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title: "Guía de instalación Makurhini - IAvH"
author:
- name: "Rincon-Parra VJ"
email: "rincon-v@javeriana.edu.co"
affiliation: "Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt - IAvH"
output:
#md_document:
github_document:
md_extension: +gfm_auto_identifiers
preserve_yaml: true
toc: true
toc_depth: 6
---
Makurhini es una librería de R diseñada para la evaluación y planificación de la conectividad ecológica [Godínez-Gómez & Corre Ayram, 2020]( https://github.com/connectscape/Makurhini).
Makurhini proporciona un conjunto de funciones para identificar la conectividad de redes de áreas protegidas y la importancia de los elementos del paisaje para mantener dicha conectividad. Este paquete permite la evaluación de escenarios bajo cambios en la conectividad del paisaje y presenta una mejora adicional: la inclusión de la heterogeneidad del paisaje como un factor limitante para la conectividad.
Este repositorio está diseñado para integrar los análisis de conectividad realizados con Makurhini en el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Este README principal describe cómo instalar paso a paso Makurhini siguiendo la guía proporcionada por el repositorio oficial disponible en [connectscape/Makurhini]( https://github.com/connectscape/Makurhini), pero con algunas aclaraciones que facilitan su instalación en Windows para todos los investigadores.
## Instalación de java
Makurhini requiere `Java` para su funcionamiento debido a que algunas de sus funciones dependen de bibliotecas y herramientas que están implementadas en Java. Estas herramientas son esenciales para manejar y procesar datos espaciales y para realizar análisis de conectividad ecológica de manera eficiente.
Para descargar e instalar `Java`, se debe descargar el instalador `Java JDK` para Windows desde el [sitio web oficial de Oracle Java](https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#jdk22-windows).
Después de la descarga, ejecuta el archivo de instalación y sigue las instrucciones en pantalla para completar el proceso. Durante la instalación, asegúrate de anotar la ruta de instalación, ya que necesitarás esta información para configurar la variable de entorno posteriormente para el correcto funcionamiento de Makurhini.
## Configuración de variables de entorno
Es necesario configurar las variables de entorno `Java` para asegurarse de que el sistema operativo y las aplicaciones, como Makurhini, puedan localizar y utilizar `Java` correctamente. Sin la configuración adecuada, estas funciones pueden no ejecutarse correctamente.
* 1. Abrir Configuración de Variables de Entorno: Busca en tu computadora la opción `Variables de entorno` o `Editar las variables de entorno del sistema`. Esto abrirá el cuadro emergente sobre `Propiedades del sistema`. Allí, haz clic en `Variables de entorno`.
* 2. Configurar `JAVA_HOME` y `JAVA_TOOL_OPTIONS`: En el cuadro que se abre de `Variables de entorno`, en la sección inferior sobre `Variables del sistema`, haz click en `Nueva`. Allí, crea una variable con el nombre `JAVA_HOME` y en el valor ingresa la ruta del folder instalación del `JDK` en tu computadora, por ejemplo, `C:\Program Files\Java\jdk-22`. Luego, crea otra variable nueva llamada `JAVA_TOOL_OPTIONS` con el valor `-Xmx512m --add-opens=java.desktop/com.sun.imageio.spi=ALL-UNNAMED`.
## Instalación en R
De acuerdo con la documentación provista por [Godínez-Gómez & Corre Ayram, 2020](https://github.com/connectscape/Makurhini) la instalación de Makurhini se hace directamente desde repositorio GitHub, por lo que requiere la instalación previa de las librerias `devtools` y `remotes`. Una vez que estas librerías están instaladas, se puede usar la función `install_github` para instalar Makurhini. Las siguientes líneas de código verifican si las librerías necesarias están instaladas y, si Makurhini no está presente en tu máquina, lo instalan:
```{r, eval=F, echo=T, results='hide', warning= F, message = F}
# Verificar e instalar devtools y remotes si no están instalados
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) install.packages("devtools")
if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) install.packages("remotes")
# Instalar Makurhini desde GitHub si no está instalado
if (!requireNamespace("Makurhini", quietly = TRUE)) {
remotes::install_github("connectscape/Makurhini", dependencies = TRUE, upgrade = "never")
}
```
```{r, eval=F, echo=T, results='hide', warning= F, message = F}
Installing package into ‘C:/Users/victor.rincon/AppData/Local/R/win-library/4.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
* installing *source* package 'Makurhini' ...
** using staged installation
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
*** copying figures
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (Makurhini)
```
Este proceso garantiza que Makurhini se instale correctamente y todas sus funciones funcionen de manera óptima, asegurando que las dependencias necesarias estén presentes y configuradas adecuadamente en tu sistema.