bowtie-docker

# Utiliser Ubuntu 18.04 avec plateforme x86_64 compatible avec la version Bowtie
FROM ubuntu:18.04

# Installer les dépendances nécessaires
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    build-essential \
    wget \
    unzip \
    libncurses5 \
    libncurses5-dev \
    zlib1g-dev \
    libbz2-dev \
    liblzma-dev && \ 
    rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# Télécharger Bowtie depuis Sourceforge
RUN wget --timeout=180 -O bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/0.12.7/bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip/download

# Décompresser, déplacer et lier les exécutables dans le PATH
RUN unzip bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip && \
    mv bowtie-0.12.7 /bowtie && \
    ln -s /bowtie/bowtie /usr/local/bin/bowtie && \
    ln -s /bowtie/bowtie-build /usr/local/bin/bowtie-build

# Ajouter Bowtie au PATH
ENV PATH="/bowtie-0.12.7:${PATH}"

# Télécharger, compiler et installer samtools
RUN wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.11/samtools-1.11.tar.bz2 && \
    tar -xjf samtools-1.11.tar.bz2 && \
    cd samtools-1.11 && \
    ./configure && \
    make && \
    make install && \
    cd .. && rm -rf samtools-1.11*

# Vérification des installations de Bowtie et Samtools
RUN bowtie --version && samtools --version

# Commande d'entrée par défaut
CMD ["/bin/bash"]