre maximum de résultats a été atteint. +10520=Maximum de résultats +10530=Composés trouvés +; Note: the following is used when displaying the results of a percent composition +; search in the formula finder. A synonym for 'has' would be 'contains' or 'is composed of' +10535=contient +10540=Un problème de mémoire est survenu. La liste des résultats est probablement pleine. Les résultats obtenus jusque là sont affichés. +10545=Mémoire pleine +10550=La fenêtre des résultats est vide. +10555=Pas de sélection à copier +10560=Pas de sélection à imprimer +10565=Etes-vous sur de vouloir imprimer le(s) résultat(s) actuel(s)? +10570=Impression + +[frmFinderOptions] +10800=Options de recherche +; Labels +10810=Utiliser les cases à cocher pour sélectionner les différentes options de la recherche de formule. +; Textboxes & Comboboxes +10821=Charge minimale des composés +10831=Charge maximale des composés +10840=Recherche exhaustive|Recherche limitée +10841=Une recherche exhaustive trouve tous les composés correspondants alors qu'une recherche limitée trouve les composés dans une fourchette spécifique de masse atomique (le mode exhaustif est généralement plus rapide). +10850=Trier par formule +10851=Méthode pour trier les résultats. Recalculer pour trier à nouveau. +10855=Trier par charge +10860=Trier par MWT +10865=Trier par m/z +10867=Trier par Abs(Différence de Masse) +10870=Rapport Masse/Charge de la Cible +10875=Masse moléculaire de la Cible +; CheckBoxes +10900=Trouver la &charge +10901=Calculer la charge totale de chaque composé trouvé +10910=Limiter la &gamme de charge +10911=Limiter le composé affiché à une gamme de charge spécifique +10920=Trouver le m/&z +10921=Calculer le rapport masse sur charge pour chaque composé trouvé +10930=Trouver le m/z de la cible +10931=Trouver les composés ayant des valeurs de m/z équivalente à la cible +10940=T&rier les résultats +10941=Convertir les résultats en formules empiriques et les trier +10950=&Atomes H intelligents +10951=Limiter le nombre d'atomes d'hydrogène dans les composés trouvés à un nombre réaliste +10960=&Ajuster automatiquement Min et Max dans la recherche. +10961=Automatiquement ajuster les valeurs de Min et Max recherchées à une gamme valide pour la masse donnée de la cible + +[frmMMconvert] +11000=Convertisseur Mole/Masse et calculateur de dilution +; Combo Boxes +11010=Convertir les quantités|Trouver la concentration|Calculs de dilution +11011=Effectuer les conversions entre différentes quantités de composés ou effectuer des calculs liés à la molarité +11020=Moles|Millimoles|microMoles|nanoMoles|picoMoles|femtoMoles|attoMoles|Kilogrammes|Grammes|Milligrammes|Microgrammes|Livres|Onces|Litres|Décilitres|Millilitres|Microlitres|Nanolitres|Picolitres|Gallons|Quarts|Pintes +11021=Unités de quantité avant conversion +11026=Unités de quantité à utiliser pour le calcul de concentration +11030=Litres|Décilitres|Millilitres|Microlitres|Nanolitres|Picolitres|Gallons|Quarts|Pintes +11031=Unités de volume +11041=Unités de quantité après conversion +11051=Unités de concentration +; Labels +11080=g/mL +; Textboxes +11101=Quantité de composé avant conversion +11106=Quantité de composé à dissoudre dans le solvant +11111=Densité du composé +11121=Volume de solvant dans lequel est dissout le composé +11131=Concentration de composé dans le solvant +; Buttons +11150=Trouver la &quantité +11151=Calculer la quantité en utilisant le volume et la concentration +11160=Trouver le &volume +11161=Calculer le volume en utilisant la quantité et la concentration +11170=Trouver la &concentration +11171=Calculer la concentration en utilisant la quantité et le volume + +; Dilution-related controls +11200=Calculs de dilution +11205=Calculs d'évaporation ou de sublimation +11210=Trouver les volumes de dilution nécessaires|Trouver le volume total|Trouver la concentration finale|Trouver la concentration initiale +11211=Quantité à trouver pour les calculs de dilution +11220=&Lier la concentration de dilution initiale et convertir les quantités en concentration +11221=Copier la concentration calculée pour convertir les quantités en concentration initiale pour les dilutions et vice versa si l'un ou l'autre change +11230=Lier les Unités de volume de dilution +11231=Synchroniser les unités pour le volume de Stock, le Volume de Solvant, et le Volume Total Final +; Dilution related labels and textbox tooltips +11250=Concentration &initiale +11256=Concentration de soluté dans la solution stock +11260=Volume de solution &stock +11266=Volume (aliquote) de solution stock à prélever pour réaliser la dilution +11270=Concentration &finale +11276=Concentration de soluté dans la solution finale après dilution +11280=Volume de solvant utilisé pour la dilution +11286=Volume de solvant à mélanger avec la solution stock (aliquote) prélevé pour la dilution +11290=&Volume final total +11296=Volume total de la solution finale après mélange de la solution stock et du solvant de dilution + +[frmProgramPreferences] +11500=Préférences du calculateur de masse moléculaire +; Frame labels +11510=Mode abréviation (F3) +11520=Mode de reconnaissance de la casse (F4) +11530=Mode écart-type (F12) +11540=Options du mode d'outils de masse avancés +11550=Options de sortie du logiciel +; Buttons +11600=&Enregistrer les options en tant que valeurs par défaut +11610=&Rétablir les options par défaut +; Option Buttons +11650=Normales +11651=Reconnaître les abréviations normales, mais pas les acides aminés +11655=Normales + acides aminés +11656=Reconnaître les abréviations normales et les acides aminés +11660=Désactiver +11661=Ignorer toutes les abréviations +11665=Convertir en Majuscules +11666=Appliquer la casse correcte aux formules lors de l'analyse +11670=Casse exacte +11671=Nécessité par l'utilisateur de taper les formules avec la casse correcte +11675=Casse automatique +11676=Interpréter les formules en minuscule, et ne pas changer la casse +11680=Court +11681=Afficher l'écart type sous forme abrégée +11685=Scientifique +11686=Afficher l'écart type en notation scientifique +11690=Décimale +11691=Afficher l'écart type sous forme décimale longue +11695=Inactif +11696=Ne pas afficher les écart-types +11700=Sortir par la touche Echap avec confirmation +11701=Détermine si la touche Echap ferme le logiciel ou demande la confirmation au préalable +11705=Sortir par la touche Echap sans confirmation +11710=Ignorer la touche Echap mais demander la confirmation de sortie +11715=Ignorer la touche Echap et ne pas demander la confirmation de sortie +; CheckBoxes +11750=A&vancée sur le calcul (F9) +11751=Aller jusqu'à une nouvelle ligne de formule après avoir calculer une masse de formule +11760=Reconnaître les &crochets comme parenthèses +11761=Reconnaître les crochets, [ et ], comme parenthèses, plutôt qu comme paramètre du calculateur de pourcentages +11770=Copie a&uto de la masse moléculaire active (Ctrl+U) +11771=Copie automatiquement la valeur de la masse moléculaire de la formule sélectionnée dans le presse-papier après chaque calcul +11780=Calculer la char&ge +11781=Calcule la charge des composés (règles de base, ne peut corrigé les doubles ou triples liaisons, etc.) +11800=Toujours basculer automatiquement sur le mode &Isotopique +11801=Bascule automatiquement en masse isotopique lors de l'ouverture du module de recherche de formule ou le module de fragmentation des peptides +11810=&Ne jamais afficher les boite de dialogue d'avertissement du mode Masse +11811=Ne jamais afficher de boite de dialogue sur le mode de masse actif lors de l'ouverture du module de recherche de formule ou de fragmentation de peptides +11820=Enregistrement &automatique des options, valeurs, et formules en quittant +11821=Enregistrement automatiquement les options, valeurs, et formules lors de la fermeture du logiciel +11830=Afficher les avertissements (F7) +11831=Averti quand il y a une possibilité de confusion entre des éléments dans les formules (par ex Co vs. CO) +11840=Afficher le bouton d'activation rapide du mode éléments +11841=Afficher l'option de changement rapide les modes de masse des éléments +11850=Afficher les astuces +11851=Afficher des petits messages d'aide au passage sur certaines zones et boutons +11860=Surligner les champs de texte sélectionnés +11861=Surligner le champs texte en entier en s'y rendant +11870=Cac&her la fenêtre inactive +11871=Cacher la fenêtre principale du logiciel lors de l'utilisation du module de recherche de formule, du calculateur de Mole/Masse, etc. +11881=Choisir un nombre plus petit pour éviter à la fenêtre de formule de remplir l'écran. En cas de diminution, le programme doit être redémarré pour que la modification fasse effet. Le maximum dépend de la résolution de l'écran. +11885=Nombre maximum de formules à afficher +11890=Module à afficher au démarrage +11896=Module à afficher quand le logiciel démarre +11898=Fenêtre Principale|Recherche de Formule|Calculateur de Débit Capillaire|Convertisseur Mole/Masse|Modélisateur de Fragmentation d'une Séquence Peptidique|Convertisseur de Notation d'Acides Aminés|Modélisateur de Distribution Isotopique + +; Messages +11900=Option d'enregistrement automatique enregistrée. +11910=Options par défaut rétablies. +11920=Valeurs et formules enregistrées. +11925=Valeurs et formules NON enregistrées depuis que la ligne de commande /X à été utilisée. +11930=Options par défaut enregistrées. +11935=Options par défaut NON enregistrées depuis que la ligne de commande /X à été utilisée. + +[frmFragmentationModelling] +12000=Modélisation de Fragmentation d'une Séquence Peptidique +; General Combo Boxes +12010=Notation à 1 lettre|Notation à 3 lettres +12011=Type de notation des séquences d'acides aminés +12020=Ions &Correspondants +; Textboxes +12051=Entrer la séquence d'acides aminés ici +12061=Modifie les ions chargés recherchés par la quantité donnée pour corriger les modifications post-traductionnelles. +; Frames, labels, and checkboxes +12100=Séquence: +12150=Extrémités N and C +12160=&N +12170=&C +12180=H (hydrogène)|HH+ (protoné)|C2OH3 (acétyle)|C5O2NH6 (pyroglu)|CONH2 (carbamyle)|C7H6NS (PTC)|(aucun) +12190=OH (hydroxyle)|NH2 (amide)|(vide) +12200=Types d'Ion +12210=Ions &A +12215=Ions &B +12220=Ions &Y +12230=Perte de Neutre +12236=Choisir les ions sur lesquels s'appliqueront les pertes +12240=Perte de H2O +12250=Perte de NH3 +12255=Perte de PO4 +12260=Options de charge +12270=Ions chargés &2+ +12280=Seuil +12286=La valeur du m/z 2+ sera calculée pour les ions sous ce m/z +12300=Options de reconnaissance des Ions +12310=Elimine&r l'ion précurseur +12320=Masse de l'Ion +12330=Fenêtre de masse +12340=Fenêtre de reconnaissance d'&ion +12350=Da +12355=Décalage d'&alignement +12360=Statistiques de l'ion +12370=chargé +12375=Remaining after binning +12380=Dans la marge de tolérance +12385=Précurseur non trouvé +12390=Précurseur effacé +12395=Précurseur non effacé +12400=Correspond +12405=Score +12410=Information sur la Masse +12420=Mode Eléments +12425=Moyenne +12430=Isotopique + +; Column titles in grids +; Note: # signifie 'number', Immon. signifie 'immonium', and Seq. signifie 'sequence' +12500=# +12510=Immon. +12520=Seq. +12550=Masse +12560=Intensité +12570=Symbole + +; Menu Items +12800=&Charger les informations sur la séquence +12810=&Enregistrer les informations sur la séquence +12820=Charger une liste d'&ions ou un fichier .Dta à identifier +12830=&Fermer +12840=&Copier les ions prédits +12850=Copier les ions prédits au format &RTF +12855=Copier les ions prédits au format Html +12860=Coller la liste d'ions à identifier +12865=Copier la &masse moléculaire de la séquence +12870=Effacer la &liste des ions identifiés +12880=Liste des &ions à identifier +12900=Spectre de &masse +12910=Mettre à jo&ur le spectre en cas de changement +12915=Parcourir les fichier &Dta.Txt +12920=&Options de la liste des ions identifiés +12925=Editer les symboles de &modification d'un résidu +12930=Aligner &Automatiquement les ions à identifier +12940=Modélisation de la &fragmentation +12950=&Copier les Ions sélectionnés +12960=Tout &effacer (effacer la liste) + +[frmMsPlot] +13000=Graphique +; The following is an abbreviation for the word 'Location' +13010=Emplacement + +; Legend Items +13030=Ions prédits +13035=Ions chargés + +; Menu Items +13100=&Exporter les données +13150=Type de gra&phique +13160=Re&ster à zéro +13170=Pics &gaussiens +13180=Définir la &résolution effective +13190=Grilles sur l'axe X +13200=Grilles sur l'axe Y +13210=Echelons sur la légende (approx.) +13220=Axe &X +13230=Axe &Y +13235=&Qualité du graphique (influe sur la vitesse) +13240=Qualité de la représentation &gaussienne +13245=Facteur d'&approximation +13250=Définir l'échelle de l'Axe &X +13260=Définir l'échelle de l'Axe &Y +13270=Echelle &automatique sur l'axe Y +13280=&Fixer le minimum de l'axe Y à zéro +13290=&Zoom précédent +13295=Ctrl+Z ou Clic Droit +13300=Zoom arrière pour tout Afficher +13310=Mode &curseur +13315=La barre d'espace active le déplacement +13320=&Zoom +13330=Déplace&ment +13340=Afficher la po&stion actuelle +13342=Afficher la &légende +13345=Rétablir les options par &défaut +13350=Cadre de &zoom +13360=Agrand&ir +13365=Clic gauche +13370=Agrandir horizontalement +13380=Agrandir verticalement +13390=Réd&uire +13400=Réduire horizontalement +13410=Réduire verticalement + +[frmIonMatchOptions] +14000=Options de reconnaissance des ions +; Buttons +14010=&Rétablir les valeurs par défaut +14020=Editer les options de légende automatique + +; Explanations +14050=Quand une liste d'ions est importée dans le logiciel, les ions de masse similaire peuvent être optionnellement regroupés via une procédure d'empilement pour réduire le nombre totale de points. Ensuite les ions proches du précurseur peuvent être éliminés. +14055=Puis, les intensités sont normalisées à une valeur maximale d'intensité et classées par ordre décroissant d'intensité. Les ions les mieux classés (nombre d'ions à utiliser) sont divisés en régions de masse distinctes et les ions de chaque région sont à nouveau normalisés. +14060=Les masses des ions prédits pour une séquence peptidique donnée sont facilement calculées. Cependant, des valeurs d'intensité doivent aussi être affectées aux masses. +14065=Les ions B et Y sont typiquement affectés à la même intensité alors que l'ion A est typiquement 5 fois moins intense. Des épaulements (de masses ± 1 Da par rapport aux ions B et Y) peuvent être ajoutés, en plus de pertes de neutres (H2O et NH3). + +; Frames, labels, and checkboxes +14100=Options de normalisation pour les données importées +14110=&Grouper les ions similaires (données empilées) +14115=Fenêtre de masse +14120=Intensité normalisée +14130=Nombre d'ions à utiliser +14140=Subdivisions en régions de masse +14150=Intensités d'ion des ions prédits +14160=Intensité de l'ion A +14165=Intensité de l'ion B +14170=Intensité de l'ion Y +14180=Epaulement de l'ion B/Y +14190=Pertes de neutre +14200=Légendes du spectre de fragmentation +14210=Légende des ions principaux (a, b, y) +14220=Légende des ions suite à une perte de neutre +14230=Souligner les ions proline y +14240=Options des graphiques de spectre +14250=Couleur des données de fragmentation +14255=Couleur des données de reconnaissance d'ion +14258=Cliquer pour changer +14260=Représenter le Spectre de fragmentation inversé +14270=Légende automatique des pics sur le spectre des ions identifiés + +[frmSetValue] +14500=Définir la valeur +14510=&Définir +14520=&Commencer + +[frmProgress] +14700=Progression +14710=Cliquer pour faire une pause +14715=Préparation de la pause +14720=Pause +14725=Reprise +14730=(Appuyer sur Echap pour annuler) +14740=min. écoulées/restantes + +[frmIsotopicDistibution] +15000=Distribution isotopique +; Frames, labels, and checkboxes +15050=Formule: +15060=Résultats: +15070=Etat de c&harge: +15100=Im&primer résultats +15105=Légende &automatique +15110=&Calculer +15120=Couleur du tracé +15126=Cliquer pour changer +15130=Type de graphique +15140=Batonnets|Pics gaussien +15145=Batonnets|Pics gaussien|Segments droites +15151=Résultats de la distribution isotopique +15160=Coller la liste des ions à comparer +15165=Effacer la liste +15170=Liste des points de comparaison: +15190=Options +15195=Liste de comparaison +; Column headers in the results box +15200=Abondances isotopique pour +15210=Masse/Charge +15220=Fraction +15230=Intensité +15300=Attention, la liste de comparaison d'ion contient un grand nombre de points. Voulez-vous vraiment convertir chaque point en une gaussienne ? +15305=Nombre Important de Points + +[frmAminoAcidModificationSymbols] +15500=Editeur des symboles de modification des acides aminés +;Directions +15550=Les résidus modifiés dans une séquence d'acides aminés sont notés en plaçant un symbole de modification directement après l'abréviation à 1 lettre ou 3 lettres du résidu. +15555=Le symbole de la phosphorylation est défini séparément car les résidus phosphorylés peuvent perdre un groupement phosphate pendant la fragmentation. +15560=Par exemple, si le symbole de la phosphorylation est *, alors dans la séquence 'GlyLeuTyr*' le résidu tyrosine est phosphorylé +15565=Les symboles autorisés pour les modifications personnalisées sont +15570=Les symboles de modification peuvent avoir plus d'un caractère, bien que ce soit recommandé de n'utiliser qu'un seul caractère pour faciliter au programme l'analyse de séquence contenant des résidus avec de multiples modifications. +15575=Si un résidu présente de multiples modifications, alors il suffit de placer les symboles de modification appropriés après le résidu, par exemple dans 'FLE*#L' le résidu E est modifié à la fois par les modifications * et #. +15580=Les masses des modifications peuvent être négatives, aussi bien que positives. +;Table Tool Tip +15600= +15601=Cliquer pour changer un symbole de modification +; Table column headers +15610=Symbole +15620=Masse +15640=Commentaire +; Labels +15700=Symboles de modification définis +15710=Cliquer pour éditer ou effacer. Cliquer dans une ligne vide pour faire un ajout. +15720=Modifications standards +15730=Symbole de phosphorylation: +; Messages +15750=Le symbole de modification des acides aminés va être mis à jour selon les paramètres ci-dessous. Sélectionner Retirer pour Effacer le symbole de modification ou Annuler pour ignorer les changements. +15760=Attention, le nouveau symbole de phosphorylation est déjà utilisé pour une autre modification. Voulez-vous vraiment utiliser ce symbole pour la phosphorylation et ainsi effacer l'autre définition? +15765=Conflit de symboles de modification +15770=Etes-vous sure de vouloir perdre tous les changements ? +15775=Fermeture de la fenêtre d'édition des symboles de modification +; Buttons +15800=&Rétablir les valeurs par défaut +15801=Rétabli les symboles de modification par défaut +15810=&Ajout de la sélection à la liste + +[frmDtaTxtFileBrowser] +16000=Explorateur de fichier _Dta.Txt +; Labels +16050=Nombre de balayages de Départ +16060=Nombre de balayages Final +16070=Ion Parent MH+ +16080=Charge de l'ion parent +; Buttons +16100=Passer directement au balayage +16101=Le raccourci est Ctrl+J +16110=&Conserver la fenêtre au sommet + +[frmViscosityForMeCN] +; Form Caption +16500=Viscosité pour un mélange eau/acétonitrile +; Combo Boxes +16510=Celsius|Kelvin|Fahrenheit +; Labels and frames +16550=Entrer le pourcentage d'acétonitrile et la température et la viscosité théorique sera calculée. +16560=Pourcentage d'acétonitrile +16570=Température +16580=Equation de Chen-Horvath +; Plot Labels +16600=Viscosité +16610=Pourcentage d'acétonitrile +; TextBoxes +; Buttons +16650=Copier la viscosité +16660=Afficher le graphique de la viscosité +16670=Valeurs par défaut + +[ErrorAndStatusMessages] +20001=Eléments inconnu +20003=Parenthèses de fermeture manquante +20004=Parenthèses non appariées +20005=Impossible d'avoir un 0 juste après un élément ou un tiret (-) +20006=Nombre trop important ou doit être uniquement après [, -, ), ou un accent circonflexe (^) +20007=Nombre trop important +20011=Les nombres doivent suivre un crochet gauche et non pas un crochet droit (à moins que l'option 'considérer les crochets' comme des parenthèses soit active) +20012=Un nombre doit être présent après un crochet et/ou après le séparateur de décimales +20013=Crochet de fermeture manquant, ] +20014=Nombre mal placé; uniquement après un élément, [, ), -, ou un accent circonflexe (^) +20015=Crochet non appariés +20016=Impossible de prendre en compte des crochets nichés ou des crochets a l'intérieur d'hydrates multiples (à moins que l'options 'considérer les crochets' comme des parenthèses soit active) +20018=Eléments inconnu +20020=Un nombre de masse isotopique doit suivre l'accent circonflexe (^) +20022=Un élément doit être présent après la masse isotopique qui suit l'accent circonflexe (^) +20023=Les masses isotopiques négatives ne sont pas autorisées après l'accent circonflexe (^) +20024=Les masses isotopiques ne sont pas autorisées pour les abréviations +20025=Un élément doit être présent après le coefficient directeur du tiret +20026=les masses isotopiques ne sont pas autorisés pour les abréviations; D est une abréviation +20027=les nombres ne peuvent contenir plus d'un séparateur de décimales +20028=Référence circulaire d'abréviation; impossible d'avoir une abréviation se référant à une seconde abréviation dépendante de la première +20030=Soustraction de formule invalide; un ou plusieurs atomes (ou trop d'atomes) de la formule de droite sont manquant (ou moins abondants) dans la formule de gauche +20050=La valeur cible est supérieure à 100%, une valeur impossible. +20075=Les lettres ne sont pas autorisées dans la calculatrice +20076=Parenthèse de fermeture manquante +20077=Parenthèses non appariées +20078=Nombre mal placé; ou nombre trop grand, ou trop petit, ou trop long +20080=Opérateur mal placé +20081=La variable suivie est inférieure ou égale à 1; erreur du programme; merci d'en avertir le programmeur +20082=Opérateur manquant. +20085=Impossible de calculer une puissance décimale d'un nombre négatif +20086=Impossible de calculer une puissance négative de zéro +20087=Impossible de calculer la puissance nulle de zéro +20089=Un seul nombre positif ou négatif doit être présent après un accent circonflexe (^) +20090=Les nombres ne peuvent contenir plus d'un séparateur de décimal +20091=Vous avez essayé de diviser un nombre par zéro. Merci de corriger le problème et de refaire le calcul. +20092=Les espaces ne sont pas autorisés dans les expressions mathématiques +20093=Utiliser un point comme séparateur de décimales +20094=Utiliser une virgule comme séparateur de décimales +20095=Un nombre doit être présent après un séparateur de décimal +20100=Erreur lors de l'enregistrement du fichier d'abréviation +20110=Le fichier d'abréviation par défaut a été re-créé. +20115=L'ancien fichier a été renommé +20120=En-tête [AMINO ACIDS] non trouvé dans le fichier MWT_ABBR.DAT. Cet en-tête doit se trouver avant/au-dessus de l'en-tête [ABBREVIATIONS] heading. +20130=En-tête [ABBREVIATIONS] non trouvé dans le fichier MWT_ABBR.DAT. Cet en-tête doit se trouver avant/au-dessus de l'en-tête [AMINO ACIDS]. +20135=Sélectionner OK pour continuer avec uniquement les abréviations des acides aminés. +20140=Le fichier des abréviations n'a pas été trouvé dans le répertoire du logiciel +20150=Erreur lors de l'ouverture/création du fichier des abréviations +20160=Ignore les abréviations -- Formule invalide +20170=Ignore les abréviations en double +20180=Ignore les abréviations; caractère invalide +20190=Ignore les abréviations; trop long +20200=Ignore les lignes invalides +20210=Le fichier des éléments par défaut a été re-créé. +20220=Possible masse incorrecte pour un élément +20230=Possible incertitude incorrecte pour un élément +20250=Ignore la ligne; Symbole d'élément invalide +20260=En-tête [ELEMENTS] non trouvé dans le fichier MWT_ELEM.DAT. Cet En-tête doit se trouver dans le fichier. +20265=Sélectionner OK pour continuer avec les valeurs par défaut des éléments. +20270=Le fichier des éléments n'a pas été trouvé dans le répertoire du logiciel +20280=Erreur lors de l'ouverture/création du fichier des éléments +20305=Continuer avec les titres par défaut. +20320=Erreur lors de l'enregistrement du fichier des éléments +20330=Erreur lors de l'ouverture/création du fichier des valeurs +20340=Sélectionner OK pour continuer sans utiliser les formules et les valeurs par défaut. +20345=Si le disque est en lecture seule, utiliser le bouton /X dans la ligne de commande pour éviter cette erreur. +20350=Erreur +20360=Erreur lors de l'enregistrement du fichier des options par défaut +20380=Erreur lors de l'enregistrement du fichier des formules et des valeurs +20400=Erreur lors de l'ouverture/création du fichier des options par défaut +20410=Sélectionner OK pour continuer sans utiliser les valeurs par défaut définies par l'utilisateur. +20440=Le fichier de langage n'a pas pu être ouvert avec succès ou a été formaté de façon incorrecte. +20450=Impossible de charger les titres spécifiques du langage +20460=Le fichier de langage n'a pas été trouvé dans le répertoire du logiciel +20470=Le fichier requis pour le calcul de la masse moléculaire n'a pas été trouvé +20480=Fichier non trouvé +20490=Ce fichier existe déjà. Le remplacer ? +20500=Le Fichier existe +20510=Erreur lors de la lecture/écriture des fichiers pour le traitement en batch +20515=Sélectionner OK pour annuler le traitement des fichiers en batch. +20520=Erreur dans le programme +20530=Ces lignes de code ne devraient pas exister. Merci d'en avertir le programmeur. +20550=Le module de calcul de pourcentage ne peut être utilisé quand les crochets sont considérés comme des parenthèses. Vous pouvez changer le mode de reconnaissance des crochets en choisissant Changer les préférences du logiciel dans le menu Options. +20555=Le module de calcul de pourcentage n'est pas disponible +20560=Le nombre maximum de champs de formule existe. +20570=La formule active est vide. +20580=Fermer le module de calcul de pourcentage (F11) avant de créer une nouvelle formule. +20590=Une erreur de débordement s'est produite. Merci de réduire les tailles et de refaire le calcul. +20600=Une erreur s'est produite +20605=Merci de quitter le logiciel et de rapporter cette erreur au programmeur. Sélectionner A propos dans le menu d'aide pour obtenir l'adresse E-mail. +20610=Les espaces ne sont pas autorisés dans les formules +20620=Caractère Invalide +20630=Impossible de copier la nouvelle formule. +20650=La formule active est vide. +20655=Le module de calcul de pourcentage est actif (F11 pour le quitter). +20660=Attention, la masse isotopique est probablement trop importante pour l'élément +20662=Attention, la masse isotopique est probablement trop faible pour l'élément +20665=vs avg atomic wt of +20670=Attention, la masse isotopique est trop petite pour un élément +20675=protons +20680=Note: le mode casse exact est actif +20685=Note: pour le module de calcul de %, un crochet gauche doit précéder un x +20690=Note: les crochets sont considérés comme des parenthèses +20700=Un ou plusieurs éléments doivent être sélectionnés. +20705=Le maximum de résultats doit être supérieur à 0. +20710=Le maximum de résultats doit être inférieur à +20715=Le nombre minimum d'éléments doit être supérieur ou égal à 0. +20720=Le nombre minimum d'éléments doit être inférieur au nombre maximum d'éléments. +20725=Le nombre maximum d'éléments doit être inférieur à 65,025 +20730=Une masse atomique doit être entrée pour un élément personnalisé. +20735=La masse atomique doit être supérieure à 0 pour un élément personnalisé +20740=La masse moléculaire de la cible doit être entrée. +20745=La masse moléculaire doit être supérieure à 0. +20755=Une masse moléculaire maximum doit être entrée. +20760=La masse moléculaire maximum doit être supérieure à 0. +20765=Les pourcentages de la cible doivent être entrés pour un élément +20770=Le pourcentage de la cible doit être supérieur à 0. +20775=Les masses des éléments personnalisés doivent contenir uniquement des nombres ou uniquement des lettres. Si des lettres sont utilisées; ce doit être pour un symbole d'un élément valide ou une abréviation. +20780=La masse des éléments personnalisés est vide. Si des lettres sont utilisées; ce doit être pour un symbole d'un élément valide ou une abréviation. +20785=Elément ou abréviation inconnu pour la masse d'un élément personnalisé +20790=Seuls des symboles d'éléments ou d'abréviations uniques sont autorisés. +20800=Attention, Aucune abréviation n'a été chargée -- La Commande est sans effet. +20805=Impossible de prendre en compte des nombres d'atomes non entiers + +20900=Erreur lors de la lecture/écriture du fichier d'information de la séquence. +20910=Les Ions sont déjà présents dans la liste d'ions. Remplacer par les nouveaux ions ? +20920=Remplacer les ions existants +20930=Chargement de la liste d'ions +20940=Processus annulé +20945=Annulé +20950=Normalisation des ions +20960=Normalisation par région +20965=Trier par Intensité +20970=Reconnaissance des ions +20980=Le presse-papier est vide. Aucun ion à coller. +20985=Aucun ions +20990=Collage de la liste d'ions +21000=Détermination du nombre d'ions dans la liste +21010=Analyse de la liste +21020=Aucun ions valides n'a été trouvé dans le presse-papier. Une liste d'ions valide est une liste de paires de masse et d'intensité, séparés par des virgules, tabulations, ou des espaces. Une paire masse/intensité doit être présente par ligne. +21030=Erreur lors de l'écriture du fichier de données +21040=Définir l'échelle +21050=Valeur de début +21055=Valeur de fin +21060=Définir l'échelle de l'axe X +21065=Définir l'échelle de l'axe Y +21070=Entrer un nouveau facteur de qualité de la représentation gaussienne. Les nombres les plus élevés donnent des Gaussienne plus lisses mais des mises à jour plus lentes. l'échelle valide est de 1 à 50, la valeur par défaut est 20. +21072=Qualité de la représentation gaussienne +21075=Entrer un nouveau facteur d'approximation des graphiques. Des nombres plus grands donnent des mises à jours plus rapides mais des graphiques moins précis lors de l'affichage sur une large échelle de masse. Ll'échelle valide est entre 1 et 50, la valeur par défaut est 10. +21077=Facteur d'approximation des graphiques +21080=Spécifications de la puissance de résolution +21090=Puissance de résolution +21100=Spécification de la valeur X +21110=Merci d'entrer le nombre d'échelon approximatif de l'axe +21115=Echelon de l'Axe +21120=Création de la représentation gaussienne +21130=Préparation du graphique +21135=Traçage du graphique +21140=Etes-vous sur de vouloir rétablir les options par défaut des graphiques ? +21145=Rétablir les options par défaut +21150=Aligner automatiquement les Ions +21155=Décalage maximum +21160=Incrément du décalage +21165=Alignement des ions + +21500=Tous les fichiers +21510=Fichier Texte +21515=txt +21520=Fichier de données +21525=csv +21530=Fichier de séquence +21535=seq +21540=Fichier de liste d'ions +21545=txt +21550=cap +21555=Fichier d'information du débit capillaire + +[CautionStatments] +; Note: Caution statement keynames are case sensitive; i.e. Bi is different than BI +; You may add new caution statements if desired; however, you will need to save +; the file with a name other than Lang_English and change the Language= key +; since this file is not loaded if the language is English +22000=Attention +Bi=Bi signifie bismuth; BI signifie bore-iode. +Bk=Bk signifie berkelium; BK signifie bore-potassium. +Bu=Bu signifie le groupe butyle; BU signifie bore-uranium. +Cd=Cd signifie cadmium; CD signifie carbone-deutérium. +Cf=Cf signifie californium; CF signifie carbone-fluore. +Co=Co signifie cobalt; CO signifie carbone-oxygène. +Cs=Cs signifie césium; CS signifie carbone-soufre. +Cu=Cu signifie cuivre; CU signifie carbone-uranium. +Dy=Dy signifie dysprosium; DY signifie deutérium-yttrium. +Hf=Hf signifie hafnium; HF signifie hydrogène-fluore. +Ho=Ho signifie holmium; HO signifie hydrogène-oxygène. +In=In signifie indium; IN signifie iode-azote. +Nb=Nb signifie niobium; NB signifie azote-bore. +Nd=Nd signifie neodymium; ND signifie azote-deutérium. +Ni=Ni signifie nickel; NI signifie azote-iode. +No=No signifie nobelium; NO signifie azote-oxygène. +Np=Np signifie neptunium; NP signifie azote-phosphore. +Os=Os signifie osmium; OS signifie oxygène-soufre. +Pd=Pd signifie palladium; PD signifie phosphore-deutérium. +Ph=Ph signifie phényle, PH signifie phosphore-hydrogène +Pu=Pu signifie plutonium; PU signifie phosphore-uranium. +Py=Py signifie pyridine; PY signifie phosphore-yttrium. +Sb=Sb signifie antimoine; SB signifie soufre-bore. +Sc=Sc signifie scandium; SC signifie soufre-carbone. +Si=Si signifie silice; SI signifie soufre-iode. +Sn=Sn signifie étain; SN signifie soufre-azote. +TI=TI signifie tritium-iode, Ti signifie titanium. +Yb=Yb signifie ytterbium; YB signifie yttrium-bore. +BPY=BPY signifie bore-phosphore-yttrium; Bpy signifie bipyridine. +BPy=BPy signifie bore-pyridine; Bpy signifie bipyridine. +Bpy=Bpy signifie bipyridine. +Cys=Cys signifie cystéine; CYS signifie carbone-yttrium-soufre. +His=His signifie histidine; HIS signifie hydrogène-iode-soufre. +Hoh=HoH signifie holmium-hydrogène; HOH signifie hydrogène-oxygène-hydrogène (aka eau). +Hyp=Hyp signifie hydroxyproline; HYP signifie hydrogène-yttrium-phosphore. +OAc=OAc signifie oxygène-actinium; Oac signifie acétate. +Oac=Oac signifie acétate. +Pro=Pro signifie proline; PrO signifie praseodymium-oxygène. +PrO=Pro signifie proline; PrO signifie praseodymium-oxygène. +Val=Val signifie valine; VAl signifie vanadium-aluminum. +VAl=Val signifie valine; VAl signifie vanadium-aluminum. \ No newline at end of file diff --git a/MWTWIN.BAS b/MWTWIN.BAS index 33d8a16..2e161ab 100644 --- a/MWTWIN.BAS +++ b/MWTWIN.BAS @@ -29,8 +29,8 @@ Option Explicit ' version 6.35 ' *** Be sure to update version in Project | Properties also *** -Public Const PROGRAM_VERSION = "6.42" -Public Const PROGRAM_DATE = "November 5, 2006" +Public Const PROGRAM_VERSION = "6.43" +Public Const PROGRAM_DATE = "February 23, 2007" ' *** ' @@ -2841,7 +2841,9 @@ On Error GoTo SetDefaultValuesAndFormulasErrorHandler SetCheckBox .chkAmmoniaLoss, False SetCheckBox .chkPhosphateLoss, False SetCheckBox .chkDoubleCharge, False + SetCheckBox .chkTripleCharge, False .cboDoubleCharge.ListIndex = 8 + .cboTripleCharge.ListIndex = 9 SetCheckBox .chkRemovePrecursorIon, True .txtPrecursorIonMass = "300" .txtPrecursorMassWindow = "2" diff --git a/MWT_ELEM.bak b/MWT_ELEM.bak index 39aeae6..8031d2d 100644 --- a/MWT_ELEM.bak +++ b/MWT_ELEM.bak @@ -1,4 +1,4 @@ -; Elements File for MWTWIN program (v6.41) +; Elements File for MWTWIN program (v6.43) ; ; Comments may be added by preceding with a semicolon ; The heading [ELEMENTWEIGHTTYPE] 1 signifies that Average Elemental Weights are diff --git a/MWT_VALU.bak b/MWT_VALU.bak index b8c925e..d2aa675 100644 --- a/MWT_VALU.bak +++ b/MWT_VALU.bak @@ -1,12 +1,12 @@ -; Values File for MWTWIN Program (v6.42) +; Values File for MWTWIN Program (v6.43) ; ; File Automatically Created -- Select Save Values and Formulas under the Options Menu ; Formula0=BrCH2(CH2)7CH2Br Formula1=FeCl3-6H2O Formula2=Co(Bpy)(CO)4 -Formula3=^13C6H6-.1H2O -Formula4=HGlyLeuTyrOH +Formula3=H5C7NO +Formula4=D2C2O Formula5=BrCH2(CH2)7CH2Br>CH8 AminoAcidConvertOneLetter=GLY AminoAcidConvertThreeLetter=Gly-Leu-Tyr @@ -205,8 +205,8 @@ FragModelModificationSymbol7=$,227.127,False,Cleavable ICAT [(^12C10)H17N3O3] FragModelModificationSymbol8=%,236.127,False,Cleavable ICAT [(^13C9)(^12C)H17N3O3] FragModelModificationSymbol9=~,442.225,False,ICAT D0 [C20H34N4O5S] FragModelModificationSymbol10=`,450.274,False,ICAT D8 [C20H26D8N4O5S] -FragModelNotationMode=1 -FragModelSequence=Arg-His-Pro-Glu-Tyr-Ala-Val +FragModelNotationMode=0 +FragModelSequence=KFNGLSLIKQHQLVNR FragModelNTerminus=0 FragModelCTerminus=0 FragModelIonType0=0 @@ -220,6 +220,8 @@ FragModelAmmoniaLoss=0 FragModelPhosphateLoss=0 FragModelDoubleCharge=0 FragModelDoubleChargeThreshold=8 +FragModelTripleCharge=0 +FragModelTripleChargeThreshold=9 FragModelPrecursorIonRemove=1 FragModelPrecursorIonMass=300 FragModelPrecursorIonMassWindow=2 @@ -241,646 +243,772 @@ FragModelPlotPredictedSpectrumInverted=1 FragModelAutoLabelMass=0 FragModelFragSpectrumColor=16711680 FragModelMatchingIonDataColor=32768 -FragModelIonMatchList=637 -379.461,6 -380.339,1.2 -384.326,2.9 -389.005,7.8 -411.377,3.1 -414.084,2.7 -437.125,6.5 -460.34,6.9 -462.034,2.8 -472.466,23.4 -478.512,8.3 -481.635,3.9 -500.2,7.9 -507.284,2.7 -508.232,10.1 -521.179,1.4 -530.629,2.2 -534.312,18.4 -539.964,3.8 -541.164,4.2 -543.388,7.2 -545.858,2.3 -549.199,9.7 -554.196,6.8 -561.151,3.8 -562.317,2.5 -565.096,7.1 -566.305,8.1 -567.031,9.4 -568.379,1.7 -570.055,4.6 -571.17,11.1 -576.61,13.8 -582.438,9 -586.32,19.5 -590.33,5.8 -601.675,2.7 -603.215,12.5 -611.299,2.7 -613.391,7.7 -615.37,2.7 -617.419,13.3 -618.294,4.8 -620.439,8.9 -622.059,3.5 -627.106,2 -650.276,3.1 -657.377,3.5 -661.3,12 -680.892,7.5 -682.203,5.8 -683.548,13.1 -685.302,6.7 -697.146,8.1 -697.948,3.2 -706.225,19.4 -707.906,11.1 -711.2,14.5 -727.823,4.8 -732.249,3.5 -734.557,11.1 -737.084,10.3 -746.159,2.7 -748.313,30.4 -757.809,4.8 -760.14,6.1 -761.4,22.1 -769.285,19.6 -770.036,7.4 -771.12,18 -774.113,20.2 -776.248,15.6 -781.326,10.4 -782.236,16.6 -784.55,21.3 -785.355,7.2 -791.449,16.8 -795.524,10.3 -797.897,23.3 -802.239,4.2 -806.178,9 -807.325,5.9 -808.151,28 -810.506,17.6 -812.404,9.9 -814.347,14.9 -823.687,9.1 -827.2,18.4 -828.495,30.1 -830.456,7.4 -843.74,6.8 -845.378,25.6 -846.124,8.3 -850.279,3.2 -857.077,3.8 -860.066,9.2 -861.488,6.5 -862.229,10.5 -863.078,4.4 -863.694,17.1 -864.537,3.4 -865.37,29 -866.245,2.9 -866.961,5 -867.685,18 -869.123,9.5 -871.775,23.1 -873.595,33 -875.707,15.5 -877.188,8.6 -878.644,40.1 -879.973,24.3 -884.381,12.1 -886.129,4.1 -889.206,23.3 -892.502,5.8 -898.276,6 -898.927,16.5 -900.03,14.9 -909.412,27 -910.736,14.3 -912.761,5.4 -918.955,7.1 -921.403,9.3 -926.314,4.4 -927.264,44.7 -931.4,14 -935.755,38.2 -936.443,115.8 -937.157,28.8 -938.027,22.2 -941.158,10.1 -943.544,11 -944.188,7.1 -948.636,10.5 -949.992,24.9 -953.302,21.2 -954.427,4.4 -955.785,18.5 -956.486,19.9 -957.483,3.3 -958.353,1.8 -960.501,27.3 -963.173,9.4 -964.142,22.2 -965.36,6.2 -968.71,2.3 -972.337,18.3 -977.187,7.9 -977.883,31.1 -979.576,2.3 -981.127,16.5 -982.614,28.6 -985.816,5.4 -987.76,2.7 -988.615,33.4 -989.659,1.4 -991.94,7.3 -997.515,9.1 -998.981,4.4 -1006.169,29.1 -1010.57,37 -1011.619,8.7 -1012.56,16.6 -1013.532,2.3 -1014.498,14.6 -1015.608,15.3 -1019.642,10 -1021.028,41.7 -1022.413,9.2 -1023.351,5.5 -1027.299,33.5 -1028.18,30.7 -1029.408,38.6 -1030.477,7.8 -1036.909,37.6 -1039.308,8.1 -1040.937,11.2 -1044.367,12.5 -1045.892,39.2 -1050.997,37.2 -1051.764,12.1 -1052.551,6.8 -1054.741,35.6 -1063.992,5.6 -1066.194,78.2 -1067.027,17.5 -1067.858,8.2 -1073.451,14.9 -1079.227,25.6 -1079.99,8.4 -1082.4,16.5 -1084.332,2 -1086.278,22.7 -1089.943,5.9 -1093.599,9.8 -1095.441,18.3 -1098.684,19.2 -1100.082,36.8 -1101.255,39.7 -1102.073,36.5 -1104.673,21.7 -1105.894,39.8 -1107.651,81.8 -1108.383,5.1 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+552.3618,2 +553.407,2 +554.7569,2 +558.5176,2 +559.6127,1 +560.287,5 +560.4134,3 +561.2498,1 +561.3267,4 +562.8124,2 +563.2944,3 +563.4239,1 +564.8261,6 +564.9099,4 +564.976,2 +565.2759,3 +565.3707,9 +565.5305,2 +566.4214,2 +568.4691,1 +569.3346,4 +569.4058,13 +569.5019,4 +569.5747,1 +569.6475,1 +570.3633,4 +570.4498,16 +571.2965,1 +571.4195,6 +571.4758,3 +571.5784,1 +572.381,3 +572.4486,2 +572.92,4 +573.3981,3 +573.7458,4 +573.8586,67 +573.9612,21 +574.066,3 +574.3539,61 +574.4537,17 +574.5536,2 +574.8405,19 +574.9592,2 +575.3185,11 +575.4207,4 +575.5056,2 +575.5826,1 +575.6589,1 +577.3074,9 +577.4223,3 +578.1526,3 +584.5505,3 +585.3615,11 +585.4314,10 +585.5741,3 +585.6603,7 +585.9116,3 +586.0613,5 +586.388,11 +586.5022,1 +586.5732,2 +586.846,12 +587.4271,1387 +587.7023,8 +587.7939,6 +587.8698,6 +588.0663,5 +588.2092,8 +588.4289,520 +588.6898,10 +588.7769,6 +588.993,12 +589.4146,97 +589.4962,51 +589.6946,13 +589.801,3 +590.3812,16 +590.5562,5 +592.2068,4 +592.8172,1 +593.0849,2 +593.4933,3 +595.6253,2 +596.3392,4 +597.3459,1 +597.4203,3 +597.515,2 +597.9026,1 +598.2836,3 +598.3417,8 +599.1752,2 +603.2936,2 +606.1924,2 +616.592,2 +617.423,1 +624.5602,2 +637.3413,3 +638.3671,3 +639.2586,1 +639.331,1 +639.8571,3 +642.108,1 +647.2784,4 +648.3354,5 +648.4521,2 +650.7113,2 +655.2712,2 +655.3664,30 +656.3695,8 +657.3942,3 +665.3284,4 +668.3688,2 +668.4735,6 +668.6234,1 +669.4628,3 +669.8121,1 +670.5142,3 +670.5972,2 +680.7796,3 +681.3997,1 +681.4736,3 +682.3482,2 +682.4495,5 +683.3481,219 +683.4712,44 +683.6359,6 +684.0644,3 +684.3716,106 +684.5844,6 +684.8958,1 +684.9804,3 +685.3737,14 +685.4988,4 +685.7285,5 +686.0152,7 +686.1675,5 +686.5014,557 +686.9116,8 +687.2289,2 +687.3205,3 +687.4829,171 +687.5939,93 +687.8615,9 +688.3171,3 +688.4927,40 +688.5773,13 +688.6929,9 +689.2798,1 +689.3668,1 +689.4847,4 +689.593,8 +689.8995,4 +690.908,2 +696.3164,2 +696.4634,5 +696.5764,1 +697.5877,2 +699.8672,3 +707.7047,2 +708.2455,1 +709.3156,4 +709.4521,2 +715.4932,1 +723.5035,3 +725.7914,1 +726.4122,90 +727.287,1 +727.3789,21 +727.4848,20 +727.9292,2 +734.0432,2 +736.162,1 +736.3848,13 +736.5123,4 +737.3798,5 +738.4948,3 +739.3513,3 +740.5328,9 +740.6787,2 +747.4741,2 +751.2795,4 +751.5072,2 +752.3605,7 +752.7471,3 +752.9329,6 +753.1516,5 +754.0845,9 +754.4078,773 +754.6768,22 +754.8329,5 +754.9259,3 +755.0079,9 +755.3988,315 +755.5961,32 +755.8419,8 +756.1276,5 +756.2121,3 +756.4058,84 +756.5536,8 +756.6567,1 +756.7365,4 +757.0129,8 +757.1477,5 +757.5342,249 +757.8083,8 +758.149,5 +758.3525,2 +758.5118,61 +758.5903,49 +758.8855,4 +759.4818,18 +759.5482,11 +759.7332,5 +760.4133,3 +760.5503,10 +760.9072,3 +761.6349,5 +762.7632,2 +763.4514,2 +764.3829,1 +764.4747,2 +768.6735,1 +770.4442,3 +785.5863,2 +793.6028,2 +808.385,1 +808.4804,2 +825.4254,18 +825.5293,15 +826.4259,8 +826.5468,8 +827.6287,3 +838.4358,2 +845.1581,1 +853.4627,103 +853.5911,23 +853.6886,16 +854.4817,49 +854.5994,22 +854.7208,4 +855.4445,15 +855.6116,1 +855.7076,1 +856.5129,2 +859.6588,1 +860.5162,2 +902.6061,5 +902.6943,2 +903.626,4 +903.7915,1 +905.4571,2 +913.6252,1 +915.7272,3 +917.6539,2 +920.3547,3 +920.5964,139 +920.7654,36 +920.9797,2 +921.5889,89 +921.7524,38 +922.0116,1 +922.1476,3 +922.4272,17 +922.5228,33 +922.6741,27 +922.817,4 +923.1877,1 +923.5013,29 +923.6208,5 +924.4304,4 +924.6093,6 +932.7939,2 +940.4985,30 +940.5948,8 +940.7292,6 +940.8721,3 +941.397,4 +941.5469,12 +941.7205,6 +1012.576,4 +1039.495,12 +1039.615,6 +1039.692,3 +1039.85,1 +1040.467,6 +1040.583,9 +1049.522,9 +1049.63,14 +1049.709,10 +1050.543,4 +1050.646,7 +1050.765,5 +1051.748,4 +1147.636,3 +1148.107,1 +1152.559,3 +1253.329,1 FragModelIonMatchListEnd -FragModelIonMatchListCaption=CaM_S5_005_060925_: Scan 11275 +FragModelIonMatchListCaption= FragModelIonAlignment=0 [PlotOptions_Series1] SeriesPlotMode=1 diff --git a/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.cache b/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.cache index 551f8da..59ffc65 100644 Binary files a/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.cache and b/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.cache differ diff --git a/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.wip b/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.wip index e9b1724..d1c7ddc 100644 Binary files a/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.wip and b/MsiSetup/MwtWinMsiSetup.wip differ diff --git a/MsiSetup/Readme_InstallerBuildingNotes.txt b/MsiSetup/Readme_InstallerBuildingNotes.txt new file mode 100644 index 0000000..c904f78 --- /dev/null +++ b/MsiSetup/Readme_InstallerBuildingNotes.txt @@ -0,0 +1,3 @@ +Note: If the MwtWindll.dll file is changed, then you must update the MwtwinDll Merge Module (MwtWindll.msm file) +using ..\MwtWinDll\MwtWinDll_MergeModule\MwtWinDll_MergeModule.sln then copy that file to +C:\Program Files\Microsoft Visual Studio\Common\Tools\VSInst\BuildRes\ prior to re-building the MwtWin.exe installer diff --git a/MwtWinDll/MwtWinDll.vbw b/MwtWinDll/MwtWinDll.vbw index e5228b9..aaa1a20 100644 --- a/MwtWinDll/MwtWinDll.vbw +++ b/MwtWinDll/MwtWinDll.vbw @@ -1,7 +1,7 @@ MolecularWeightCalculator = 22, 24, 746, 516, MWCompoundClass = 132, 144, 856, 636, C -MWPeptideClass = 132, 144, 856, 636, C -ElementAndMassRoutines = 154, 168, 891, 660, C +MWPeptideClass = 132, 144, 856, 636, Z +ElementAndMassRoutines = 154, 168, 891, 660, modSharedVBRoutines = 0, 0, 795, 492, C MWCapillaryFlowClass = 154, 168, 884, 660, C frmProgress = 115, 115, 784, 491, C, 23, 23, 670, 391, C diff --git a/MwtWinDll/MwtWinDllTest.vbw b/MwtWinDll/MwtWinDllTest.vbw index 7262593..625c2fc 100644 --- a/MwtWinDll/MwtWinDllTest.vbw +++ b/MwtWinDll/MwtWinDllTest.vbw @@ -1,3 +1,3 @@ frmMwtWinDllTest = 75, 21, 514, 513, , 10, -7, 777, 590, C -modMwtWinDllTest = 22, 24, 866, 533, C +modMwtWinDllTest = 22, 24, 866, 533, frmResults = 110, 120, 952, 647, , 66, 72, 908, 599, C diff --git a/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/EditMwtWinDll_Installer.bat b/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/EditMwtWinDll_Installer.bat index 9f5bd1a..d92401f 100644 --- a/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/EditMwtWinDll_Installer.bat +++ b/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/EditMwtWinDll_Installer.bat @@ -1 +1 @@ -"C:\Program Files\Microsoft Visual Studio\Common\IDE\IDE98\DEVENV.EXE" "D:\My Documents\Projects\DataMining\MwtWinDll\MwtWinDll_MergeModule\MwtWinDll_MergeModule.sln" \ No newline at end of file +"C:\Program Files\Microsoft Visual Studio\Common\IDE\IDE98\DEVENV.EXE" "D:\My Documents\Projects\DataMining\MwtWin\MwtWinDll\MwtWinDll_MergeModule\MwtWinDll_MergeModule.sln" \ No newline at end of file diff --git a/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.cache b/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.cache index 8ccabea..32e21b4 100644 Binary files a/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.cache and b/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.cache differ diff --git a/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.wip b/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.wip index 28ec334..1436490 100644 Binary files a/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.wip and b/MwtWinDll/MwtWinDll_MergeModule/MwtWinDll_MergeModule.wip differ diff --git a/MwtWinDll/MwtWindll.dll b/MwtWinDll/MwtWindll.dll index db5985d..447a4af 100644 Binary files a/MwtWinDll/MwtWindll.dll and b/MwtWinDll/MwtWindll.dll differ diff --git a/MwtWinDll/MwtWindll.exp b/MwtWinDll/MwtWindll.exp index aaee5d0..97dab6b 100644 Binary files a/MwtWinDll/MwtWindll.exp and b/MwtWinDll/MwtWindll.exp differ diff --git a/MwtWinDll/MwtWindll.lib b/MwtWinDll/MwtWindll.lib index 88c7a12..dcee67c 100644 Binary files a/MwtWinDll/MwtWindll.lib and b/MwtWinDll/MwtWindll.lib differ diff --git a/MwtWinDll/MwtWindll.vbp b/MwtWinDll/MwtWindll.vbp index bc9fa58..6b1a537 100644 --- a/MwtWinDll/MwtWindll.vbp +++ b/MwtWinDll/MwtWindll.vbp @@ -21,7 +21,7 @@ CompatibleMode="0" CompatibleEXE32="MwtWindll.dll" MajorVer=2 MinorVer=36 -RevisionVer=68 +RevisionVer=71 AutoIncrementVer=1 ServerSupportFiles=0 VersionComments="Written by Matthew Monroe" diff --git a/MwtWinDll/RevisionHistory.txt b/MwtWinDll/RevisionHistory.txt index 4380fa2..03d1a77 100644 --- a/MwtWinDll/RevisionHistory.txt +++ b/MwtWinDll/RevisionHistory.txt @@ -1,5 +1,10 @@ MwtWin.Dll Change Log +Future: Changed blnShowCharge() from type Integer to type Boolean in the GetFragmentationMasses() function + +Version 2.36, Build 70; February 23, 2007 + - Added option to include 3+ fragmentation ions in the GetFragmentationMasses() function + Version 2.36, Build 67; November 5, 2006 - Updated ComputeIsotopicAbundancesInternal to properly interpret Charge state - If intChargeState=0, then returns neutral masses diff --git a/MwtWinDll/clsMwtWin.cls b/MwtWinDll/clsMwtWin.cls index 22285b8..87daee6 100644 --- a/MwtWinDll/clsMwtWin.cls +++ b/MwtWinDll/clsMwtWin.cls @@ -23,8 +23,8 @@ Option Explicit ' ' Project started: November 12, 2002 -Private Const PROGRAM_DATE = "November 5, 2006" -Private Const PROGRAM_VERSION = "2.36" +Private Const PROGRAM_DATE = "February 23, 2007" +Private Const PROGRAM_VERSION = "2.37" ' Duplicate of enum statements in ElementAndMassRoutines.bas Public Enum emElementModeConstants diff --git a/MwtWinDll/clsPeptideClass.cls b/MwtWinDll/clsPeptideClass.cls index 92ec28a..5a503e0 100644 --- a/MwtWinDll/clsPeptideClass.cls +++ b/MwtWinDll/clsPeptideClass.cls @@ -22,7 +22,6 @@ Private Const RESIDUE_DIM_CHUNK = 50 Private Const MAX_MODIFICATIONS = 6 ' Maximum number of modifications for a single residue Private Const UNKNOWN_SYMBOL = "Xxx" Private Const UNKNOWN_SYMBOL_ONE_LETTER = "X" -Private Const ION_TYPE_COUNT = 3 Private Const TERMINII_SYMBOL = "-" Private Const TRYPTIC_RULE_RESIDUES = "KR" @@ -46,6 +45,7 @@ Public Enum ntgNTerminusGroupConstants ntgNone = 6 End Enum +Private Const ION_TYPE_MAX As Integer = 2 Public Enum itIonTypeConstants itAIon = 0 itBIon = 1 @@ -63,7 +63,7 @@ Private Type udtResidueType Symbol As String ' 3 letter symbol Mass As Double ' The mass of the residue alone (excluding any modification) MassWithMods As Double ' The mass of the residue, including phosphorylation or any modification - IonMass(ION_TYPE_COUNT) As Double ' 0-based array; the masses that the a, b, and y ions ending/starting with this residue will produce in the mass spectrum (includes H+) + IonMass(ION_TYPE_MAX) As Double ' 0-based array; the masses that the a, b, and y ions ending/starting with this residue will produce in the mass spectrum (includes H+) Phosphorylated As Boolean ' Technically, only Ser, Thr, or Tyr residues can be phosphorylated (H3PO4), but if the user phosphorylates other residues, we'll allow that ModificationIDCount As Integer ModificationIDs(MAX_MODIFICATIONS) As Long ' 1-based array @@ -77,7 +77,7 @@ Private Type udtTerminusType End Type Public Type udtFragmentionSpectrumIntensitiesType - IonType(ION_TYPE_COUNT) As Double ' 0-based array + IonType(ION_TYPE_MAX) As Double ' 0-based array BYIonShoulder As Double ' If > 0 then shoulder ions will be created by B and Y ions NeutralLoss As Double End Type @@ -93,9 +93,11 @@ End Type Public Type udtFragmentationSpectrumOptionsType IntensityOptions As udtFragmentionSpectrumIntensitiesType - IonTypeOptions(ION_TYPE_COUNT) As udtIonTypeOptionsType + IonTypeOptions(ION_TYPE_MAX) As udtIonTypeOptionsType DoubleChargeIonsShow As Boolean DoubleChargeIonsThreshold As Single + TripleChargeIonsShow As Boolean + TripleChargeIonsThreshold As Single End Type Public Type udtFragmentationSpectrumDataType @@ -267,12 +269,12 @@ Private Function ComputeMaxIonsPerResidue() As Integer intIonCount = 0 With mFragSpectrumOptions - For eIonIndex = 0 To ION_TYPE_COUNT - 1 + For eIonIndex = 0 To ION_TYPE_MAX If .IonTypeOptions(eIonIndex).ShowIon Then intIonCount = intIonCount + 1 If Abs(.IntensityOptions.BYIonShoulder) > 0 Then - If eIonIndex = itBIon Or eIonIndex = itYIon Then + If eIonIndex = itIonTypeConstants.itBIon Or eIonIndex = itIonTypeConstants.itYIon Then intIonCount = intIonCount + 2 End If End If @@ -287,6 +289,11 @@ Private Function ComputeMaxIonsPerResidue() As Integer If .DoubleChargeIonsShow Then intIonCount = intIonCount * 2 End If + + If .TripleChargeIonsShow Then + intIonCount = intIonCount * 2 + End If + End With @@ -334,14 +341,19 @@ End Function 'Public Function GetFragmentationMasses(ByVal lngMaxIonCount As Long, ByRef sngIonMassesZeroBased() As Single, ByRef sngIonIntensitiesZeroBased() As Single, ByRef strIonSymbolsZeroBased() As String) As Long Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentationSpectrumDataType) As Long ' Returns the number of ions in FragSpectrumWork() - + + Const MAX_CHARGE As Integer = 3 + Dim lngResidueIndex As Long, intChargeIndex As Integer, intShoulderIndex As Integer Dim eIonType As itIonTypeConstants Dim lngIndex As Long Dim lngPredictedIonCount As Long, lngIonCount As Long - Dim sngIonIntensities(ION_TYPE_COUNT) As Single + Dim sngIonIntensities(ION_TYPE_MAX) As Single Dim sngIonShoulderIntensity As Single, sngNeutralLossIntensity As Single - Dim blnShowDoublecharge As Boolean, sngDoubleChargeThreshold As Single + + Dim blnShowCharge() As Boolean + Dim sngChargeThreshold() As Single + Dim sngBaseMass As Single, sngConvolutedMass As Single, sngObservedMass As Single Dim strResidues As String Dim blnPhosphorylated As Boolean @@ -356,16 +368,26 @@ Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentati Exit Function End If + ReDim blnShowCharge(MAX_CHARGE) + ReDim sngChargeThreshold(MAX_CHARGE) + ' Copy some of the values from mFragSpectrumOptions to local variables to make things easier to read With mFragSpectrumOptions - For eIonType = 0 To ION_TYPE_COUNT - 1 + For eIonType = 0 To ION_TYPE_MAX sngIonIntensities(eIonType) = .IntensityOptions.IonType(eIonType) Next eIonType sngIonShoulderIntensity = .IntensityOptions.BYIonShoulder sngNeutralLossIntensity = .IntensityOptions.NeutralLoss - blnShowDoublecharge = .DoubleChargeIonsShow - sngDoubleChargeThreshold = .DoubleChargeIonsThreshold + If MAX_CHARGE >= 2 Then + blnShowCharge(2) = .DoubleChargeIonsShow + sngChargeThreshold(2) = .DoubleChargeIonsThreshold + End If + + If MAX_CHARGE >= 3 Then + blnShowCharge(3) = .TripleChargeIonsShow + sngChargeThreshold(3) = .TripleChargeIonsThreshold + End If End With ' Populate sngIonMassesZeroBased() and sngIonIntensitiesZeroBased() @@ -382,9 +404,9 @@ Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentati For lngResidueIndex = 1 To ResidueCount With Residues(lngResidueIndex) - For eIonType = 0 To ION_TYPE_COUNT - 1 + For eIonType = 0 To ION_TYPE_MAX If mFragSpectrumOptions.IonTypeOptions(eIonType).ShowIon Then - If (lngResidueIndex = 1 Or lngResidueIndex = ResidueCount) And (eIonType = itAIon Or eIonType = itBIon) Then + If (lngResidueIndex = 1 Or lngResidueIndex = ResidueCount) And (eIonType = itIonTypeConstants.itAIon Or eIonType = itIonTypeConstants.itBIon) Then ' Don't include a or b ions in the output masses Else @@ -396,8 +418,8 @@ Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentati ' Note that the residue symbols are separated by a space to avoid accidental matching by the InStr() functions below strResidues = GetInternalResidues(lngResidueIndex, eIonType, blnPhosphorylated) - For intChargeIndex = 1 To 2 - If intChargeIndex = 1 Or (intChargeIndex = 2 And blnShowDoublecharge) Then + For intChargeIndex = 1 To MAX_CHARGE + If intChargeIndex = 1 Or (intChargeIndex > 1 And blnShowCharge(intChargeIndex)) Then If intChargeIndex = 1 Then sngConvolutedMass = sngBaseMass Else @@ -405,7 +427,7 @@ Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentati sngConvolutedMass = ConvoluteMassInternal(sngBaseMass, 1, intChargeIndex, dblChargeCarrierMass) End If - If intChargeIndex > 1 And sngBaseMass < sngDoubleChargeThreshold Then + If intChargeIndex > 1 And sngBaseMass < sngChargeThreshold(intChargeIndex) Then ' BaseMass is below threshold, do not add to Predicted Spectrum Else ' Add ion to Predicted Spectrum @@ -413,15 +435,15 @@ Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentati ' Y Ions are numbered in decreasing order: y5, y4, y3, y2, y1 ' A and B ions are numbered in increasing order: a1, a2, etc. or b1, b2, etc. strIonSymbolGeneric = LookupIonTypeString(eIonType) - If eIonType = itYIon Then + If eIonType = itIonTypeConstants.itYIon Then strIonSymbol = strIonSymbolGeneric & Trim(Str(ResidueCount - lngResidueIndex + 1)) Else strIonSymbol = strIonSymbolGeneric & Trim(Str(lngResidueIndex)) End If - If intChargeIndex = 2 Then - strIonSymbol = strIonSymbol & "++" - strIonSymbolGeneric = strIonSymbolGeneric & "++" + If intChargeIndex > 1 Then + strIonSymbol = strIonSymbol & String(intChargeIndex, "+") + strIonSymbolGeneric = strIonSymbolGeneric & String(intChargeIndex, "+") End If AppendDataToFragSpectrum lngIonCount, FragSpectrumWork(), sngConvolutedMass, sngIntensity, strIonSymbol, strIonSymbolGeneric, lngResidueIndex, .Symbol, intChargeIndex, eIonType, False @@ -429,7 +451,7 @@ Public Function GetFragmentationMasses(ByRef udtFragSpectrum() As udtFragmentati ' Add shoulder ions to PredictedSpectrum() ' if a B or Y ion and the shoulder intensity is > 0 ' Need to use Abs() here since user can define negative theoretical intensities (which allows for plotting a spectrum inverted) - If Abs(sngIonShoulderIntensity) > 0 And (eIonType = itBIon Or eIonType = itYIon) Then + If Abs(sngIonShoulderIntensity) > 0 And (eIonType = itIonTypeConstants.itBIon Or eIonType = itIonTypeConstants.itYIon) Then For intShoulderIndex = -1 To 1 Step 2 sngObservedMass = sngConvolutedMass + intShoulderIndex * (1 / intChargeIndex) AppendDataToFragSpectrum lngIonCount, FragSpectrumWork(), sngObservedMass, sngIonShoulderIntensity, SHOULDER_ION_PREFIX & strIonSymbol, SHOULDER_ION_PREFIX & strIonSymbolGeneric, lngResidueIndex, .Symbol, intChargeIndex, eIonType, True @@ -538,7 +560,7 @@ Private Function GetInternalResidues(lngCurrentResidueIndex As Long, eIonType As strInternalResidues = "" blnPhosphorylated = False - If eIonType = itYIon Then + If eIonType = itIonTypeConstants.itYIon Then For lngResidueIndex = lngCurrentResidueIndex To ResidueCount With Residues(lngResidueIndex) strInternalResidues = strInternalResidues & .Symbol & " " @@ -1295,9 +1317,9 @@ End Function Public Function LookupIonTypeString(eIonType As itIonTypeConstants) As String Select Case eIonType - Case itAIon: LookupIonTypeString = "a" - Case itBIon: LookupIonTypeString = "b" - Case itYIon: LookupIonTypeString = "y" + Case itIonTypeConstants.itAIon: LookupIonTypeString = "a" + Case itIonTypeConstants.itBIon: LookupIonTypeString = "b" + Case itIonTypeConstants.itYIon: LookupIonTypeString = "y" Case Else: LookupIonTypeString = "" End Select @@ -1550,22 +1572,22 @@ On Error GoTo SetDefaultOptionsErrorHandler With mFragSpectrumOptions With .IntensityOptions - .IonType(itAIon) = 20 - .IonType(itBIon) = 100 - .IonType(itYIon) = 100 + .IonType(itIonTypeConstants.itAIon) = 20 + .IonType(itIonTypeConstants.itBIon) = 100 + .IonType(itIonTypeConstants.itYIon) = 100 .BYIonShoulder = 50 .NeutralLoss = 20 End With ' A ions can have ammonia and phosphate loss, but not water loss - With .IonTypeOptions(itAIon) + With .IonTypeOptions(itIonTypeConstants.itAIon) .ShowIon = True .NeutralLossAmmonia = True .NeutralLossPhosphate = True .NeutralLossWater = False End With - For intIonIndex = itBIon To itYIon + For intIonIndex = itIonTypeConstants.itBIon To itIonTypeConstants.itYIon With .IonTypeOptions(intIonIndex) .ShowIon = True .NeutralLossAmmonia = True @@ -1576,6 +1598,9 @@ On Error GoTo SetDefaultOptionsErrorHandler .DoubleChargeIonsShow = True .DoubleChargeIonsThreshold = 800 + + .TripleChargeIonsShow = False + .TripleChargeIonsThreshold = 900 End With SetSymbolWaterLoss "-H2O" @@ -2047,8 +2072,8 @@ Private Sub UpdateResidueMasses() dblRunningTotal = dblRunningTotal + .MassWithMods - .IonMass(itAIon) = dblRunningTotal - dblImmoniumMassDifference - dblChargeCarrierMass - .IonMass(itBIon) = dblRunningTotal + .IonMass(itIonTypeConstants.itAIon) = dblRunningTotal - dblImmoniumMassDifference - dblChargeCarrierMass + .IonMass(itIonTypeConstants.itBIon) = dblRunningTotal Else .Mass = 0 .MassWithMods = 0 @@ -2073,18 +2098,18 @@ Private Sub UpdateResidueMasses() For lngIndex = ResidueCount To 1 Step -1 With Residues(lngIndex) - If .IonMass(itAIon) > 0 Then + If .IonMass(itIonTypeConstants.itAIon) > 0 Then dblRunningTotal = dblRunningTotal + .MassWithMods - .IonMass(itYIon) = dblRunningTotal + dblChargeCarrierMass + .IonMass(itIonTypeConstants.itYIon) = dblRunningTotal + dblChargeCarrierMass If lngIndex = 1 Then ' Add the N-terminus mass to highest y ion - .IonMass(itYIon) = .IonMass(itYIon) + mNTerminus.Mass - dblChargeCarrierMass + .IonMass(itIonTypeConstants.itYIon) = .IonMass(itIonTypeConstants.itYIon) + mNTerminus.Mass - dblChargeCarrierMass If blnProtonatedNTerminus Then ' ntgHydrogenPlusProton; since we add back in the proton below when computing the fragment masses, ' we need to subtract it out here ' However, we need to subtract out dblHydrogenMass, and not dblChargeCarrierMass since the current ' formula's mass was computed using two hydrogens, and not one hydrogen and one charge carrier - .IonMass(itYIon) = .IonMass(itYIon) - dblHydrogenMass + .IonMass(itIonTypeConstants.itYIon) = .IonMass(itIonTypeConstants.itYIon) - dblHydrogenMass End If End If End If diff --git a/Mwtwin.vbp b/Mwtwin.vbp index 46afe1c..44cb5e2 100644 --- a/Mwtwin.vbp +++ b/Mwtwin.vbp @@ -1,8 +1,8 @@ Type=Exe Reference=*\G{ADB880A2-D8FF-11CF-9377-00AA003B7A11}#4.0#0#C:\WINDOWS\system32\hhctrl.ocx#HHCtrl 4.0 Type Library Reference=*\G{F935DC20-1CF0-11D0-ADB9-00C04FD58A0B}#1.0#0#C:\WINDOWS\system32\wshom.ocx#Windows Script Host Object Model -Reference=*\G{C4BE505F-B909-4F29-9F14-365325BDB989}#2c.0#0#..\CWSpectrumDLL\CWSpectrumDll.dll#CWSpectrumDLL -Reference=*\G{40A1F1BF-ADB0-441E-BF5F-0A5E4A1DDC48}#1.0#0#MwtWinDll\MwtWindll.dll#Molecular Weight Calculator - Dll Version +Reference=*\G{C4BE505F-B909-4F29-9F14-365325BDB989}#2c.0#0#C:\WINDOWS\system32\CWSpectrumDll.dll#CWSpectrumDLL +Reference=*\G{62BB78DD-911F-4A36-9B08-7C035ACC541B}#1.0#0#MwtWinDll\MwtWindll.dll#Molecular Weight Calculator - Dll Version Object={5E9E78A0-531B-11CF-91F6-C2863C385E30}#1.0#0; MSFLXGRD.OCX Object={3B7C8863-D78F-101B-B9B5-04021C009402}#1.2#0; richtx32.ocx Object={F9043C88-F6F2-101A-A3C9-08002B2F49FB}#1.2#0; Comdlg32.ocx @@ -52,8 +52,8 @@ HelpContextID="0" Description="Molecular Weight Calculator for Windows, v6.41" CompatibleMode="0" MajorVer=6 -MinorVer=42 -RevisionVer=227 +MinorVer=43 +RevisionVer=228 AutoIncrementVer=1 ServerSupportFiles=0 VersionComments="by Matthew Monroe " diff --git a/Mwtwin.vbw b/Mwtwin.vbw index 2429b54..118a3cd 100644 --- a/Mwtwin.vbw +++ b/Mwtwin.vbw @@ -11,7 +11,7 @@ frmEquationsPackedCapillary = 66, 66, 320, 514, C, 22, 36, 599, 484, C frmEquationsOpenTube = 44, 44, 693, 414, C, 176, 176, 753, 624, C frmEquationsBroadening = 44, 44, 554, 492, C, 22, 22, 563, 512, C frmChooseLanguage = 135, 135, 488, 492, C, 110, 110, 759, 480, C -FileIOFunctions = 154, 154, 803, 524, C +FileIOFunctions = 154, 154, 803, 524, frmAminoAcidConverter = 66, 66, 569, 436, C, 22, 22, 735, 434, C frmStrings = 110, 110, 677, 480, C, 44, 44, 421, 280, C frmEditAbbrev = 66, 66, 699, 421, C, 44, 44, 648, 399, C @@ -20,10 +20,10 @@ frmIntro = 0, 0, 658, 368, C, 154, 154, 758, 509, C frmMMConvert = 0, 0, 652, 348, C, 81, 54, 685, 409, C modSharedVBRoutines = 25, 25, 705, 372, C frmSetValue = 88, 88, 799, 416, C, 88, 88, 778, 407, C -frmFragmentationModelling = 69, 69, 366, 422, C, -165, 120, 416, 486, C +frmFragmentationModelling = 69, 69, 366, 422, Z, -165, 120, 416, 486, C frmIonMatchOptions = 57, 37, 486, 405, C, 548, 10, 983, 391, C frmFinder = 44, 44, 717, 414, C, 22, 22, 695, 392, C -frmIsotopicDistribution = 110, 110, 510, 480, C, 88, 88, 713, 458, C +frmIsotopicDistribution = 110, 110, 510, 480, , 88, 88, 713, 458, C frmProgress = 23, 23, 632, 406, C, 0, 0, 609, 383, C frmEditAbbrevDetails = 0, 0, 631, 385, C, 138, 138, 769, 523, C frmDiff = 23, 23, 641, 393, C, 46, 46, 720, 436, C diff --git a/ReferenceDocs/Isotopes.xls b/ReferenceDocs/Isotopes.xls index 4ba462b..bdaf603 100644 Binary files a/ReferenceDocs/Isotopes.xls and b/ReferenceDocs/Isotopes.xls differ diff --git a/ReferenceDocs/ParseEmpiricalFormula.xls b/ReferenceDocs/ParseEmpiricalFormula.xls index 274ba8c..a2d81a3 100644 Binary files a/ReferenceDocs/ParseEmpiricalFormula.xls and b/ReferenceDocs/ParseEmpiricalFormula.xls differ diff --git a/RevisionHistory.txt b/RevisionHistory.txt index fee12db..7e5dc51 100644 --- a/RevisionHistory.txt +++ b/RevisionHistory.txt @@ -499,3 +499,6 @@ Revision 6.41 - September 21, 2006 Revision 6.42 - November 5, 2006 - New version of MwtWinDll.dll that fixes charge state interpretation when computing m/z values in the Isotopic Distribution module + +Revision 6.43 - February 23, 2007 + - Added option to display 3+ fragmentation ions on the Peptide Sequence Fragmentation module diff --git a/SetupHelp.txt b/SetupHelp.txt index b1a4385..fef0489 100644 --- a/SetupHelp.txt +++ b/SetupHelp.txt @@ -1,16 +1,16 @@ - - Molecular Weight Calculator - - This program will calculate the molecular weight and percent -composition of up to 20 compounds simultaneously. It recognizes -user-definable abbreviations and all isotopes. It also includes a -Mole/Mass Converter, Formula Finder, Capillary Flow Modeler, Amino -Acid Notation Converter, Peptide Sequence Fragmentation Modeler, -and built-in calculator. Full program documentation is available -by pressing F1 during program operation. This program is FreeWare -and may be distributed freely. - - To install the Molecular Weight Calculator for Windows +Molecular Weight Calculator + +This program can calculate the molecular weight and percent composition +of chemical formulas and amino acids, providing a graphical user interface to +edit the formulas and parsing options. It recognizes user-definable +abbreviations, custom elemental isotopes, and can display up to 20 compounds +simultaneously. It also includes a Mole/Mass Converter, Formula Finder, +Capillary Flow Modeller, Amino Acid Notation Converter, Peptide Sequence +Fragmentation Modeler, Isotopic Distribution Calculator, and built-in +calculator. Full program documentation is available by pressing F1 during +program operation. + +To install the Molecular Weight Calculator for Windows 9x/NT/00/ME/XP, run the "Molecular Weight Calculator.msi" file by double-clicking on it. The install program should take care of copying the files to the correct locations and registering all of @@ -18,7 +18,7 @@ the components. If replacing an older version, the .INI and .DAT files will be replaced. If you have abbreviations you want to save, backup the MWT_ABBR.DAT file before installing. - Note: Sometimes when upgrading from a previous version the Lang*.Ini +Note: Sometimes when upgrading from a previous version the Lang*.Ini and MwtWin.Chm files do not get upgraded to the current version. For this reason, if uprgrading, please delete the Lang*.ini and MwtWin.Chm files in the Molecular Weight Calculator directory before running the @@ -26,30 +26,31 @@ files in the Molecular Weight Calculator directory before running the inconvenience but have not found a way to fix the problem using the current version of the Windows Installer. There are new versions of the installer available, but I do not want to force users to have to update -their Windows Installer simply to install my program. +their Windows Installer simply to install this software. - If you do not have the Windows Installer on your machine, the .msi +If you do not have the Windows Installer on your machine, the .msi file will not run and you must install the Windows Installer (it is included by default in Windows 2000 and higher). I did not include the Windows Installer as part of this download because it is an additional -1.4 MB to download. You can download the Windows Installer from my -home page: - http://www.alchemistmatt.com/mwtwin.html#windowsinstaller - -or from Microsoft: - If running Windows 95/98, download -http://download.microsoft.com/download/platformsdk/wininst/1.1/W9X/EN-US/InstMsi.exe +1.4 MB to download. You can download the Windows Installer from Microsoft: - If running Windows NT, download -http://download.microsoft.com/download/platformsdk/wininst/1.1/NT4/EN-US/InstMsi.exe +If running Windows 95/98, download + http://download.microsoft.com/download/platformsdk/wininst/1.1/W9X/EN-US/InstMsi.exe +If running Windows NT, download + http://download.microsoft.com/download/platformsdk/wininst/1.1/NT4/EN-US/InstMsi.exe Once you have installed the Windows Installer, you should be able to run the "Molecular Weight Calculator.msi" setup file. -Send E-Mail to Matt@Alchemistmatt.Com or AlchemistMatt@Yahoo.Com -WWW is at http://www.alchemistmatt.com/ -and http://www.geocities.com/alchemistmatt/ -and http://come.to/alchemistmatt/ +------------------------------------------------------------------------------- +Written by Matthew Monroe for the Department of Energy (PNNL, Richland, WA) +E-mail: matthew.monroe@pnl.gov or matt@alchemistmatt.com +Website: http://ncrr.pnl.gov/ or http://www.sysbio.org/resources/staff/ or +http://www.alchemistmatt.com/ or http://come.to/alchemistmatt/ +------------------------------------------------------------------------------- +Licensed under the Apache License, Version 2.0; you may not use this file except +in compliance with the License. You may obtain a copy of the License at +http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 diff --git a/frmFragmentationModelling.frm b/frmFragmentationModelling.frm index e0dff5f..a28b725 100644 --- a/frmFragmentationModelling.frm +++ b/frmFragmentationModelling.frm @@ -2,16 +2,16 @@ VERSION 5.00 Object = "{5E9E78A0-531B-11CF-91F6-C2863C385E30}#1.0#0"; "MSFLXGRD.OCX" Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Peptide Sequence Fragmentation Modelling" - ClientHeight = 9525 + ClientHeight = 8640 ClientLeft = 165 - ClientTop = 840 - ClientWidth = 10110 + ClientTop = 855 + ClientWidth = 9225 HelpContextID = 3080 Icon = "frmFragmentationModelling.frx":0000 KeyPreview = -1 'True LinkTopic = "Form1" - ScaleHeight = 9525 - ScaleWidth = 10110 + ScaleHeight = 8640 + ScaleWidth = 9225 StartUpPosition = 3 'Windows Default Tag = "12000" Begin VB.CommandButton cmdMatchIons @@ -37,7 +37,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling HelpContextID = 4053 Index = 0 Left = 5640 - TabIndex = 53 + TabIndex = 55 Tag = "12425" Top = 360 Value = -1 'True @@ -49,7 +49,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling HelpContextID = 4053 Index = 1 Left = 5640 - TabIndex = 52 + TabIndex = 54 Tag = "12430" Top = 600 Width = 1395 @@ -61,7 +61,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Height = 255 Left = 120 Locked = -1 'True - TabIndex = 51 + TabIndex = 53 Text = "MW=" Top = 240 Width = 2175 @@ -94,7 +94,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Element Mode" Height = 225 Left = 5640 - TabIndex = 54 + TabIndex = 56 Tag = "12420" Top = 120 Width = 1455 @@ -128,8 +128,8 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling End Begin MSFlexGridLib.MSFlexGrid grdIonList Height = 6375 - Left = 7080 - TabIndex = 44 + Left = 6960 + TabIndex = 46 Top = 1800 Width = 1935 _ExtentX = 3413 @@ -142,15 +142,15 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Ion Statistics" Height = 1935 Left = 3960 - TabIndex = 45 + TabIndex = 47 Tag = "12360" - Top = 6360 + Top = 6480 Width = 3015 Begin VB.Label lblScore BorderStyle = 1 'Fixed Single Height = 255 Left = 120 - TabIndex = 50 + TabIndex = 52 Top = 1640 Width = 2655 End @@ -158,7 +158,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling BorderStyle = 1 'Fixed Single Height = 255 Left = 120 - TabIndex = 49 + TabIndex = 51 Top = 1400 Width = 2655 End @@ -166,7 +166,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling BorderStyle = 1 'Fixed Single Height = 615 Left = 120 - TabIndex = 48 + TabIndex = 50 Top = 440 Width = 2655 End @@ -174,7 +174,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling BorderStyle = 1 'Fixed Single Height = 375 Left = 120 - TabIndex = 47 + TabIndex = 49 Top = 1040 Width = 2655 End @@ -182,7 +182,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling BorderStyle = 1 'Fixed Single Height = 255 Left = 120 - TabIndex = 46 + TabIndex = 48 Top = 200 Width = 2655 End @@ -191,14 +191,14 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Ion Match Options" Height = 1935 Left = 60 - TabIndex = 29 + TabIndex = 31 Tag = "12300" - Top = 6360 + Top = 6480 Width = 3735 Begin VB.TextBox txtAlignment Height = 285 Left = 2280 - TabIndex = 41 + TabIndex = 43 Tag = "12060" Text = "0" Top = 1560 @@ -208,7 +208,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "&Remove Precursor Ion" Height = 255 Left = 120 - TabIndex = 30 + TabIndex = 32 Tag = "12310" Top = 240 Value = 1 'Checked @@ -217,7 +217,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Begin VB.TextBox txtPrecursorMassWindow Height = 285 Left = 2280 - TabIndex = 35 + TabIndex = 37 Text = "2" Top = 840 Width = 735 @@ -225,7 +225,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Begin VB.TextBox txtIonMatchingWindow Height = 285 Left = 2280 - TabIndex = 38 + TabIndex = 40 Text = ".5" Top = 1200 Width = 735 @@ -233,7 +233,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Begin VB.TextBox txtPrecursorIonMass Height = 285 Left = 2280 - TabIndex = 32 + TabIndex = 34 Text = "500" Top = 500 Width = 735 @@ -242,7 +242,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Alignment &Offset" Height = 255 Left = 120 - TabIndex = 40 + TabIndex = 42 Tag = "12355" Top = 1580 Width = 2175 @@ -252,7 +252,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Height = 255 Index = 3 Left = 3120 - TabIndex = 42 + TabIndex = 44 Tag = "12350" Top = 1580 Width = 495 @@ -262,7 +262,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Height = 255 Index = 2 Left = 3120 - TabIndex = 39 + TabIndex = 41 Tag = "12350" Top = 1220 Width = 495 @@ -272,7 +272,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Height = 255 Index = 1 Left = 3120 - TabIndex = 36 + TabIndex = 38 Tag = "12350" Top = 860 Width = 495 @@ -281,7 +281,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Mass Window" Height = 255 Left = 480 - TabIndex = 34 + TabIndex = 36 Tag = "12330" Top = 860 Width = 1815 @@ -291,7 +291,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Height = 255 Index = 0 Left = 3120 - TabIndex = 33 + TabIndex = 35 Tag = "12350" Top = 520 Width = 495 @@ -300,7 +300,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "&Ion Matching Window" Height = 255 Left = 120 - TabIndex = 37 + TabIndex = 39 Tag = "12340" Top = 1220 Width = 2175 @@ -309,7 +309,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Caption = "Ion Mass" Height = 255 Left = 480 - TabIndex = 31 + TabIndex = 33 Tag = "12320" Top = 520 Width = 1695 @@ -317,40 +317,57 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling End Begin VB.Frame fraCharge Caption = "Charge Options" - Height = 975 + Height = 1095 Left = 60 TabIndex = 25 Tag = "12260" Top = 5280 Width = 2415 - Begin VB.CheckBox chkDoubleCharge - Caption = "&2+ charged ions" - Height = 255 - Left = 135 - TabIndex = 26 - Tag = "12270" - Top = 240 - Width = 2055 + Begin VB.ComboBox cboTripleCharge + Height = 315 + Left = 1080 + Style = 2 'Dropdown List + TabIndex = 30 + ToolTipText = "The 2+ m/z value will be computed for ions above this m/z" + Top = 720 + Width = 1215 End Begin VB.ComboBox cboDoubleCharge Height = 315 - Left = 1215 + Left = 1080 Style = 2 'Dropdown List TabIndex = 28 Tag = "12285" ToolTipText = "The 2+ m/z value will be computed for ions above this m/z" - Top = 600 - Width = 1095 + Top = 360 + Width = 1215 End - Begin VB.Label lblDoubleCharge - Alignment = 1 'Right Justify - Caption = "Threshold" + Begin VB.CheckBox chkTripleCharge + Caption = "&3+ ions" + Height = 255 + Left = 120 + TabIndex = 29 + Tag = "12272" + Top = 720 + Width = 950 + End + Begin VB.CheckBox chkDoubleCharge + Caption = "&2+ ions" Height = 255 Left = 120 TabIndex = 27 + Tag = "12270" + Top = 360 + Width = 950 + End + Begin VB.Label lblChargeThreshold + Caption = "Threshold" + Height = 255 + Left = 1200 + TabIndex = 26 Tag = "12280" - Top = 600 - Width = 1020 + Top = 120 + Width = 1100 End End Begin VB.Frame fraTerminii @@ -413,7 +430,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling TabIndex = 24 Tag = "12255" Top = 680 - Width = 1695 + Width = 1700 End Begin VB.ListBox lstIonsToModify Height = 645 @@ -434,7 +451,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling TabIndex = 23 Tag = "12250" Top = 440 - Width = 1695 + Width = 1700 End Begin VB.CheckBox chkWaterLoss Caption = "Loss of H2O" @@ -444,7 +461,7 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling Tag = "12240" Top = 200 Value = 1 'Checked - Width = 1695 + Width = 1700 End End Begin VB.Frame fraIonTypes @@ -490,8 +507,8 @@ Begin VB.Form frmFragmentationModelling End Begin MSFlexGridLib.MSFlexGrid grdFragMasses Height = 4455 - Left = 2640 - TabIndex = 43 + Left = 2520 + TabIndex = 45 Top = 1800 Width = 4335 _ExtentX = 7646 @@ -657,7 +674,7 @@ Attribute VB_Exposed = False Option Explicit Private Const TOTAL_POSSIBLE_ION_TYPES = 3 -Private Const MAX_CHARGE_STATE = 2 +Private Const MAX_CHARGE_STATE = 3 Private Const MAX_MODIFICATIONS = 6 ' Maximum number of modifications for a single residue Private Const SHOULDER_ION_PREFIX = "Shoulder-" @@ -1627,7 +1644,8 @@ Private Sub EnableDisableControls() Dim boolRemovePrecursorIon As Boolean cboDoubleCharge.Enabled = cChkBox(chkDoubleCharge) - lblDoubleCharge.Enabled = cboDoubleCharge.Enabled + cboTripleCharge.Enabled = cChkBox(chkTripleCharge) + lblChargeThreshold.Enabled = cboDoubleCharge.Enabled Or cboTripleCharge.Enabled boolRemovePrecursorIon = cChkBox(chkRemovePrecursorIon) lblPrecursorIonMass.Enabled = boolRemovePrecursorIon @@ -2840,6 +2858,7 @@ Private Sub PopulateComboBoxes() PopulateComboBox cboNotation, True, "1 letter notation|3 letter notation", 1 + cboDoubleCharge.Clear With cboDoubleCharge For intIndex = 1 To 16 .AddItem CIntSafeDbl((intIndex - 1) * 100) @@ -2847,6 +2866,14 @@ Private Sub PopulateComboBoxes() .ListIndex = 8 End With + cboTripleCharge.Clear + With cboTripleCharge + For intIndex = 1 To cboDoubleCharge.ListCount + .AddItem cboDoubleCharge.List(intIndex - 1) + Next intIndex + .ListIndex = 9 + End With + PopulateComboBox cboNTerminus, True, "H (hydrogen)|HH+ (protonated)|C2OH3 (acetyl)|C5O2NH6 (pyroglu)|CONH2 (carbamyl)|C7H6NS (PTC)|(none)", 0 PopulateComboBox cboCTerminus, True, "OH (hydroxyl)|NH2 (amide)|(none)", 0 @@ -3243,10 +3270,16 @@ On Error GoTo UpdateFragmentationSpectrumOptionsHandler With udtNewFragmentationSpectrumOptions intLastGoodLineNumber = 2578 .DoubleChargeIonsShow = cChkBox(chkDoubleCharge) + .TripleChargeIonsShow = cChkBox(chkTripleCharge) + If cboDoubleCharge.ListIndex >= 0 And cboDoubleCharge.ListCount > 0 Then .DoubleChargeIonsThreshold = cboDoubleCharge.List(cboDoubleCharge.ListIndex) End If + If cboTripleCharge.ListIndex >= 0 And cboTripleCharge.ListCount > 0 Then + .TripleChargeIonsThreshold = cboTripleCharge.List(cboTripleCharge.ListIndex) + End If + intLastGoodLineNumber = 2584 For intIonIndex = 0 To TOTAL_POSSIBLE_ION_TYPES - 1 .IonTypeOptions(intIonIndex).ShowIon = cChkBox(chkIonType(intIonIndex)) @@ -3259,7 +3292,7 @@ On Error GoTo UpdateFragmentationSpectrumOptionsHandler .IonTypeOptions(intIonIndex).NeutralLossWater = blnModifyIon And cChkBox(chkWaterLoss) .IonTypeOptions(intIonIndex).NeutralLossAmmonia = blnModifyIon And cChkBox(chkAmmoniaLoss) .IonTypeOptions(intIonIndex).NeutralLossPhosphate = blnModifyIon And cChkBox(chkPhosphateLoss) - + Next intIonIndex ' Note: A ions can have ammonia and phosphate loss, but not water loss, so always set this to false @@ -3445,6 +3478,10 @@ Private Sub cboNTerminus_Click() UpdatePredictedFragMasses End Sub +Private Sub cboTripleCharge_Click() + UpdatePredictedFragMasses +End Sub + Private Sub chkAmmoniaLoss_Click() UpdateMassesGridAndSpectrumWrapper End Sub @@ -3463,6 +3500,11 @@ Private Sub chkRemovePrecursorIon_Click() UpdateIonMatchListWrapper End Sub +Private Sub chkTripleCharge_Click() + EnableDisableControls + UpdateMassesGridAndSpectrumWrapper +End Sub + Private Sub chkWaterLoss_Click() UpdateMassesGridAndSpectrumWrapper End Sub diff --git a/html/ProgramRevisions.htm b/html/ProgramRevisions.htm index 2d48551..41e8e1c 100644 --- a/html/ProgramRevisions.htm +++ b/html/ProgramRevisions.htm @@ -1301,6 +1301,15 @@
Revision 6.42 - Completed November 5, 2006
+Revision 6.43 - Completed February 23, 2007
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