diff --git a/analyses/README.md b/analyses/README.md index 249c009f56..ed420cb41e 100644 --- a/analyses/README.md +++ b/analyses/README.md @@ -36,5 +36,5 @@ Note that _nearly all_ modules use the harmonized clinical data file (`pbta-hist | [`survival-analysis`](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/tree/master/analyses/survival-analysis) | TBD | *In progress*; will eventually contain functions for various types of survival analysis ([#18](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/issues/18)) | N/A | [`sv-analysis`](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/tree/master/analyses/sv-analysis) | `pbta-sv-manta.tsv.gz`, `independent-specimens.wgs.primary-plus.tsv` | *In progress*; chromothripsis analysis per [#27](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/issues/27)| N/A | [`tmb-compare-tcga`](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/tree/master/analyses/tmb-compare-tcga) | `pbta-snv-consensus-mutation-tmb-coding.tsv` | Compares PBTA tumor mutation burden to adult TCGA data; may need to be updated per [#257](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/issues/257) | N/A -| [`tp53_nf1_score`](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/tree/master/analyses/tp53_nf1_score) | `pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.stranded.rds` | Applies _TP53_ inactivation, _NF1_ inactivation, and Ras activation classifiers to RNA-seq data | N/A +| [`tp53_nf1_score`](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/tree/master/analyses/tp53_nf1_score) | `pbta-snv-consensus-mutation.maf.tsv.gz`, `pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.stranded.rds`, `pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.polya.rds` | Applies _TP53_ inactivation, _NF1_ inactivation, and Ras activation classifiers to RNA-seq data | N/A | [`transcriptomic-dimension-reduction`](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/tree/master/analyses/transcriptomic-dimension-reduction)| `pbta-gene-expression-rsem-fpkm.polya.rds`, `pbta-gene-expression-rsem-fpkm.stranded.rds`, `pbta-gene-expression-kallisto.polya.rds`, `pbta-gene-expression-kallisto.stranded.rds` | Dimension reduction and visualization of RNA-seq data (part of [#9](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/issues/9)) | N/A diff --git a/analyses/tp53_nf1_score/00-tp53-nf1-alterations.R b/analyses/tp53_nf1_score/00-tp53-nf1-alterations.R new file mode 100644 index 0000000000..2d9fba3751 --- /dev/null +++ b/analyses/tp53_nf1_score/00-tp53-nf1-alterations.R @@ -0,0 +1,102 @@ +# Author: Krutika Gaonkar +# +# Read in concensus snv calls to gather alterations in TP53 and NF1 +# to evaluate classifier +# @params snvConcensus multi-caller concensus snv calls +# @params clincalFile clinical file: pbta-histologies.tsv +# @params outputFolder output folder for alteration file +# @params gencode cds bed file from gencode + +suppressPackageStartupMessages(library("optparse")) +suppressPackageStartupMessages(library("tidyverse")) +suppressPackageStartupMessages(library("readr")) +suppressPackageStartupMessages(library("GenomicRanges")) + +#### Source functions ---------------------------------------------------------- +# We can use functions from the `snv-callers` module of the OpenPBTA project +# TODO: if a common util folder is established, use that instead +root_dir <- rprojroot::find_root(rprojroot::has_dir(".git")) +source(file.path(root_dir, "analyses", "snv-callers", "util", + "tmb_functions.R")) + +#### Parse command line options ------------------------------------------------ + +option_list <- list( + make_option(c("-s", "--snvConsensus"),type="character", + help="Consensus snv calls (.tsv) "), + make_option(c("-c","--clinicalFile"),type="character", + help="clinical file for all samples (.tsv)"), + make_option(c("-o","--outputFolder"),type="character", + help="output folder for results "), + make_option(c("-g","--gencode"),type="character", + help="cds gencode bed file") +) + +opt <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list)) +snvConsensusFile <- opt$snvConsensus +clinicalFile <- opt$clinicalFile +outputFolder <- opt$outputFolder +gencodeBed <- opt$gencode + +#### Generate files with TP53, NF1 mutations ----------------------------------- + +# read in consensus SNV files +consensus_snv <- data.table::fread(snvConsensusFile, + select = c("Chromosome", + "Start_Position", + "End_Position", + "Strand", + "Variant_Classification", + "Tumor_Sample_Barcode", + "Hugo_Symbol"), + data.table = FALSE) +# gencode cds region BED file +gencode_cds <- read_tsv(gencodeBed, col_names = FALSE) +# clinical file +clinical <- read_tsv(clinicalFile) + +# filter the MAF data.frame to only include entries that fall within the +# CDS bed file regions +coding_consensus_snv <- snv_ranges_filter(maf_df = consensus_snv, + keep_ranges = gencode_cds) + +# subset to TP53, removing silent mutations and mutations in introns +tp53_coding <- coding_consensus_snv %>% + filter(Hugo_Symbol == "TP53") %>% + filter(!(Variant_Classification %in% c("Silent", "Intron"))) + +# subset to NF1, removing silent mutations, mutations in introns, and missense +# mutations -- we exclude missense mutations because they are not annotated +# with OncoKB +# https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/pull/381#issuecomment-570748578 +nf1_coding <- coding_consensus_snv %>% + filter(Hugo_Symbol == "NF1") %>% + filter(!(Variant_Classification %in% c("Silent", + "Intron", + "Missense_Mutation"))) + +# include only the relevant columns from the MAF file +tp53_nf1_coding <- tp53_coding %>% + bind_rows(nf1_coding) + +# biospecimen IDs for tumor or cell line DNA-seq +bs_ids <- clinical %>% + filter(sample_type != "Normal", + experimental_strategy != "RNA-Seq") %>% + pull(Kids_First_Biospecimen_ID) + +# all BS ids that are not in the data frame that contain the TP53 and NF1 +# coding mutations should be labeled as not having either +bs_ids_without_mut <- setdiff(bs_ids, + unique(tp53_nf1_coding$Tumor_Sample_Barcode)) + +# add the TP53 and NF1 wildtype samples into the data.frame +tp53_nf1_coding <- bind_rows(tp53_nf1_coding, + data.frame( + Tumor_Sample_Barcode = bs_ids_without_mut, + Hugo_Symbol = "No_TP53_NF1_alt") + ) + +# save TP53 and NF1 SNV alterations +write_tsv(tp53_nf1_coding, + file.path(outputFolder, "TP53_NF1_snv_alteration.tsv")) diff --git a/analyses/tp53_nf1_score/README.md b/analyses/tp53_nf1_score/README.md index f1a05e1aa2..0bb3484313 100644 --- a/analyses/tp53_nf1_score/README.md +++ b/analyses/tp53_nf1_score/README.md @@ -19,6 +19,10 @@ bash analyses/tp53_nf1_score/run_classifier.sh #### Output -It produces `results/pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.stranded_classifier_scores.tsv` and `results/pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.polya_classifier_scores.tsv`, which contains all 3 classifier scores for the stranded data and for shuffled stranded (e.g., random) data. +`00-tp53-nf1-alterations.R` produces `TP53_NF1_snv_alteration.tsv`, which contains information about the presence or absence of coding SNVs in _TP53_ and _NF1_ for the purpose of evaluating the classifier results. +For evaluation purposes, a coding SNV 1) is found in a CDS region and 2) is not a silent mutation or in an intron as indicated by the `Variant_Classification` column of the consensus mutation file. +_NF1_ positive examples are additionally filtered to remove missense mutations, as these are not annotated with OncoKB ([#381 (comment)](https://github.com/AlexsLemonade/OpenPBTA-analysis/pull/381#issuecomment-570748578)). + +`01-apply-classifier.py` produces `results/pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.stranded_classifier_scores.tsv` and `results/pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.polya_classifier_scores.tsv`, which contains all 3 classifier scores for the stranded data and for shuffled stranded (e.g., random) data. Because some of the classifier genes are not present in the OpenPBTA dataset, the scores should be interpreted as continuous values representing relative gene alterations and not as probabilities. diff --git a/analyses/tp53_nf1_score/results/TP53_NF1_snv_alteration.tsv b/analyses/tp53_nf1_score/results/TP53_NF1_snv_alteration.tsv new file mode 100644 index 0000000000..daf8bf32b2 --- /dev/null +++ b/analyses/tp53_nf1_score/results/TP53_NF1_snv_alteration.tsv @@ -0,0 +1,1015 @@ +Chromosome Start_Position End_Position Strand Variant_Classification Tumor_Sample_Barcode Hugo_Symbol +chr17 7673803 7673803 + Missense_Mutation BS_541KKASA TP53 +chr17 7674944 7674944 + Missense_Mutation BS_5FBN4PPQ TP53 +chr17 7673534 7673534 + Splice_Site BS_JGKRN7NA TP53 +chr17 7674238 7674238 + Missense_Mutation BS_QG6V29H7 TP53 +chr17 7674890 7674890 + Missense_Mutation BS_7HC4W4SA TP53 +chr17 7673704 7673704 + Nonsense_Mutation BS_02YBZSBY TP53 +chr17 7674238 7674238 + Missense_Mutation BS_HYKV2TH9 TP53 +chr17 7676011 7676011 + Missense_Mutation BS_3VKW5988 TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_8AY2GM4G TP53 +chr17 7675071 7675071 + Missense_Mutation BS_8AY2GM4G TP53 +chr17 7675195 7675195 + Missense_Mutation BS_8AY2GM4G TP53 +chr17 7674230 7674230 + Missense_Mutation BS_JRFVST47 TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_JRFVST47 TP53 +chr17 7674895 7674895 + Frame_Shift_Del BS_FVYBGMG1 TP53 +chr17 7674899 7674899 + Missense_Mutation BS_FVYBGMG1 TP53 +chr17 7674221 7674221 + Missense_Mutation BS_823V5X6Z TP53 +chr17 7674238 7674238 + Missense_Mutation BS_AF5D41PD TP53 +chr17 7676011 7676011 + Missense_Mutation BS_AF5D41PD TP53 +chr17 7674221 7674221 + Missense_Mutation BS_TQ0J7WJQ TP53 +chr17 7675139 7675139 + Missense_Mutation BS_P7VR731D TP53 +chr17 7675208 7675208 + Missense_Mutation BS_P7VR731D TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_YZD4SSMA TP53 +chr17 7674230 7674230 + Missense_Mutation BS_6B62YT97 TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_6B62YT97 TP53 +chr17 7674228 7674239 + In_Frame_Del BS_QE7WAAKC TP53 +chr17 7675216 7675216 + Missense_Mutation BS_QZPGVNBB TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_TF5TTEXH TP53 +chr17 7674954 7674954 + Missense_Mutation BS_8Q8N6AHW TP53 +chr17 7674221 7674221 + Missense_Mutation BS_4DQAQFQH TP53 +chr17 7673802 7673802 + Missense_Mutation BS_H3TYF6GD TP53 +chr17 7676040 7676040 + Missense_Mutation BS_H3TYF6GD TP53 +chr17 7674221 7674221 + Missense_Mutation BS_TYFD8ZMG TP53 +chr17 7674238 7674238 + Missense_Mutation BS_BQ81D2BP TP53 +chr17 7676011 7676011 + Missense_Mutation BS_BQ81D2BP TP53 +chr17 7675143 7675143 + Missense_Mutation BS_AEEKJ1QK TP53 +chr17 7674200 7674200 + Missense_Mutation BS_23ZE42Q3 TP53 +chr17 7673826 7673826 + Missense_Mutation BS_52ETE050 TP53 +chr17 7675088 7675088 + Missense_Mutation BS_XPZAD9PP TP53 +chr17 7675088 7675088 + Missense_Mutation BS_WY5KYSHJ TP53 +chr17 7675142 7675142 + Missense_Mutation BS_4QFSH7C4 TP53 +chr17 7673802 7673802 + Missense_Mutation BS_P0QJ1QAH TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_RHEBGZF8 TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_7KR13R3P TP53 +chr17 7675232 7675232 + Missense_Mutation BS_JDS0SYST TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_1RTE2KEX TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_20TBZG09 TP53 +chr17 7675071 7675071 + Missense_Mutation BS_20TBZG09 TP53 +chr17 7675195 7675195 + Missense_Mutation BS_20TBZG09 TP53 +chr17 7673802 7673802 + Missense_Mutation BS_T8TCEBB1 TP53 +chr17 7673824 7673824 + Missense_Mutation BS_FKQ7F6D1 TP53 +chr17 7674238 7674238 + Missense_Mutation BS_402W79TS TP53 +chr17 7676011 7676011 + Missense_Mutation BS_402W79TS TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_WYTDVC0Y TP53 +chr17 7673802 7673802 + Missense_Mutation BS_8SYN7GXG TP53 +chr17 7676040 7676040 + Missense_Mutation BS_8SYN7GXG TP53 +chr17 7674230 7674230 + Missense_Mutation BS_3Z40EZHD TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_3Z40EZHD TP53 +chr17 7675124 7675124 + Missense_Mutation BS_AFBPM6CN TP53 +chr17 7674221 7674221 + Missense_Mutation BS_P3PF53V8 TP53 +chr17 7674229 7674229 + Missense_Mutation BS_GKPVZXYP TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_NNFDFAFM TP53 +chr17 7675214 7675244 + Splice_Site BS_AWDQEKK1 TP53 +chr17 7673803 7673803 + Missense_Mutation BS_VW4XN9Y7 TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_3BMGF6GN TP53 +chr17 7675142 7675142 + Missense_Mutation BS_ERFMPQN3 TP53 +chr17 7674944 7674944 + Missense_Mutation BS_682Z7WH6 TP53 +chr17 7675237 7675237 + Splice_Site BS_58X7SKJS TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_J8EH1N7V TP53 +chr17 7674944 7674944 + Missense_Mutation BS_R6CKWZW6 TP53 +chr17 7670685 7670686 + Frame_Shift_Ins BS_RG6JK7ZN TP53 +chr17 7674957 7674957 + Nonsense_Mutation BS_EPM623G4 TP53 +chr17 7675088 7675088 + Missense_Mutation BS_1CZPVCXR TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_CBMAWSAR TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_J8EK6RNF TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_9P4NDTKJ TP53 +chr17 7673534 7673534 + Splice_Site BS_AYPBAHJ6 TP53 +chr17 7673787 7673787 + Missense_Mutation BS_W3R2DQ86 TP53 +chr17 7674233 7674233 + Missense_Mutation BS_PPY0EWPG TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_6VTQ3W4M TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_B9QP40ER TP53 +chr17 7670684 7670684 + Missense_Mutation BS_W2QCHQ7E TP53 +chr17 7676145 7676154 + Frame_Shift_Del BS_W2QCHQ7E TP53 +chr17 7674233 7674233 + Missense_Mutation BS_C2NH5FDT TP53 +chr17 7675088 7675088 + Missense_Mutation BS_KHSYAB3J TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_Q6GVRAWK TP53 +chr17 7676011 7676011 + Missense_Mutation BS_EE73VE7V TP53 +chr17 7674256 7674256 + Missense_Mutation BS_96S0VQBN TP53 +chr17 7675995 7675995 + Missense_Mutation BS_79NQJZ09 TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_5JC116NM TP53 +chr17 7673591 7673595 + Frame_Shift_Del BS_P8WN8XEQ TP53 +chr17 7674183 7674183 + Frame_Shift_Del BS_P8WN8XEQ TP53 +chr17 7675143 7675143 + Missense_Mutation BS_7PF3C1P7 TP53 +chr17 7676259 7676259 + Missense_Mutation BS_7PF3C1P7 TP53 +chr17 7674256 7674256 + Missense_Mutation BS_79SYEHY3 TP53 +chr17 7673794 7673794 + Missense_Mutation BS_HM5GFJN8 TP53 +chr17 7675208 7675208 + Missense_Mutation BS_R1G6SG0K TP53 +chr17 7676088 7676088 + Nonsense_Mutation BS_R1G6SG0K TP53 +chr17 7674238 7674238 + Missense_Mutation BS_3E5C1PN1 TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_VXDGXQKZ TP53 +chr17 7675140 7675140 + Missense_Mutation BS_KYPMZZSY TP53 +chr17 7674954 7674954 + Missense_Mutation BS_EJV0N3BX TP53 +chr17 7675995 7675995 + Missense_Mutation BS_AFAHY6HP TP53 +chr17 7673803 7673803 + Missense_Mutation BS_S0T3CQ97 TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_S0T3CQ97 TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_ZSH09N84 TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_2J4FG4HV TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_QZRP3NSG TP53 +chr17 7675994 7675994 + Splice_Region BS_PMFR8NPN TP53 +chr17 7675137 7675142 + In_Frame_Del BS_JCWD4DMA TP53 +chr17 7675088 7675088 + Missense_Mutation BS_ZR75EKKX TP53 +chr17 7673534 7673534 + Splice_Site BS_XMP9XNR9 TP53 +chr17 7673776 7673776 + Missense_Mutation BS_C19DFVR5 TP53 +chr17 7674226 7674226 + Missense_Mutation BS_5CCAC8TZ TP53 +chr17 7673802 7673802 + Missense_Mutation BS_P4K6WK9Y TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_Y74XAFJX TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_WPCBK1EG TP53 +chr17 7675200 7675200 + Missense_Mutation BS_3CG2N4PD TP53 +chr17 7673776 7673776 + Missense_Mutation BS_5968GBGT TP53 +chr17 7676011 7676011 + Missense_Mutation BS_5968GBGT TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_M0B42FPR TP53 +chr17 7674947 7674947 + Missense_Mutation BS_ZCY4ECNV TP53 +chr17 7674894 7674894 + Nonsense_Mutation BS_853PNV7P TP53 +chr17 7673776 7673776 + Missense_Mutation BS_8FSJDG2T TP53 +chr17 7673803 7673803 + Missense_Mutation BS_MWZCP1XW TP53 +chr17 7675160 7675160 + Missense_Mutation BS_2HDEZFTW TP53 +chr17 7674247 7674247 + Missense_Mutation BS_7GKF6M85 TP53 +chr17 7674893 7674893 + Missense_Mutation BS_6687ZNGS TP53 +chr17 7674220 7674220 + Missense_Mutation BS_WJF6ZXWN TP53 +chr17 7673776 7673776 + Missense_Mutation BS_9DN4QR6E TP53 +chr17 7674893 7674893 + Missense_Mutation BS_EP25TTAG TP53 +chr17 7675095 7675095 + Missense_Mutation BS_KPG4WCHS TP53 +chr17 7676171 7676171 + Frame_Shift_Del BS_KPG4WCHS TP53 +chr17 7674249 7674249 + Missense_Mutation BS_STNH7YSX TP53 +chr17 7675157 7675157 + Missense_Mutation BS_STNH7YSX TP53 +chr17 7673776 7673776 + Missense_Mutation BS_FWP8ZA4K TP53 +chr17 7675137 7675137 + Missense_Mutation BS_M5FM63EB TP53 +chr17 7673788 7673788 + Missense_Mutation BS_CX6KACX6 TP53 +chr17 7675095 7675095 + Missense_Mutation BS_JB3J82ZK TP53 +chr17 31181717 31181717 + Nonsense_Mutation BS_Y3ETG5AE NF1 +chr17 31226459 31226460 + Frame_Shift_Ins BS_02YBZSBY NF1 +chr17 31235639 31235642 + Frame_Shift_Del BS_85Q5P8GF NF1 +chr17 31261733 31261733 + Nonsense_Mutation BS_85Q5P8GF NF1 +chr17 31338734 31338737 + Frame_Shift_Del BS_RXP2ZRQT NF1 +chr17 31169980 31169980 + Nonsense_Mutation BS_D3ZV6MMY NF1 +chr17 31258363 31258372 + Frame_Shift_Del BS_RXSBJ929 NF1 +chr17 31338734 31338737 + Frame_Shift_Del BS_H0638GZT NF1 +chr17 31201036 31201036 + Splice_Site BS_T7WMJ08W NF1 +chr17 31357370 31357370 + Splice_Site BS_JSMAT49K NF1 +chr17 31327606 31327606 + Nonsense_Mutation BS_NG0CR0EP NF1 +chr17 31235639 31235642 + Frame_Shift_Del BS_P0QJ1QAH NF1 +chr17 31261733 31261733 + Nonsense_Mutation BS_P0QJ1QAH NF1 +chr17 31258363 31258372 + Frame_Shift_Del BS_QQP17PDQ NF1 +chr17 31225126 31225126 + Frame_Shift_Del BS_P3PF53V8 NF1 +chr17 31235720 31235721 + Frame_Shift_Del BS_P3PF53V8 NF1 +chr17 31327694 31327694 + Nonsense_Mutation BS_230S192D NF1 +chr17 31265317 31265318 + Frame_Shift_Ins BS_VW4XN9Y7 NF1 +chr17 31343015 31343015 + Nonsense_Mutation BS_VW4XN9Y7 NF1 +chr17 31338053 31338054 + Frame_Shift_Ins BS_F0GNWEJJ NF1 +chr17 31338734 31338737 + Frame_Shift_Del BS_KY1CTGJ3 NF1 +chr17 31229457 31229457 + Nonsense_Mutation BS_872Q3FK2 NF1 +chr17 31356540 31356540 + Frame_Shift_Del BS_872Q3FK2 NF1 +chr17 31235963 31235963 + Nonsense_Mutation BS_B9QP40ER NF1 +chr17 31235639 31235642 + Frame_Shift_Del BS_JB3J82ZK NF1 +chr17 31327694 31327694 + Nonsense_Mutation BS_96S0VQBN NF1 +chr17 31201486 31201486 + Splice_Site BS_79NQJZ09 NF1 +chr17 31327694 31327694 + Nonsense_Mutation BS_79SYEHY3 NF1 +chr17 31235639 31235642 + Frame_Shift_Del BS_HM5GFJN8 NF1 +chr17 31261733 31261733 + Nonsense_Mutation BS_HM5GFJN8 NF1 +chr17 31206360 31206360 + Nonsense_Mutation BS_KCN7NG92 NF1 +chr17 31327694 31327694 + Nonsense_Mutation BS_7M7JNG00 NF1 +chr17 31261733 31261733 + Nonsense_Mutation BS_S0T3CQ97 NF1 +chr17 31336885 31336886 + Frame_Shift_Del BS_S0T3CQ97 NF1 +chr17 31334869 31334869 + Nonsense_Mutation BS_C19DFVR5 NF1 +chr17 31226679 31226679 + Nonsense_Mutation BS_2CD1XWVP NF1 +chr17 31357350 31357350 + Frame_Shift_Del BS_FXDY881S NF1 +chr17 31258363 31258372 + Frame_Shift_Del BS_S791VC80 NF1 +chr17 31235639 31235642 + Frame_Shift_Del BS_QWM9BPDY NF1 +chr17 31261733 31261733 + Nonsense_Mutation BS_QWM9BPDY NF1 +NA NA NA NA NA BS_007JTNB8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_00TRPEQX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_01DQH017 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_01Y5F4PN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_02W5H7K5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_02ZSVZCB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_03SSN1N2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_042DVDQM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_04B8X54S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_05S9WJW6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0ATJ22QA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_060QB7XB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_06GEF6DB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_06GPPDHZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_090GV72Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0DKPGQWD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0EN5R1AP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0FQKT8EY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0J5GC803 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0J5MCBZV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0Q8G4N8H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0QEBZX3M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0RF0G9SQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0S617SMM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0SFXXBQ5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0W8AWY10 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0XD58YD9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0XR7GYAV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_11322HD1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0ZR4XA69 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_10AD3EFX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_10HD18B8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_10V9SAG8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1135HC0V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_12ZB7R6A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_154FP4ZQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_164KRQJ0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_16FT8V4B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_16TBX6G5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_17AXPP1Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_17FVWMNV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_185Q218S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_18NCV5QZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_19EJ85F8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1AZ8YJSH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1B4Q7CNG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1C4WCNQF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1M63B97V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1EQGGHHQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1EYKDS0Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1GK2EMFY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1JGQPJH3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1JMTTKMK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1MME7FBS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1Q524P3B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1RFBH1SP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1S5V7WWC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1S2BHJ8K No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1YTHM07J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1VMBA3BN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_20X874J5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_22VCR7DF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_235QEYMQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_0YVR8Q4E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_245CTSH9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_25VZM81R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4G9Y2VC6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_1RF75MK2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2AWCKNB3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6ZP2KRPW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2CQ6K2JW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2E81A3FT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2F70R10Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2KMB51YF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2HNHCSNB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2JDVY4F7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_328C4BW5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2NN6ME5A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2P7MJGM7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2RJN5Z4W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2RX2NF1Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2SG8JNMB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2VB8649B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2VHFP7M8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2VSN5YC5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2W200YK5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_2Z9JQDPV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_30W38X77 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3108RS7G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_32HAVF6S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_32JF8TPP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_32VQRFDS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_354DTKHE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_36HCZ3KW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_376Q9QKG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8226HD4X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_39Q80NT3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3A0CJMRH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3AERRZQT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3C4YAMKJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3DYRAZE7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3NX3RBCX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3J4T2YYW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3JE2T7AR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3MYQP7P5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3P96RT4E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3QDRWJCF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3R0KN6Z4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8BM1WTGR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3ZASRA3A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3ZMH8578 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_40FX713C No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_40SJZGT2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_41SWNWAG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_41TD9XET No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_42A66SH4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_45913DTA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_47454JJ6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_47X3VAM0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_49JD1V3S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_3Y44RJXS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4DY83R02 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8JFMP1T1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4GKH983E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4M0ZMCDC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4NPEMNAD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4P25NNZD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4PAE19ZC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4DTX295Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4T8J7JEP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4XPPZTGG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4Z6F1HJZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4ZKN0WGS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_50XV7CTQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_53TV75NN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_55N7KFHW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_4RS1SC48 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_59FR1NC2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5B6XZ7YP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5BMNK8SY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5BNV7MCF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5D24XV4T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_68TZMZH1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5KFAEMQJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5KK9P7XD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5NAKYS1S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5R0HHQ1Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5RD8KEED No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5S8VXASX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5TT6TT4K No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5V2XCW17 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6DT506HY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5WK2KXYW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5XZP7F4Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5Y2Q63Y4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5Z4XQC9X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5ZRZC3ZM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AQECMDPP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_62XRDTM6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6JBE0947 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5V2FBYQG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_69VS8PS1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_742CDKAS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6F49F7WH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6FV7BDE3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6FYTRKJJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6GN1FGTB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6GV08HTE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6HE8H9HY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_74SJ7YV4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AWV1EDYB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_74TZJTW0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C3X4AEK5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6NPSZJ4C No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6GTKRGNK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6Q9PMNWY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6SA5B35V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6T87HSPX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6TMPZKSZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6VKKMM6M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6X3Z0AVR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6XHDR1WS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6XP91JM2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6X2BQQGE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6Z213H2V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6Z4WHYDG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_70FKSKM9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_71HPXFE7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_74A1TB03 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_80078QDG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_75VHXMZN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6Y7FX7QJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_78TQS4Y3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7F07M7JG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7M5272WN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7M6F9GQD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_797V83YM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7PKPNFFK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7RQCH5Y7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7XZNDFV4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7Y5E5KQW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_80X7AVCP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_83MSWR59 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_84AQCZE4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_859AV1DB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_85Y70BHE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_86QSEFS7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_886M7JMG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_895FJ34T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_89RCN9PF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8B1YF57H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8BD8WD38 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E5B2YZJH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8BS10XE2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8CA214YR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8D52JK1Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8EB1S8MK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_928HWFFM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8H2XX24V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EHBH0NYX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8Q8CAY84 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8S2CZBA6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8SETK1J4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9DM8H1RX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8TFBNHT0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8W0FNBWF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8WJR4AA3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_8YQGSMDK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_922YMFYK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A6YJ3WG2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_93BV8AY9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_947CK40E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_93B38HPS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_95RRF4NE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_969K7ZM1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ABZ3BK38 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_99PPRCW4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9BF58P80 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9BGCH82S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9BN45DFK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9CMJ3QF6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9D39MFHT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9E632VPJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9E6Q11G2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9F2J6VS1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9G7ETYHR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9GJHMA3J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9GN1QA3Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9GSWPZ44 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9HDPJT21 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_94AP61Q5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9JVGXA2W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9KDA3HG6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9HEMB7RK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9N3B3HZB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9NF39QAW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9PQPZPGM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9M49SGAQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9R82A3VT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AHAXPFG3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9SVMVJ45 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9W6FK6X4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9X9E86DY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AK9BV52G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9YPJANGX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9ZFXXJPK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A1DV9T7G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A3EV6FXK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A4KYP5H0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A70G7S2W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A94A7EJ4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_A9S5HT6P No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ABENB1H2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ACE6QKVF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ACTR13BQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BFDEZK1C No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AEMRNSQX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BQWMQM2Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AG0BZN6F No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EKR4NSNW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AG6M7TJE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AGAW7M7W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AGD2ATY1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AGGH3QGS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AHT9PKVE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AJ0T7DJ7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AJAH8KG5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AJFG2QDD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AM2TZPNS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_APAQ2X2S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HM5N78GV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AQMKA8NC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AQQY8HMR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AR2BH0Z4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ARE4EM81 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ASXY97FK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AVS4DSZW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HZV4WDTB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AXM96K20 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_AXW0XBH8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B1X2SB4P No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B3RH9V17 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B4DY7ET3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B4P1NP87 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B558FJXC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B5Z2XV03 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B6K0N6HS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B6KCJF2B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B73JK7T1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B91XGSA5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_B94G701Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BA0M71QZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BAVWP5JG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BBCM52QE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BBHFKBE7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BBTT7DH4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BD4RQ1G0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BM95DGCQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BMHYK93N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CGXTFM67 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BNFCXVYZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CZRA594T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BR1X3R68 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BS5X4H0Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BSM3ZHW4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BVD7PWP5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BWZTMWTM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BX8AR74E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D368BNRD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BYJDRXMK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BZ4GKDP4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_BZWM455T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D6STCMQS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D6XHKZDZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C1RRDNF5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K89V7JNJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DH86PF5A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C5RDMCCS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C6GBYR17 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C6NB914B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DVDT4VXQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E42SSQGJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C9TNGEA0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CDKC1E2B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CFPWSZB5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CGCNC41M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CHAFNK64 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D59VEERR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CKY2TTXG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CN7PB0DN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CP435MAC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CPYV7AHD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CPZZR2R7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CQ8C6X4X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CRKBDAYZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CSY11X7E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M2MSWKBC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CXCKHP3Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CXDKK6KS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CXN0498B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MW16Y7ME No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ERAWW3H7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D09VWF8H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D2BZ25FW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D3KVGMRJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_D3XVXF05 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F064HMTP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DAEM3WRX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DC7XYYG8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DE26D072 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F8K4VQMF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DGG7YE8R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DJEVCH34 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DMBNB0EP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FJEZ3ASV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DT92H1MJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FK3B5SDH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DVQYQSVW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_DW1CYEXP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E5H6CFYT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E0S2Y0TS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E1VJCEWB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E2RXQ3JW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ETTZM63Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E7HEQZ1K No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E8MC6R2K No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E8SJ36A6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E9ATGWME No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E9M7TDB6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EDCQ4M0R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EDZCAHR2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EFBBP9H3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T99M7842 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EJ1H9PZY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_G9MQM1KK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GBT44HST No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EQE19CB0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ERMGD2N5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_V79WFJ6N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_EXTEGB51 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GKXD33YH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F1B71HTZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F48RA7QF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F4D169Q7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FHE6Z73G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F5641KTR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F5KRHGKC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F5V8CWXT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F7KYPE79 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F8KR1QWE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F969DNHD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_F9ZTZ4YS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FJEBFQHG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FBJ516WW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FBP5NZNR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FCXEAPJ1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FF73TT6D No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FFD25TTK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FNF1TCSW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FHFVCQ41 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_G61CN2V0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H8NWA41N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GS9JCK55 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FNM4BB83 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FQ2ZBMPA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FSM39DXA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FT95T4YP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FVPMPMRJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FWCKP4X1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W6B48DD5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HEJ72V3F No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FYJMNRGK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HJ95JNFN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_G12HNXYX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_G16NM5WJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_G2016BE5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_G4EX0H98 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_J4E9SW51 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GAA327FP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GCQEB05M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GDPZN3SD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GFS9JEE6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GKN0B47F No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GMQZNQH8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GRECE8Q9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GRS3T427 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GXACEYKB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GTAJFTTR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HTGDSPQA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_GWPJKM7G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JBHQ6G3J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H174820R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H1K33JVK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H1MNXNHB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H2K7XX4X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KAD49R68 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H50HR85Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H83DTMT2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H8E4K1DT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_H8MAKDRB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HBAKYKQM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HC4T1EEP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KSHETTQC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HGP0PV0D No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KXGJ1HMG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HN8DE43A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HNE6BPMH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HPMX6CT4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HQFNQHVW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HSYF7G2D No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JQNF0FQP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HW4J7JM8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HW4MYBZ2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HYGK88B0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HZHEF797 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_HZNKSQ17 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WYF8NGSD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_J037K4BM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_J33YVP27 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M28HG0NT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_J52D4XQY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_J5J0EA7Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_J6VRW67C No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M4E4H6NG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JA3XXP1Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M659G06J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JBY9S5D4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JC2187NA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JC8YV5V9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JDMM2XG4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JE1DF581 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JHGFJR3D No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JJNSP29S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JJWC13GG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JJZPY3BG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JK5GTHVG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JM979K1M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JNS7Q60A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KVYCH9PB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JR56RQDC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JSNJZERZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JTBM5TSE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MSB1RDAJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JVTQD8HH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MW63FCZC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_JX1PK0VW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K07KNTFY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K14VJ1E3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K3PPH522 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K3Y06EKR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K3YT05M7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K6A9Z04J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K6BMXTW5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YKQP4SBX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KAZENYZE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KB9GJDCS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KBPBCWA0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KFRBXXV7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KG1YMTA4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KH0NFCWF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KH3859M5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KJQXZ8GK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KJTW1RBN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KKWQW01N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KM878Y43 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KP0YNTAK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NJFK43N3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KPWRDRFP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZH6PC8KM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KRYYDC2X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KSRYKCDE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KT9H4B1N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KV3XF9WV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KVV3G6NP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N2JD3VX6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N8WXTFN4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KYG3H6C6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_KYPZRS4S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_E0AAK0V0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M16CDR44 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M18CDDGK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M1TDS9CT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_9QMVZ4C0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NB509KST No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PKZ1HWNB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M8EBKZDG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MAVSJH2Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MBYEK6HV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MCM78YPC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MDVMT75X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ME97J1GA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MEPW36WF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MFTAVQ5C No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MGBEMNYR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MGY2V5N4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MHT5C2AP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MJ8EGM54 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MJJZJMTK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MRX1SPFB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MS87PMR7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MSGYZ69T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MT5ZSRG4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MVC1NCZX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MW6YMRBJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MW74GF38 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MWKJF6XH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MWXDJFWW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MZB884N9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_MZJJRDZF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N0Z6V2YG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N4B3WB8W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N5VYY66W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N8D9FH6M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N9BF56FP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N9N1X78X No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_N9SMBR24 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NASADC3P No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NCGGFG6H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NDSWS9TS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NEX92KQH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NFT9VHMJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NHRNZRQV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QWS88QXE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NJV6A585 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NMJPX8VQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NMQTPVFW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NS8G0465 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NTXHP7QR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NWYBD9CA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NXZSD2KK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NYVVN7SD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NZRJE7QA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P0KQFXNC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P36C0ABE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P3EVK3C2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P3KD5EQG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P3P96WCD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P42V737Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_6KEYD1S4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_7BNQBB26 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P6NWC51S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P7CY04E7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_P99S85CY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PC2YQ4F6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PDRNE606 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PEDGRK8S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PEFRDKDZ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PFXDWV9R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PJ08ZW9A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PMSZKZP7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PNXDHDF3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PP4WJBNR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SDT1J3A7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SYGKQD8M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PV130A29 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PVYMDM18 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PVZJCXS1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PYVPKH11 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SK4H5MJQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SKRY0BJ4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q0XBZP88 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q3ANJDVG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q50P97Y0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q5XKTB1V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q807ENGY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q88059DJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Q9NHTR7G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QA0W86WP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QBZDQX7A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QC5FNXGH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QD22MJJ5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QDGHHS4S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QE5B0T7R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QGX93WPF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QHTDJG77 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QK61ST4T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QM1Z8R38 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QMG7XNEW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QMHND3QK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QMY84KF4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QRH793AV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QSDKJM8T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QSMFVHSB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_V3ZNXRHK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QX754ADQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QXZTRMWM No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QYWGB52C No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TRGECFNP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QZT3SPY7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_QZTPJ8YW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R1CV479M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R1RMKH1B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R1ZBTEAG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R3WB0PP7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R5G3QP11 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TX8C5VAJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R726FKHP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R7YMKNJN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R82MYPKB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R8ZKDFWH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R913E3VB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R94EDP5H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R9V82BC1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RA0VCMWC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RB8VSEVG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RCAZ62J7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RGSJMSRE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VDSR4X6N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RH9PMH3G No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RQ5Z7KNW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RR3DKGKY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_RZNNEX1Y No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_S34SCYW4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_S7S6YEHA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_S88G7BXH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C0YDDQKB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SCQNN2A2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SD28E0SC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WJ7GMQTF No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SE82EQF8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SFH8TGKT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SFZ3A07S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SK949N33 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CFEWVDG1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SMCPASF0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SNC5WMVN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SQSH5G7A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SSYNTXDC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ST3Z2B9B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WJB33V17 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SWHQ8FDW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_SYWRCE3Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T1SNKF50 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T54TAE3R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T5HPW4Z0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T5T21G7N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T8C13KNH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T97EP8H0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CWQ35N2K No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_T9T3R2J0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_FG649AWK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TE8QFF7T No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TF6H437Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XKE77TR4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_THH0CE5A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_X1DSETVE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TNQKJZCP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TPX7YY57 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_X5VN0FW0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XGVSX8BX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TX2WGF8K No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_TZPJHKQR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_V2MDX7HG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_V3SC6NWH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XM302FF4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_V6HKXX1Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M1YHV93N No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_V8G6BZRR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VA07453Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XW26N96W No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VF099E8S No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_M9YZK3SP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VK46N40F No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VKH9KYDB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZKFEMJZ8 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y0DGBKTY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VMZMGB7B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VPJ9CARN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VQC2PE2B No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VQEPFE1P No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VTTTQYQA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VVD8TJNE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YB99Q6TN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VW96PFKQ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VXNT1TDB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YHXMYDBN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W23ERYW3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W50WEJE7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W5P7SPDH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_PZDTK87A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W74D279Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_R922P3XJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W8DA9AXT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W9FW1PAE No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_W9P0PFDH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WB8P21ED No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WCNPE0AC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WD37M8SD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WD7AQV83 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WDTT7PG2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WEGGXVYA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WH8KWW5J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_K049HVGR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WMEYJGDC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WP2D11SK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WP9J88EB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WQ19Z6MD No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WRJNMEX2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WSFB4SA2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_WXKCR17Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_X1R0N8QS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_X6361T19 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_X7QJCVJB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_X9PJ715R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XBBBE8V2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XBE002WV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_VHD4ARSG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XCNGQ25H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XDY9BYRK No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XEVMEYFS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XGMXJKFX No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XH5JP8DB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XHAQXDR0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XJZQA3AP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XKM2EAT4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XKP747AS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XKXDH0YJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_5J5VH3X0 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XMNBSBGN No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XNTQBZAJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XPSD2NRJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XSWF2MR1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XVBX7ZK1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XVNNWN2Z No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XVYRXN8J No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_CK7CPM73 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XWQTX5HH No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y2C78JC4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y3472DYJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y43VC4VG No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y4ZX0YX7 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y5DA59M3 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y7CA8B5R No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Y9GHDZKS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YBCQBCQC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YETTZ1NC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YEWX69X4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YGQS4660 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YH4DYNQ2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YH60H2FS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_XCFNEZ8E No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YMDPFK0V No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YPCTK927 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YRC54VPP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YVFFHJ1Q No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YXCVR90M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YYAPSA5P No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YZ0P5E8H No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_YZ2YNEJJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z14Z2JMW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z1BBZ01F No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z34PQDYT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z4Q8RH5M No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z4S81HG1 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z5D6G1S6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z5VJCFNP No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z7R92XX6 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z9NCH2XA No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_Z9PKZ4RT No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZAH4FHV2 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZAT0XJE5 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZBWQG7VR No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZECKZTFC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZHJFX6C9 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZJSMC22A No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZJT1REVB No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZJZFT0AJ No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZKZACPVV No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZP89F1JY No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZPF89720 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZS1QRMXS No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZV21J6YW No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZX1YPQ88 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_ZZJF26C4 No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_C3KDA5ZC No_TP53_NF1_alt +NA NA NA NA NA BS_NHMPQ8Q1 No_TP53_NF1_alt diff --git a/analyses/tp53_nf1_score/run_classifier.sh b/analyses/tp53_nf1_score/run_classifier.sh index 79bbdd4c84..d8dd25ca31 100644 --- a/analyses/tp53_nf1_score/run_classifier.sh +++ b/analyses/tp53_nf1_score/run_classifier.sh @@ -1,20 +1,41 @@ #!/bin/bash -set -e -set -o pipefail - # K S Gaonkar # This analysis applies the TP53 inactivation classifier https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2211124718304376 # NF1 inactivation classifier https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-3519-7 # Predicts TP53 and NF1 inactivation score per polya and stranded RNAseq samples +set -e +set -o pipefail +data_dir="data" +scratch_dir="scratch" +# cds gencode bed file +exon_file="${scratch_dir}/gencode.v27.primary_assembly.annotation.bed" +consensus_file="${data_dir}/pbta-snv-consensus-mutation.maf.tsv.gz" +clinical_file="${data_dir}/pbta-histologies.tsv" +analysis_dir="analyses/tp53_nf1_score" + +# Convert GTF to BED file +# Here we are only extracting lines with as a CDS i.e. are coded in protein +gunzip -c ${data_dir}/gencode.v27.primary_assembly.annotation.gtf.gz \ + | awk '$3 ~ /CDS/' \ + | convert2bed --do-not-sort --input=gtf - \ + > $exon_file + +# Prep the SNV consensus data for evaluation downstream +Rscript --vanilla ${analysis_dir}/00-tp53-nf1-alterations.R \ + --snvConsensus ${consensus_file} \ + --clinicalFile ${clinical_file} \ + --outputFolder ${analysis_dir}/results \ + --gencode ${exon_file} + +# expression files for prediction collapsed_stranded="pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.stranded.rds" collapsed_polya="pbta-gene-expression-rsem-fpkm-collapsed.polya.rds" # Run classifier for stranded and polya -python3 analyses/tp53_nf1_score/01-apply-classifier.py -f $collapsed_stranded -python3 analyses/tp53_nf1_score/01-apply-classifier.py -f $collapsed_polya - +python3 ${analysis_dir}/01-apply-classifier.py -f ${collapsed_stranded} +python3 ${analysis_dir}/01-apply-classifier.py -f ${collapsed_polya}